Sequenza Amplicon (16S/18S/ITS)

A sequenza di Amplicon (16S/18S/ITS) cù Illumina hè un metudu per analizà a diversità microbica identificendu profili microbiani secondu e so sequenze è dopu tentativu di decifrare a ricchezza è a diversità di a cumunità in ogni mostra è trà e mostre. U pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permette l'analisi di 16S, 18S, ITS è geni funzionali multipli. Accumincia cù a tagliata di lettura, l'assemblea di lettura in coppia è a valutazione di a qualità, seguita da un raggruppamentu di letture simili per generà Unità Tassonomiche Operative (OTU) usate in sei sezioni di analisi diverse. L'annotazione tassonomica furnisce infurmazioni nantu à l'abbundanza relativa è a cumpusizioni di ogni campione, mentre chì l'analisi di diversità alfa è beta si concentranu in a diversità microbica in e trà e campioni, rispettivamente. L'analisi differenziale trà i gruppi trova l'OTU chì differenu utilizendu teste parametriche è non parametriche, mentre chì l'analisi di correlazione mette in relazione sti diffirenzii cù fatturi ambientali. Infine, l'abbundanza di geni funzionali hè prevista basatu annantu à l'abbundanza di geni marcatori, chì furnisce una visione di a funzione è l'ecologia in ogni mostra.