CircRNA

Kruhové RNA (circRNA) jsou nekódující RNA, které tvoří kruhové struktury a mají řadu regulačních rolí, včetně soutěžení s miRNA o cílové geny a vazbu na proteiny. BMKCloud circRNA pipeline je navržen pro analýzu knihoven s deplecí rRNA s dobře anotovaným a vysoce kvalitním referenčním genomem. Analýza začíná ořezáváním čtených sekvencí a kontrolou kvality, následuje zarovnání čtených sekvencí s referenčním genomem a predikce nových circRNA, spolu s identifikací známých circRNA z databází. Následně jsou identifikovány odpovídající cílové miRNA a hostitelé circRNA. Analýza diferenciální exprese odhaluje diferenciálně exprimované circRNA a odpovídající hostitelé jsou funkčně anotováni za účelem extrakce obohacených biologických funkcí.