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Sequenziamentu di Ampliconi 16S/18S/ITS à lunghezza piena PacBio
A piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hè stata sviluppata cù anni di sperienza in l'analisi di prughjetti di diversità microbica, chì cuntene analisi basiche standardizate è analisi persunalizate: l'analisi basica copre u cuntenutu d'analisi principale di a ricerca microbica attuale, u cuntenutu di l'analisi hè riccu è cumpletu, è i risultati di l'analisi sò presentati in forma di rapporti di prughjettu; U cuntenutu di l'analisi persunalizata hè diversu. I campioni ponu esse selezziunati è i parametri ponu esse impostati in modu flessibile secondu u rapportu d'analisi basica è u scopu di a ricerca, per realizà esigenze persunalizate. Sistema upirativu Windows, simplice è veloce.
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Trascrittoma à lunghezza cumpleta di PacBio (senza riferimentu)
Pigliendu i dati di sequenziamentu di l'isoforme di Pacific Biosciences (PacBio) cum'è input, sta App hè capace di identificà sequenze di trascritti à lunghezza cumpleta (senza assemblaggio). Mappendu e sequenze à lunghezza cumpleta contr'à u genomu di riferimentu, i trascritti ponu esse ottimizzati da geni, trascritti, regioni codificanti, ecc. cunnisciuti. In questu casu, si pò ottene una identificazione più precisa di e strutture di mRNA, cum'è u splicing alternativu, ecc. L'analisi cumuna cù i dati di sequenziamentu di u trascrittoma NGS permette un'annotazione più cumpleta è una quantificazione più precisa di l'espressione à livellu di trascritto, chì benefica in gran parte l'espressione differenziale à valle è l'analisi funzionale.
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Kit di strumenti
BMKCloud hè una piattaforma bioinformatica di punta chì furnisce una suluzione unica per i prugrammi genomichi, chì hè largamente fidata da i circadori in vari campi, cumpresi quelli medichi, agriculi, ambientali, ecc. BMKCloud s'impegna à furnisce servizii integrati, affidabili è efficienti, cumpresi piattaforme è strumenti d'analisi bioinformatica, risorse di calculu, basi di dati publiche, corsi bioinformatici in linea, ecc. BMKCloud hà diversi strumenti bioinformatici aduprati di frequente, cumpresi l'annotazione di geni, strumenti genetichi evolutivi, ncRNA, cuntrollu di qualità di i dati, assemblaggio, allineamentu, estrazione di dati, mutazioni, statistiche, generatore di figure, analisi di sequenze, ecc.
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Picculu ARN
I picculi RNA sò un tipu d'ARN cortu non codificante cù una lunghezza media di 18-30 nt, cumpresi miRNA, siRNA è piRNA. Sti picculi RNA sò stati massicciamente signalati per esse implicati in vari prucessi biologichi cum'è a degradazione di l'mRNA, l'inibizione di a traduzzione, a furmazione di eterocromatina, ecc. L'analisi di sequenziamentu di i picculi RNA hè stata largamente applicata in studii nantu à u sviluppu animale/pianta, e malatie, i virus, ecc. A piattaforma d'analisi di sequenziamentu di i picculi RNA consiste in analisi standard è data mining avanzata. Nantu à a basa di i dati RNA-seq, l'analisi standard pò ottene l'identificazione è a previsione di miRNA, a previsione di u genu bersagliu di miRNA, l'annotazione è l'analisi di l'espressione. L'analisi avanzata permette a ricerca è l'estrazione di miRNA persunalizata, a generazione di diagrammi di Venn, a custruzione di rete di miRNA è di geni bersagliu.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS hè una piattaforma d'analisi di ri-sequenziamentu di u genomu interu, sviluppata nantu à a basa di una ricca sperienza in e tecnulugie di i biomarcatori. Sta piattaforma faciule d'utilizà permette una rapida presentazione di un flussu di travagliu d'analisi integratu semplicemente impostendu uni pochi di parametri basi, chì si adattanu à i dati di sequenziamentu di u DNA generati sia da a piattaforma Illumina sia da a piattaforma di sequenziamentu BGI. Sta piattaforma hè implementata nantu à un servitore di calculu d'alte prestazioni, chì permette un'analisi di dati altamente efficiente in un tempu assai limitatu. L'estrazione di dati persunalizata hè dispunibule nantu à a basa di l'analisi standard, cumprese a query di geni mutati, a cuncepimentu di primer PCR, ecc.
