Sequenziamentu Metagenomicu -NGS
Un metagenoma hè una cullezzione di u materiale geneticu tutale di una cumunità mista d'organismi, cum'è i metagenomi ambientali è umani. Cuntene genomi di microrganismi cultivabili è micca cultivabili. U sequenziamentu metagenomicu shotgun cù NGS permette u studiu di sti paisaghji genomichi intricati integrati in campioni ambientali furnendu più cà a prufilatura tassonomica, dendu ancu insights granulari nantu à a diversità di e spezie, a dinamica di l'abbundanza è e strutture di pupulazione cumplesse. Oltre à i studii tassonomichi, a metagenomica shotgun offre ancu una perspettiva di genomica funzionale, chì permette l'esplorazione di geni codificati è i so roli putativi in i prucessi ecologichi. Infine, a creazione di rete di currelazione trà elementi genetichi è fattori ambientali cuntribuisce à una comprensione olistica di l'intricata interazione trà e cumunità microbiche è u so sfondate ecologicu. In conclusione, u sequenziamentu metagenomicu si pone cum'è un strumentu pivotale per svelà e cumplessità genomiche di diverse cumunità microbiche, illuminendu e relazioni multiforme trà genetica è ecologia in questi ecosistemi cumplessi.
Piattaforme: Illumina NovaSeq è DNBSEQ-T7
Vantaghji di u serviziu
●Metudu senza isolamentu è cultura per a prufilatura di a cumunità microbica: Permette u sequenziamentu di materiale geneticu da organismi micca cultivabili.
●Alta Risoluzione: Rileva spezie pocu abbundanti in campioni ambientali.
●Analisi Bioinformatica Cumpleta:Cuncentratu micca solu nantu à a diversità tassonomica ma ancu nantu à a diversità funziunale di a cumunità.
●Una vasta esperienza:Cù una sperienza di chjusura riescita di parechji prughjetti di metagenomica in diversi duminii di ricerca è di trasfurmazione di più di 200 000 campioni, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu.
Specifiche di serviziu
| Piattaforma di sequenziamentu | Strategia di Sequenziamentu | Dati cunsigliati | cuntrollu di qualità |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Requisiti di serviziu
| Cuncentrazione (ng/µL) | Quantità tutale (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Terra/fanghi: 2-3 g
● Cuntenutu intestinale - animale: 0,5-2 g
● Cuntenutu intestinale-insettu: 0,1-0,25 g
● Superficie di a pianta (sedimentu arricchitu): 0,5-1 g
● Sedimentu arricchitu di brodu di fermentazione): 0,2-0,5 g
● Faece (animali grossi): 0,5-2 g
● Faece (topo): 3-5 grani
● Liquidu di lavaggio alveolare pulmonare: carta da filtru
● Tampone vaginale: 5-6 tamponi
● Tampone cutaneo/genitale/saliva/tessuto molle orale/tampone faringeo/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microorganismu di superficia: 5-6 tamponi
● Acqua/aria/biofilm: carta da filtru
● Endofiti: 2-3g
● Placca dentale: 0,5-1 g
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di qualità di i dati di sequenziamentu
● Assemblaggio di u metagenoma è predizione di i geni
● Annotazione di u genu
● Analisi di a diversità alfa tassonomica
● Analisi funzionale di a cumunità: funzione biologica, metabolica, resistenza à l'antibiotici
● Analisi di a diversità sia funziunale sia tassonomica:
Analisi di a diversità beta
Analisi intergruppu
Analisi di currelazione: trà fattori ambientali è cumpusizione è diversità di l'OUT
Analisi funzionale: resistenza à l'antibiotici CARD
Analisi differenziale di e vie metaboliche KEGG: mappa di calore di e vie significative
Diversità alfa di a distribuzione tassonomica: indice ACE
Diversità beta di a distribuzione tassonomica: PCoA
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenziamentu di metagenomi di BMKGene cù Illumina attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisi metagenomica è metabolomica di i cambiamenti in u cuntenutu intestinale di a trota iridea (Oncorhynchus mykiss) infettata da u virus di a necrosi ematopoietica infettiva à diverse temperature di l'acqua di cultura',Frontiere in Microbiologia, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Cumunità microbiche, geni di resistenza è risichi di resistomi in laghi urbani di diversi stati trofici: ligami interni è influenze esterne',Rivista di i Progressi di i Materiali Periculosi, 9, p. 100233. doi : 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'L'analisi metagenomica hà rivelatu differenze di cumposizione è funzione trà i microorganismi di u rumine di e pecore assuciati à i liquidi è assuciati à i solidi',Frontiere in Microbiologia, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'A microbiota derivata da u porcu obesu di Ningxiang riprogramma u metabolismu di a carnitina per prumove a deposizione di acidi grassi musculari in porchi DLY magri',L'Innuvazione, 4 (5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Intuizioni metagenomiche nantu à i rischi potenziali di detriti plastichi bio/non degradabili rappresentativi è non plastichi in i tratti superiori è inferiori di l'estuariu di Haihe, Cina',Scienza di l'ambiente tutale, 887, p. 164026. doi : 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
