Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία -NGS
Ένα μεταγονιδίωμα είναι μια συλλογή του συνολικού γενετικού υλικού μιας μεικτής κοινότητας οργανισμών, όπως περιβαλλοντικών και ανθρώπινων μεταγονιδιωμάτων. Περιέχει γονιδιώματα καλλιεργήσιμων και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών. Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία κυνηγετικών όπλων με το NGS επιτρέπει τη μελέτη αυτών των περίπλοκων γονιδιωματικών τοπίων ενσωματωμένων σε περιβαλλοντικά δείγματα, παρέχοντας κάτι περισσότερο από ταξινομικό προφίλ, παρέχοντας επίσης αναλυτικές πληροφορίες για την ποικιλότητα των ειδών, τη δυναμική της αφθονίας και τις πολύπλοκες δομές πληθυσμού. Πέρα από τις ταξινομικές μελέτες, η μεταγονιδιωματική του κυνηγετικού όπλου προσφέρει επίσης μια προοπτική λειτουργικής γονιδιωματικής, επιτρέποντας την εξερεύνηση κωδικοποιημένων γονιδίων και τον υποτιθέμενο ρόλο τους στις οικολογικές διεργασίες. Τέλος, η δημιουργία δικτύων συσχέτισης μεταξύ γενετικών στοιχείων και περιβαλλοντικών παραγόντων συμβάλλει στην ολιστική κατανόηση της περίπλοκης αλληλεπίδρασης μεταξύ των μικροβιακών κοινοτήτων και του οικολογικού τους υπόβαθρου. Συμπερασματικά, η μεταγονιδιωματική αλληλουχία αποτελεί βασικό εργαλείο για την αποκάλυψη των γονιδιωματικών περιπλοκών διαφορετικών μικροβιακών κοινοτήτων, φωτίζοντας τις πολύπλευρες σχέσεις μεταξύ γενετικής και οικολογίας μέσα σε αυτά τα πολύπλοκα οικοσυστήματα.
Πλατφόρμες: Illumina NovaSeq και DNBSEQ-T7
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Μέθοδος απομόνωσης και καλλιέργειας χωρίς προφίλ για μικροβιακή κοινότητα: Ενεργοποίηση αλληλουχίας γενετικού υλικού από μη καλλιεργήσιμους οργανισμούς.
●Υψηλή ανάλυση: Ανίχνευση ειδών χαμηλής αφθονίας σε περιβαλλοντικά δείγματα.
●Ολοκληρωμένη Βιοπληροφορική Ανάλυση:Επικεντρώθηκε όχι μόνο στην ταξινομική ποικιλομορφία αλλά και στη λειτουργική ποικιλομορφία της κοινότητας.
●Εκτεταμένη εμπειρία:Με ιστορικό επιτυχούς κλεισίματος πολλαπλών έργων μεταγονιδιωματικής σε διάφορους ερευνητικούς τομείς και επεξεργασίας άνω των 200.000 δειγμάτων, η ομάδα μας προσφέρει πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Πλατφόρμα αλληλουχίας | Στρατηγική Αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Illumina NovaSeq ή DNBSEQ-T7 | ΠΕ150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Απαιτήσεις υπηρεσίας
| Συγκέντρωση (ng/µL) | Συνολικό ποσό (ng) | Όγκος (μL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Χώμα/λάσπη: 2-3γρ
● Εντερικό περιεχόμενο-ζωικό: 0,5-2g
● Εντερικό περιεχόμενο-έντομο: 0,1-0,25γρ
● Επιφάνεια φυτού (εμπλουτισμένο ίζημα): 0,5-1g
● Εμπλουτισμένο ίζημα ζωμού ζύμωσης): 0,2-0,5g
● Περιττώματα (μεγάλα ζώα): 0,5-2γρ
● Κόπρανα (ποντίκι): 3-5 κόκκοι
● Υγρό πνευμονικής κυψελιδικής πλύσης: διηθητικό χαρτί
● Κολπικό επίχρισμα: 5-6 επιχρίσματα
● Επίχρισμα δέρματος/γεννητικών οργάνων/σάλιου/στοματικού μαλακού ιστού/φαρυγγικό επίχρισμα/ορθικό επίχρισμα: 2-3 επιχρίσματα
● Επιφανειακός μικροοργανισμός: 5-6 επιχρίσματα
● Waterbody/air/biofilm: διηθητικό χαρτί
● Ενδόφυτα: 2-3γρ
● Οδοντική πλάκα: 0,5-1γρ
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων αλληλουχίας
● Συγκέντρωση μεταγονιδιώματος και πρόβλεψη γονιδίων
● Γονιδιακός σχολιασμός
● Ταξονομική ανάλυση άλφα ποικιλότητας
● Λειτουργική ανάλυση της κοινότητας: βιολογική λειτουργία, μεταβολική, αντίσταση στα αντιβιοτικά
● Ανάλυση τόσο της λειτουργικής όσο και της ταξινομικής ποικιλομορφίας:
Βήτα ανάλυση ποικιλομορφίας
Ανάλυση μεταξύ ομάδων
Ανάλυση συσχέτισης: μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και σύνθεσης και ποικιλομορφίας OUT
Λειτουργική ανάλυση: αντίσταση στα αντιβιοτικά CARD
Διαφορική ανάλυση μεταβολικών οδών KEGG: θερμικός χάρτης σημαντικών μονοπατιών
Άλφα ποικιλομορφία ταξινομικής κατανομής: δείκτης ACE
Ποικιλότητα βήτα ταξινομικής κατανομής: PCoA
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας μεταγονιδιώματος της BMKGene με την Illumina μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Hai, Q. et αϊ. (2023) «Μεταγονιδιωματική και μεταβολομική ανάλυση των αλλαγών στο εντερικό περιεχόμενο της ιριδίζουσας πέστροφας (Oncorhynchus mykiss) που έχει μολυνθεί από τον ιό της μολυσματικής αιματοποιητικής νέκρωσης σε διαφορετικές θερμοκρασίες νερού καλλιέργειας»,Σύνορα στη Μικροβιολογία, 14, σελ. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et αϊ. (2023) «Μικροβιακές κοινότητες, γονίδια αντίστασης και κίνδυνοι αντίστασης σε αστικές λίμνες διαφορετικών τροφικών καταστάσεων: Εσωτερικοί δεσμοί και εξωτερικές επιρροές»,Journal of Hazardous Materials Advances, 9, σελ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, Μ. et αϊ. (2022) «Η μεταγονιδιωματική ανάλυση αποκάλυψε διαφορές στη σύνθεση και τη λειτουργία μεταξύ των μικροοργανισμών που σχετίζονται με το υγρό και τους συσχετιζόμενους με στερεά μικροοργανισμούς της κοιλιάς προβάτου»,Σύνορα στη Μικροβιολογία, 13, σελ. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et αϊ. (2023) «Η παχύσαρκη μικροχλωρίδα που προέρχεται από το χοίρο Ningxiang επανασυνδέει τον μεταβολισμό της καρνιτίνης για να προωθήσει την εναπόθεση λιπαρών οξέων στους μύες σε άπαχους χοίρους DLY»,Η Καινοτομία, 4(5), σελ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, Χ. et αϊ. (2023) «Μεταγονιδιωματικές γνώσεις σχετικά με τους πιθανούς κινδύνους αντιπροσωπευτικών βιολογικών/μη αποικοδομήσιμων πλαστικών και μη πλαστικών συντριμμιών στο άνω και κάτω τμήμα της εκβολής Haihe, Κίνα»,Επιστήμη του Συνολικού Περιβάλλοντος, 887, σελ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