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mRNA (Riferimentu)
U trascrittoma hè u ligame trà l'infurmazione genetica genomica è u proteoma di a funzione biologica. A regulazione di u livellu trascrizionale hè u modu di regulazione u più impurtante è u più studiatu di l'organismi. U sequenziamentu di u trascrittoma pò sequenzià u trascrittoma in ogni mumentu o in ogni cundizione, cù una risoluzione precisa à un solu nucleotide. Pò riflette dinamicamente u livellu di trascrizione genica, identificà è quantificà simultaneamente i trascritti rari è nurmali, è furnisce l'infurmazioni strutturali di i trascritti specifichi di u campione.
Attualmente, a tecnulugia di sequenziamentu di i trascrittomi hè stata largamente aduprata in agronomia, medicina è altri campi di ricerca, cumprese a regulazione di u sviluppu animale è vegetale, l'adattazione ambientale, l'interazione immune, a lucalizazione di i geni, l'evoluzione genetica di e spezie è a rilevazione di tumori è malatie genetiche.
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Metagenomica (NGS)
Sta piattaforma d'analisi hè cuncipita per l'analisi di dati metagenomichi shotgun basatu annantu à anni d'esperienza. Si cumponi di un flussu di travagliu integratu chì cuntene diverse analisi metagenomiche cumunimenti necessarie, cumprese l'elaborazione di dati, studii à livellu di spezie, studii à livellu di funzione genetica, binning di metagenoma, ecc. Inoltre, strumenti di data mining persunalizati sò dispunibili annantu à u flussu di travagliu d'analisi standard, cumprese query di geni è spezie, impostazione di parametri, generazione di figure persunalizate, ecc.
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LncRNA
L'ARN longhi non codificanti (lncRNA) sò un tipu di trascritti cù una lunghezza superiore à 200 nt, chì ùn sò micca capaci di codificà e proteine. L'evidenza accumulata suggerisce chì a maiò parte di l'lncRNA sò assai prubabilmente funziunali. E tecnulugie di sequenziamentu à altu rendimentu è l'arnesi d'analisi bioinformatica ci permettenu di revelà sequenze di lncRNA è informazioni di pusizionamentu in modu più efficiente è ci portanu à scopre lncRNA cù funzioni regulatorie cruciali. BMKCloud hè fieru di furnisce à i nostri clienti una piattaforma d'analisi di sequenziamentu di lncRNA per ottene analisi di lncRNA veloci, affidabili è flessibili.
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GWAS
U studiu d'associazione à livellu di u genomu (GWAS) hà per scopu d'identificà varianti genetiche (genotipu) chì sò assuciate à tratti specifichi (fenotipu). I studii GWA investiganu i marcatori genetichi in tuttu u genomu di un gran numeru d'individui è predicenu l'associazioni genotipu-fenotipu per mezu di l'analisi statistica à livellu di pupulazione. U risequenziamentu di tuttu u genomu pò potenzialmente scopre tutte e varianti genetiche. Assuciendu cù i dati fenotipichi, i GWAS ponu esse trattati per identificà SNP, QTL è geni candidati ligati à u fenotipu, ciò chì sustene fermamente a ripruduzzione muderna di l'animali/piante. SLAF hè una strategia di sequenziamentu di u genomu simplificata sviluppata da l'impresa, chì scopre marcatori distribuiti à livellu di u genomu, SNP. Quessi SNP, cum'è marcatori genetichi moleculari, ponu esse trattati per studii d'associazione cù tratti mirati. Hè una strategia efficace in termini di costi per identificà tratti cumplessi assuciati à variazioni genetiche.
