Μεταγονιδιωματική Αλληλούχιση -NGS
Ένα μεταγονιδίωμα είναι μια συλλογή του συνολικού γενετικού υλικού μιας μικτής κοινότητας οργανισμών, όπως τα περιβαλλοντικά και ανθρώπινα μεταγονιώματα. Περιέχει γονιδιώματα τόσο καλλιεργήσιμων όσο και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών. Η αλληλούχιση μεταγονιδιώματος με NGS επιτρέπει τη μελέτη αυτών των περίπλοκων γονιδιωματικών τοπίων που είναι ενσωματωμένα σε περιβαλλοντικά δείγματα, παρέχοντας περισσότερα από την ταξινομική καταγραφή, δίνοντας επίσης λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλομορφία των ειδών, τη δυναμική της αφθονίας και τις σύνθετες πληθυσμιακές δομές. Πέρα από τις ταξινομικές μελέτες, η αλληλούχιση μεταγονιδιώματος προσφέρει επίσης μια λειτουργική γονιδιωματική προοπτική, επιτρέποντας την εξερεύνηση κωδικοποιημένων γονιδίων και των πιθανών ρόλων τους στις οικολογικές διεργασίες. Τέλος, η δημιουργία δικτύων συσχέτισης μεταξύ γενετικών στοιχείων και περιβαλλοντικών παραγόντων συμβάλλει σε μια ολιστική κατανόηση της περίπλοκης αλληλεπίδρασης μεταξύ των μικροβιακών κοινοτήτων και του οικολογικού τους υποβάθρου. Συμπερασματικά, η αλληλούχιση μεταγονιδιώματος αποτελεί ένα κεντρικό εργαλείο για την αποκάλυψη των γονιδιωματικών περιπλοκών των ποικίλων μικροβιακών κοινοτήτων, φωτίζοντας τις πολύπλευρες σχέσεις μεταξύ γενετικής και οικολογίας μέσα σε αυτά τα σύνθετα οικοσυστήματα.
Πλατφόρμες: Illumina NovaSeq και DNBSEQ-T7
Πλεονεκτήματα Υπηρεσίας
●Μέθοδος απομόνωσης και καλλιέργειας χωρίς καλλιέργεια για την καταγραφή της μικροβιακής κοινότητας: Δυνατότητα αλληλούχισης γενετικού υλικού από μη καλλιεργήσιμους οργανισμούς.
●Υψηλή ανάλυσηΕντοπισμός ειδών χαμηλής αφθονίας σε περιβαλλοντικά δείγματα.
●Ολοκληρωμένη Βιοπληροφορική Ανάλυση:Εστιάζοντας όχι μόνο στην ταξινομική ποικιλομορφία αλλά και στη λειτουργική ποικιλομορφία της κοινότητας.
●Εκτεταμένη εμπειρία:Με ιστορικό επιτυχούς ολοκλήρωσης πολλαπλών μεταγονιδιωματικών έργων σε διάφορους ερευνητικούς τομείς και επεξεργασίας άνω των 200.000 δειγμάτων, η ομάδα μας προσφέρει πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Πλατφόρμα αλληλούχισης | Στρατηγική αλληλούχισης | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Illumina NovaSeq ή DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Απαιτήσεις Υπηρεσίας
| Συγκέντρωση (ng/µL) | Συνολική ποσότητα (ng) | Όγκος (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Χώμα/λάσπη: 2-3 γρ.
