Μεταγονιδιωματική (NGS)

Η μεταγονιδιωματική του κυνηγετικού όπλου με το Illumina είναι ένα δημοφιλές εργαλείο για τη μελέτη μικροβιωμάτων με άμεση αλληλούχιση DNA από πολύπλοκα δείγματα, επιτρέποντας τη μελέτη τόσο της ταξινομικής όσο και της λειτουργικής ποικιλομορφίας. Ο αγωγός μεταγονιδιώματος BMKCloud (NGS) ξεκινά με ποιοτικό έλεγχο και συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος, από την οποία προβλέπονται γονίδια και συγκεντρώνονται σε μη πλεονάζοντα σύνολα δεδομένων που σχολιάζονται για λειτουργία και ταξινόμηση χρησιμοποιώντας πολλαπλές βάσεις δεδομένων. Αυτές οι πληροφορίες χρησιμοποιούνται για την ανάλυση της ταξινομικής ποικιλομορφίας εντός του δείγματος (άλφα ποικιλομορφία) και της ποικιλομορφίας μεταξύ δειγμάτων (ποικιλομορφία βήτα). Η διαφορική ανάλυση μεταξύ ομάδων βρίσκει OTU και βιολογικές συναρτήσεις που διαφέρουν μεταξύ των δύο ομάδων χρησιμοποιώντας παραμετρικά και μη παραμετρικά τεστ, ενώ η ανάλυση συσχέτισης συσχετίζει αυτές τις διαφορές με περιβαλλοντικούς παράγοντες.