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Trascrittomica à lunghezza cumpleta di Nanopore
L'isoforme alternative cumplesse è variabili in l'organismi sò impurtanti meccanismi genetichi per a regulazione di l'espressione genica è di a diversità di e proteine. L'identificazione accurata di e strutture di trascrizione hè a basa per un studiu approfonditu di i mudelli di regulazione di l'espressione genica. A piattaforma di sequenziamentu Nanopore hà purtatu cù successu u studiu trascrittomicu à u livellu di l'isoforme. Sta piattaforma d'analisi hè cuncipita per analizà i dati RNA-Seq generati nantu à a piattaforma Nanopore nantu à a basa di u genomu di riferimentu, chì permette di ottene analisi qualitative è quantitative sia à livellu di geni sia à livellu di trascrizioni.
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circ-RNA
L'ARN circulare (circRNA) hè un tipu d'ARN non codificante, chì hè statu recentemente scupertu ghjucà un rollu vitale in e rete regulatorie implicate in u sviluppu, a resistenza ambientale, ecc. Differenti da e molecule d'ARN lineari, per esempiu mRNA, lncRNA, l'estremità 3' è 5' di u circRNA sò unite inseme per furmà una struttura circulare, chì li salva da a digestione di l'esonucleasi è sò più stabili cà a maiò parte di l'ARN lineari. Hè statu scupertu chì i CircRNA anu diverse funzioni in a regulazione di l'espressione genica. CircRNA pò agisce cum'è ceRNA, chì si lega à u miRNA in modu cumpetitivu, cunnisciutu cum'è spugna miRNA. A piattaforma d'analisi di sequenziamentu CircRNA permette l'analisi di a struttura è di l'espressione di u circRNA, a previsione di u bersagliu è l'analisi cumuna cù altri tipi di molecule d'ARN.
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BSA
A piattaforma d'analisi di segregazione in massa (Bulked Segregant Analysis) consiste in un'analisi standard in un passu è un'analisi avanzata cù un'impostazione di parametri persunalizata. A BSA hè una tecnica impiegata per identificà rapidamente i marcatori genetichi assuciati à u fenotipu. U flussu di travagliu principale di a BSA cuntene: 1. selezziunà dui gruppi d'individui cù fenotipi estremamente opposti; 2. mette in cumunu u DNA, l'RNA o u SLAF-seq (sviluppatu da Biomarker) di tutti l'individui per furmà dui gruppi di DNA; 3. identificà sequenze differenziali contr'à u genomu di riferimentu o trà di elli, 4. predisce e regioni candidate cullegate per mezu di l'algoritmu ED è SNP-index; 5. Analisi funzionale è arricchimentu di geni in e regioni candidate, ecc. Sò ancu dispunibili operazioni più avanzate di mining di dati, cumprese u screening di marcatori genetichi è a cuncepimentu di primer.
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Amplicone (16S/18S/ITS)
A piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hè stata sviluppata cù anni di sperienza in l'analisi di prughjetti di diversità microbica, chì cuntene analisi basiche standardizate è analisi persunalizate: l'analisi basica copre u cuntenutu d'analisi principale di a ricerca microbica attuale, u cuntenutu di l'analisi hè riccu è cumpletu, è i risultati di l'analisi sò presentati in forma di rapporti di prughjettu; U cuntenutu di l'analisi persunalizata hè diversu. I campioni ponu esse selezziunati è i parametri ponu esse impostati in modu flessibile secondu u rapportu d'analisi basica è u scopu di a ricerca, per realizà esigenze persunalizate. Sistema upirativu Windows, simplice è veloce.
