Sequenziamentu di Ampliconi (16S/18S/ITS)

U sequenziamentu di Amplicon (16S/18S/ITS) cù Illumina hè un metudu d'analisi di a diversità microbica identificendu i profili microbici secondu e so sequenze è dopu pruvendu à decifrà a ricchezza è a diversità di a cumunità in ogni campione è trà i campioni. A pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permette l'analisi di 16S, 18S, ITS è di geni funziunali multipli. Cumincia cù u tagliu di lettura, l'assemblementu di lettura à estremità appaiate è a valutazione di a qualità, seguita da u raggruppamentu di letture simili per generà Unità Tassonomiche Operative (OTU) aduprate in sei diverse sezioni d'analisi. L'annotazione tassonomica furnisce informazioni nantu à l'abbundanza relativa è a cumpusizione di ogni campione, mentre chì l'analisi di diversità alfa è beta si focalizanu nantu à a diversità microbica in è trà i campioni, rispettivamente. L'analisi differenziale trà i gruppi trova OTU chì differenu aduprendu sia test parametrichi sia non parametrichi, mentre chì l'analisi di currelazione mette in relazione queste differenze cù fattori ambientali. Infine, l'abbundanza di geni funziunali hè prevista in basa à l'abbundanza di geni marcatori, furnendu informazioni nantu à a funzione è l'ecologia in ogni campione.