● Εντερικό περιεχόμενο-ζώο: 0,5-2g
● Εντερικό περιεχόμενο-έντομο: 0,1-0,25g
● Επιφάνεια φυτού (εμπλουτισμένο ίζημα): 0,5-1g
● Ίζημα εμπλουτισμένο με ζωμό ζύμωσης): 0,2-0,5 g
● Κόπρανα (μεγάλα ζώα): 0,5-2 g
● Κόπρανα (ποντικού): 3-5 κόκκοι
● Υγρό πνευμονικής κυψελιδικής έκπλυσης: διηθητικό χαρτί
● Κολπικό στυλεό: 5-6 στυλεό
● Επίχρισμα από δέρμα/γεννητικά όργανα/σάλιο/μαλακοί ιστοί από το στόμα/φαρυγγικό επίχρισμα/ορθικό επίχρισμα: 2-3 επίχρισμα
● Επιφανειακός μικροοργανισμός: 5-6 μπατονέτες
● Υδάτινο σώμα/αέρας/βιοφίλμ: διηθητικό χαρτί
● Ενδόφυτα: 2-3 γρ.
● Οδοντική πλάκα: 0,5-1g
Ροή εργασίας εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλούχιση
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων αλληλούχισης
● Συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος και πρόβλεψη γονιδίων
● Γονιδιακή σχολίαση
● Ταξινομική ανάλυση αλφα-ποικιλομορφίας
● Λειτουργική ανάλυση της κοινότητας: βιολογική λειτουργία, μεταβολισμός, αντοχή στα αντιβιοτικά
● Ανάλυση τόσο της λειτουργικής όσο και της ταξινομικής ποικιλομορφίας:
Ανάλυση ποικιλομορφίας βήτα
Ανάλυση μεταξύ ομάδων
Ανάλυση συσχέτισης: μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και σύνθεσης και ποικιλομορφίας OUT
Λειτουργική ανάλυση: Αντοχή στα αντιβιοτικά CARD
Διαφορική ανάλυση των μεταβολικών οδών KEGG: θερμικός χάρτης σημαντικών οδών
Άλφα ποικιλομορφία ταξινομικής κατανομής: Δείκτης ACE
Βήτα ποικιλομορφία ταξινομικής κατανομής: PCoA
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες αλληλούχισης μεταγονιδιώματος της BMKGene με την Illumina μέσα από μια επιμελημένη συλλογή δημοσιεύσεων.
Hai, Q. et al. (2023) «Μεταγονιδιωματική και μεταβολομική ανάλυση των μεταβολών στο εντερικό περιεχόμενο της πέστροφας ουράνιου τόξου (Oncorhynchus mykiss) που έχει μολυνθεί με τον ιό της μολυσματικής αιμοποιητικής νέκρωσης σε διαφορετικές θερμοκρασίες νερού καλλιέργειας»,Σύνορα στη Μικροβιολογία, 14, σελ. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) «Μικροβιακές κοινότητες, γονίδια ανθεκτικότητας και κίνδυνοι αντίστασης σε αστικές λίμνες διαφορετικών τροφικών καταστάσεων: Εσωτερικοί σύνδεσμοι και εξωτερικές επιρροές»,Περιοδικό Προόδων Επικίνδυνων Υλικών, 9, σελ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) «Μεταγονιδιωματική ανάλυση αποκάλυψε διαφορές στη σύνθεση και τη λειτουργία μεταξύ μικροοργανισμών που σχετίζονται με υγρά και στερεά στη μεγάλη κοιλία των προβάτων»,Σύνορα στη Μικροβιολογία, 13, σελ. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) «Η μικροχλωρίδα που προέρχεται από παχύσαρκους χοίρους Ningxiang επαναρυθμίζει τον μεταβολισμό της καρνιτίνης για να προωθήσει την εναπόθεση λιπαρών οξέων στους μυς σε άπαχους χοίρους DLY».Η Καινοτομία, 4(5), σελ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) «Μεταγονιδιωματικές γνώσεις σχετικά με τους πιθανούς κινδύνους αντιπροσωπευτικών βιο/μη αποικοδομήσιμων πλαστικών και μη πλαστικών υπολειμμάτων στα άνω και κάτω τμήματα του εκβολέα Haihe, Κίνα»,Επιστήμη του Συνολικού Περιβάλλοντος, 887, σελ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
