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I prudutti

Sequenza metagenomica -NGS

Metagenome si riferisce à una cullizzioni di materiale geneticu tutale di una cumunità mista d'urganismi, cum'è metagenome ambientale, metagenome umanu, etc. Contene genomi di i microorganismi cultivabili è incultivabili.A sequenza metagenomica hè un strumentu molekulari utilizatu per analizà i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, chì furnisce infurmazioni detallate in a diversità è l'abbundanza di spezie, a struttura di a pupulazione, a relazione filogenetica, i geni funzionali è a rete di correlazione cù fatturi ambientali.

piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq


Dettagli di serviziu

Risultati Demo

Studiu di casu

Vantaghji di serviziu

● Isulamentu è senza cultivazioni per u prufilu di a cumunità microbiana

● High risuluzione in detecting spezie bassu-abbundanza in campioni ambientali

● L'idea di "meta-" integra tutte e caratteristiche biologiche à u livellu funziunale, u livellu di spezie è u livellu di genu, chì riflette una vista dinamica chì hè più vicinu à a realità.

● BMK accumula una sperienza massiva in diversi tipi di campioni cù più di 10 000 campioni trattati.

Specificazioni di serviziu

 Piattaforma

Sequencing

Dati cunsigliatu

Tempu di turnaround

Piattaforma Illumina NovaSeq

PE150

6 G/10 G/20 G

45 ghjorni di travagliu

Analisi bioinformatica

● cuntrollu di qualità di dati crudu

● Assemblea Metagenome

● Inseme di geni non redundant è annotazione

● Analisi di a diversità di spezie

● Analisi di diversità di funzione genetica

● Analisi intergruppu

● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali

liuchengtu11

Requisiti di mostra è consegna

Requisiti di mostra:

Perestratti di DNA:

Tipu di mostra

A quantità

Cuncentrazione

Purità

estratti di DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Per i campioni ambientali:

Tipu di mostra

Prucedura di campionamentu cunsigliatu

Terra

Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione.

Feces

Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione.

Cuntenuti intestinali

I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP.

Sludge

Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione

Corpu d'acqua

Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile.

A pelle

Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile.

Cunsigliu Cunsigliu di Campione

Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.

Flussu di travagliu di serviziu

consegna di mostra

Consegna di mostra

Preparazione di a biblioteca

Custruzzione di biblioteca

Sequencing

Sequencing

Analisi di dati

Analisi di dati

Servizii dopu a vendita

Servizi post-vendita


  • Previous:
  • Next:

  • 1.Histogram: Distribuzione di spezie

    3

    2.Geni funzionali annotati à i viaghji metabolichi KEGG

    4

    3.Mappa di calore: Funzioni differenziali basate nantu à l'abbundanza di geni relative54.Circos di CARD genes resistenza antibiotici

    6

    Casu BMK

    Prevalenza di i geni di resistenza à l'antibiotici è i patogeni bacteriali longu u cuntinuu di a radica di mangrove di terra

    Publicatu:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Strategia di sequenza:

    Materiali: estratti di DNA di quattru frammenti di campioni associati di radici di mangrove: terri senza pianta, rizosfera, episfera è compartimenti endosferiali
    Piattaforma: Illumina HiSeq 2500
    Targets: Metagenome
    16S rRNA gene regione V3-V4

    I risultati chjave

    A sequenza metagenomica è a profilazione di metabarcoding in u cuntinuu di a terra-radica di i pianti di mangrove sò stati processati per studià a disseminazione di i geni di resistenza à l'antibiotici (ARG) da a terra in e piante.I dati metagenomichi anu revelatu chì u 91,4% di i geni di resistenza à l'antibiotici sò comunmente identificati in tutti i quattru compartimenti di a terra citati sopra, chì mostranu una moda cuntinua.A sequenza di amplicone 16S rRNA hà generatu 29,285 sequenze, chì rapprisentanu 346 spezie.Cumminendu cù u prufilu di spezie da a sequenza di amplicone, sta disseminazione hè stata trovata indipindente da a microbiota associata à a radica, in ogni modu, puderia esse facilitata da elementi genetichi mobili.Stu studiu hà identificatu u flussu di ARG è patogeni da a terra in i pianti à traversu un continuum interconnected soil-root.

    Riferimentu

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalenza di i geni di resistenza à l'antibiotici è i patogeni bacteriali longu u continuu di a radica di a terra-mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

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