Χάρτης θερμότητας
Το αρχείο δεδομένων μήτρας χρησιμοποιείται για τη σχεδίαση θερμικού χάρτη, ο οποίος μπορεί να φιλτράρει, να ομαλοποιεί και να συμπλέγει δεδομένα μήτρας.Χρησιμοποιείται κυρίως για ανάλυση συστάδων του επιπέδου γονιδιακής έκφρασης μεταξύ διαφορετικών δειγμάτων.
Γονιδιακός σχολιασμός
Ο σχολιασμός της συνάρτησης γονιδίου εκτελείται με χαρτογράφηση αλληλουχιών στο αρχείο FASTA σε διάφορες βάσεις δεδομένων.
Γονιδιακός σχολιασμός
Βασικό εργαλείο αναζήτησης τοπικής ευθυγράμμισης
CDS_UTR_Prediction
Αυτό το εργαλείο έχει σχεδιαστεί για την πρόβλεψη κωδικοποιητικών περιοχών (CDS) και μη κωδικοποιητικών περιοχών (UTR) σε δεδομένες αλληλουχίες μεταγραφής που βασίζονται σε ανατινάξεις έναντι γνωστής βάσης δεδομένων πρωτεϊνών και πρόβλεψης ORF.
Οικόπεδο του Μανχάταν
Η γραφική παράσταση Μανχάταν επιτρέπει την εμφάνιση δεδομένων με μεγάλο αριθμό σημείων δεδομένων.Χρησιμοποιείται συνήθως σε μελέτες συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS).
Τσίρκο
Το διάγραμμα CIRCOS επιτρέπει την άμεση παρουσίαση των κατανομών SNP, InDeL, SV, CNV στο γονιδίωμα.
GO_Εμπλουτισμός
Το TopGO είναι ένα εργαλείο σχεδιασμένο για λειτουργικό εμπλουτισμό.Το πακέτο TopGO-Bioconductor περιλαμβάνει ανάλυση διαφορικής έκφρασης, ανάλυση εμπλουτισμού GO και οπτικοποίηση των αποτελεσμάτων.Θα δημιουργήσει έναν φάκελο με έξοδο με το όνομα "Graph", ο οποίος περιέχει αποτελέσματα για topGO_BP, topGO_CC και topGO_MF.
WGCNA
Το WGCNA είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος εξόρυξης δεδομένων για την ανακάλυψη μονάδων συνέκφρασης γονιδίων.Εφαρμόζεται σε διάφορα δεδομένα έκφρασης, συμπεριλαμβανομένων δεδομένων μικροσυστοιχιών και δεδομένων γονιδιακής έκφρασης που προέρχονται από την αλληλουχία επόμενης γενιάς.
InterProScan
Ανάλυση και ταξινόμηση αλληλουχίας πρωτεΐνης InterPro
GO_KEGG_Εμπλουτισμός
Αυτό το εργαλείο έχει σχεδιαστεί για τη δημιουργία ιστογράμματος εμπλουτισμού GO, ιστογράμματος εμπλουτισμού KEGG και διαδρομής εμπλουτισμού KEGG με βάση το παρεχόμενο σύνολο γονιδίων και τον αντίστοιχο σχολιασμό.