mRNA-seq (NGS) με γονιδίωμα αναφοράς
Το RNA-seq είναι ένα τυπικό εργαλείο σε όλες τις βιοεπιστήμες και τις επιστήμες των καλλιεργειών, γεφυρώνοντας το χάσμα μεταξύ γονιδιωμάτων και πρωτεωμάτων. Η δύναμή του έγκειται στην ανακάλυψη νέων μεταγραφών και στην ποσοτικοποίηση της έκφρασής τους σε μία μόνο δοκιμασία. Χρησιμοποιείται ευρέως για συγκριτικές μεταγραφικές μελέτες, ρίχνοντας φως σε γονίδια που σχετίζονται με διάφορα χαρακτηριστικά ή φαινοτύπους, όπως η σύγκριση μεταλλαγμένων με άγριους τύπους ή η αποκάλυψη γονιδιακής έκφρασης υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Η εφαρμογή BMKCloud mRNA(Reference) ενσωματώνει την ποσοτικοποίηση έκφρασης, την ανάλυση διαφορικής έκφρασης (DEG) και τις αναλύσεις δομής αλληλουχίας στον αγωγό βιοπληροφορικής mRNA-seq(NGS) και συνδυάζει τα πλεονεκτήματα παρόμοιου λογισμικού, εξασφαλίζοντας ευκολία και φιλικότητα προς το χρήστη. Οι χρήστες μπορούν να ανεβάσουν τα δεδομένα RNA-seq τους στο cloud, όπου η εφαρμογή προσφέρει μια ολοκληρωμένη, ολοκληρωμένη λύση βιοπληροφορικής ανάλυσης. Επιπλέον, δίνει προτεραιότητα στην εμπειρία του πελάτη, προσφέροντας εξατομικευμένες λειτουργίες προσαρμοσμένες στις συγκεκριμένες ανάγκες των χρηστών. Οι χρήστες μπορούν να ορίσουν παραμέτρους και να υποβάλουν μόνοι τους την αποστολή του αγωγού, να ελέγξουν την διαδραστική αναφορά, να δουν δεδομένα/διαγράμματα και να ολοκληρώσουν την εξόρυξη δεδομένων, όπως: επιλογή γονιδίου-στόχου, λειτουργική ομαδοποίηση, δημιουργία διαγραμμάτων κ.λπ.
Πλατφόρμα:Illumina, MGI
Στρατηγική:RNA-Seq
Σχέδιο: Παριεδωμένα, καθαρά δεδομένα.
Τύπος βιβλιοθήκης:fr-μη κλώνος, fr-πρώτη αλυσίδα ή fr-δεύτερη αλυσίδα
Διάρκεια ανάγνωσης:150 bp
Τύπος αρχείου:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ή *.fq.gz. Το σύστημα θααυτόματα αντιστοιχίζει τα αρχεία .fastq σύμφωνα με τα ονόματά τους,π.χ. *_1.fastq σε συνδυασμό με *._2.fastq.
Αριθμός δειγμάτων:Δεν υπάρχουν περιορισμοί στον αριθμόδειγμάτων, αλλά ο χρόνος ανάλυσης θα αυξηθεί καθώς ο αριθμός τωντα δείγματα αυξάνονται.
Συνιστώμενη ποσότητα δεδομένων:6G ανά δείγμα