CircRNA

Cirkulära RNA (circRNA) är icke-kodande RNA som bildar cirkulära strukturer och har flera reglerande roller, inklusive att konkurrera med miRNA om målgener och proteinbindning. BMKCloud circRNA-pipelinen är utformad för analys av rRNA-utarmade bibliotek med ett välannoterat och högkvalitativt referensgenom. Analysen börjar med lästrimning och kvalitetskontroll, följt av läsjustering till referensgenomet och prediktion av nya circRNA, i kombination med identifiering av kända circRNA från databaser. Motsvarande miRNA-mål och circRNA-värdar identifieras därefter. Differentiell expressionsanalys avslöjar differentiellt uttryckta circRNA, och motsvarande värdar annoteras funktionellt för att extrahera berikade biologiska funktioner.