CircRNA

Τα κυκλικά RNA (circRNA) είναι μη κωδικοποιητικά RNA που σχηματίζουν κυκλικές δομές και έχουν πολλαπλούς ρυθμιστικούς ρόλους, συμπεριλαμβανομένου του ανταγωνισμού με το miRNA για γονίδια στόχους και δέσμευση πρωτεϊνών. Ο αγωγός BMKCloud circRNA έχει σχεδιαστεί για την ανάλυση βιβλιοθηκών με εξάντληση rRNA με ένα καλά σχολιασμένο και υψηλής ποιότητας γονιδίωμα αναφοράς. Η ανάλυση ξεκινά με ανάγνωση περικοπής και ποιοτικό έλεγχο, ακολουθούμενη από ευθυγράμμιση ανάγνωσης με το γονιδίωμα αναφοράς και πρόβλεψη νέων circRNA, σε συνδυασμό με ταυτοποίηση γνωστών circRNA από βάσεις δεδομένων. Οι αντίστοιχοι στόχοι miRNA και ξενιστές circRNA προσδιορίζονται στη συνέχεια. Η ανάλυση διαφορικής έκφρασης αποκαλύπτει διαφορικά εκφραζόμενα circRNA και οι αντίστοιχοι ξενιστές σημειώνονται λειτουργικά για την εξαγωγή εμπλουτισμένων βιολογικών λειτουργιών.