Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία -NGS
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
● Απομόνωση και καλλιέργεια χωρίς προφίλ για μικροβιακή κοινότητα
● Υψηλή ανάλυση στην ανίχνευση ειδών χαμηλής αφθονίας σε περιβαλλοντικά δείγματα
● Η ιδέα του «μετα-» ενσωματώνει όλα τα βιολογικά χαρακτηριστικά σε λειτουργικό επίπεδο, επίπεδο είδους και γονιδίου, κάτι που αντανακλά μια δυναμική άποψη που είναι πιο κοντά στην πραγματικότητα.
● Η BMK συγκεντρώνει τεράστια εμπειρία σε διαφορετικούς τύπους δειγμάτων με περισσότερα από 10.000 δείγματα επεξεργασμένα.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Πλατφόρμα | Αλληλουχία | Προτεινόμενα δεδομένα | Χρόνος ολοκλήρωσης |
| Illumina NovaSeq 6000 | ΠΕ150 | 6 G/10 G/20 G | 45 εργάσιμες ημέρες |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος
● Μη περιττό σύνολο γονιδίων και σχολιασμός
● Ανάλυση ποικιλότητας ειδών
● Ανάλυση ποικιλότητας γενετικής λειτουργίας
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων
● Ανάλυση συσχέτισης έναντι πειραματικών παραγόντων
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
ΓιαΕκχυλίσματα DNA:
| Τύπος δείγματος | Ποσό | Συγκέντρωση | Καθαρότητα |
| Εκχυλίσματα DNA | ＞ 100 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Για περιβαλλοντικά δείγματα:
| Τύπος δείγματος | Συνιστώμενη διαδικασία δειγματοληψίας |
| Εδαφος | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Η εναπομείνασα μαραμένη ουσία πρέπει να αφαιρεθεί από την επιφάνεια.Τρίψτε μεγάλα κομμάτια και περάστε από φίλτρο 2 mm.Δείγματα δειγμάτων σε αποστειρωμένο EP-σωλήνα ή κυροσωλήνα για κράτηση. |
| Περιττώματα | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και αποσπάστε δείγματα σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση. |
| Εντερικό περιεχόμενο | Τα δείγματα πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία υπό άσηπτες συνθήκες.Πλύνετε τον συλλεγμένο ιστό με PBS.Φυγοκεντρήστε το PBS και συλλέξτε το ίζημα σε σωλήνες EP. |
| Λάσπη | Ποσότητα δειγματοληψίας: περίπου.5 g;Συλλέξτε και κατανεμήστε δείγμα ιλύος σε αποστειρωμένο σωλήνα EP ή κρυοσωλήνα για κράτηση |
| Υδάτινο σώμα | Για δείγμα με περιορισμένη ποσότητα μικροβίων, όπως νερό βρύσης, νερό πηγαδιού κ.λπ., Συλλέξτε τουλάχιστον 1 L νερό και περάστε από φίλτρο 0,22 μm για να εμπλουτίσετε τα μικροβιακά στη μεμβράνη.Αποθηκεύστε τη μεμβράνη σε αποστειρωμένο σωλήνα. |
| Δέρμα | Ξύστε προσεκτικά την επιφάνεια του δέρματος με αποστειρωμένο βαμβάκι ή χειρουργική λεπίδα και τοποθετήστε το σε αποστειρωμένο σωληνάριο. |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Καταψύξτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς έως μακροχρόνια κράτηση.Απαιτείται αποστολή δειγμάτων με ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1.Ιστόγραμμα: Κατανομή ειδών
2. Λειτουργικά γονίδια σχολιασμένα στα μεταβολικά μονοπάτια KEGG
3.Χάρτης θερμότητας: Διαφορικές συναρτήσεις με βάση τη σχετική γονιδιακή αφθονία
4.Circos των γονιδίων αντίστασης στα αντιβιοτικά CARD
Θήκη BMK
Επιπολασμός γονιδίων ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά και βακτηριακών παθογόνων κατά μήκος του συνεχούς εδάφους-ριζών μαγγροβίων
Δημοσίευσε:Journal of Hazardous Materials, 2021
Στρατηγική αλληλουχίας:
Υλικά: Εκχυλίσματα DNA τεσσάρων θραυσμάτων δειγμάτων που σχετίζονται με τη ρίζα του μαγγρόβιου: μη φυτευμένο έδαφος, ριζόσφαιρα, επίσφαιρα και διαμερίσματα ενδοσφαιρίων
Πλατφόρμα: Illumina HiSeq 2500
Στόχοι: Μεταγονιδίωμα
Περιοχή V3-V4 γονιδίου 16S rRNA
Βασικά αποτελέσματα
Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία και το προφίλ μεταγραμμικού κωδικοποίησης στο συνεχές εδάφους-ρίζας των δενδρυλλίων μαγγροβίων υποβλήθηκαν σε επεξεργασία προκειμένου να μελετηθεί η διάδοση των γονιδίων ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά (ARGs) από το έδαφος στα φυτά.Τα μεταγονιδιωματικά δεδομένα αποκάλυψαν ότι το 91,4% των γονιδίων ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά εντοπίζονταν συνήθως και στα τέσσερα εδαφικά διαμερίσματα που αναφέρθηκαν παραπάνω, τα οποία έδειχναν συνεχή τρόπο.Η αλληλουχία του 16S rRNA αμπλικόνιου δημιούργησε 29.285 αλληλουχίες, που αντιπροσωπεύουν 346 είδη.Σε συνδυασμό με το προφίλ ειδών με προσδιορισμό αλληλουχίας αμπλικόνης, αυτή η διάδοση βρέθηκε να είναι ανεξάρτητη από μικροβιακή χλωρίδα που σχετίζεται με τη ρίζα, ωστόσο, θα μπορούσε να διευκολυνθεί από κινητά γενετικά στοιχεία.Αυτή η μελέτη προσδιόρισε τη ροή ARG και παθογόνων από το έδαφος στα φυτά μέσω διασυνδεδεμένου συνεχούς εδάφους-ρίζας.
Αναφορά
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Επιπολασμός γονιδίων αντίστασης στα αντιβιοτικά και βακτηριακών παθογόνων κατά μήκος του συνεχούς εδάφους-ριζών μαγγροβίων.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
