Αλληλουχία γονιδιώματος φυτών/ζώων De Novo
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
Ανάπτυξη πλατφορμών αλληλούχισης και βιοπληροφορικής σεde novoσυναρμολόγηση γονιδιώματος
(Amarasinghe SL et al.,Βιολογία Γονιδιώματος, 2020)
● Κατασκευή νέων γονιδιωμάτων και βελτίωση υπαρχόντων γονιδιωμάτων αναφοράς για είδη ενδιαφέροντος.
● Μεγαλύτερη ακρίβεια, συνέχεια και πληρότητα στη συναρμολόγηση
● Δημιουργία θεμελιωδών πόρων για έρευνα στον πολυμορφισμό αλληλουχιών, τα QTL, την επεξεργασία γονιδίων, την αναπαραγωγή κ.λπ.
● Εξοπλισμένο με πλήρες φάσμα πλατφορμών αλληλούχισης τρίτης γενιάς: λύση συναρμολόγησης γονιδιώματος μίας στάσης
● Ευέλικτες στρατηγικές προσδιορισμού αλληλουχίας και συναρμολόγησης που πληρούν διάφορα γονιδιώματα με διαφορετικά χαρακτηριστικά
● Υψηλής εξειδίκευσης ομάδα βιοπληροφορικών με μεγάλη εμπειρία σε σύνθετες συνθέσεις γονιδιώματος, συμπεριλαμβανομένων πολυπλοειδών, γιγάντων γονιδιωμάτων κ.λπ.
● Πάνω από 100 επιτυχημένες υποθέσεις με σωρευτικό δημοσιευμένο συντελεστή αντίκτυπου πάνω από 900
● Χρόνος περιστροφής έως και 3 μήνες για συγκρότηση γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος.
● Στερεή τεχνική υποστήριξη με μια σειρά από διπλώματα ευρεσιτεχνίας και πνευματικά δικαιώματα λογισμικού τόσο στην πειραματική πλευρά όσο και στη βιοπληροφορική.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
|
Περιεχόμενο
|
Πλατφόρμα
|
Διάβασε το μήκος
|
Κάλυψη
|
| Έρευνα Γονιδιώματος
| Illumina NovaSeq
| ΠΕ150
| ≥ 50Χ
|
| Αλληλουχία Γονιδιώματος
| PacBio Revio
| Αναγνώσεις HiFi 15 kb
| ≥ 30Χ
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| ΠΕ150
| ≥100X
|
Ροή εργασίας
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
| Είδος | Ιστός | Για το PacBio | Για το Nanopore |
| Των ζώων | Σπλαχνικά όργανα (ήπαρ, σπλήνα, κ.λπ.) | ≥ 1,0 γρ | ≥ 3,5 γρ |
| Μυς | ≥ 1,5 γρ | ≥ 5,0 γρ | |
| Αίμα θηλαστικών | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Αίμα ψαριών ή πουλιών | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Φυτά | Φρέσκα φύλλα | ≥ 1,5 γρ | ≥ 5,0 γρ |
| Πέταλο ή στέλεχος | ≥ 3,5 γρ | ≥ 10,0 γρ | |
| Ρίζες ή σπόροι | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 γρ | |
| Κύτταρα | Κυτταρικής καλλιέργειας | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Για τα περισσότερα δείγματα, συνιστούμε να μην διατηρείται σε αιθανόλη.
Επισήμανση δειγμάτων: Τα δείγματα πρέπει να φέρουν σαφή σήμανση και να είναι πανομοιότυπα με το υποβληθέν δείγμα φόρμας πληροφοριών.
Αποστολή: Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει πρώτα να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ είναι όλα από γονιδιώματα που δημοσιεύθηκαν με τη Biomarker Technologies
1.Circos στη συγκρότηση γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος τουG. rotundifoliumαπό την πλατφόρμα αλληλουχίας Nanopore
Wang M et al.,Μοριακή Βιολογία και Εξέλιξη, 2021
2.Στατιστικά στοιχεία συναρμολόγησης και σχολιασμού του γονιδιώματος της σίκαλης Weining
Li G et al.,Γενετική της Φύσης, 2021
3.Γονιδιακή πρόβλεψη τουSechium eduleγονιδίωμα, που προέρχεται από τρεις μεθόδους πρόβλεψης:De novoπρόβλεψη, πρόβλεψη με βάση την ομολογία και πρόβλεψη βάσει δεδομένων RNA-Seq
Fu A et al.,Οπωροκηπευτική Έρευνα, 2021
4. Αναγνώριση ανέπαφων μακρών τερματικών επαναλήψεων σε τρία γονιδιώματα βαμβακιού
Wang M et al.,Μοριακή Βιολογία και Εξέλιξη, 2021
5.Hi-C θερμικός χάρτης τουC. acuminataγονιδίωμα που δείχνει αλληλεπιδράσεις σε όλο το γονιδίωμα.Η ένταση των αλληλεπιδράσεων Hi-C είναι ανάλογη της γραμμικής απόστασης μεταξύ των σημείων.Μια καθαρή ευθεία γραμμή σε αυτόν τον χάρτη θερμότητας υποδεικνύει μια πολύ ακριβή αγκύρωση των contigs στα χρωμοσώματα.(Αναλογία Contig αγκύρωσης: 96,03%)
kang M et al.,Επικοινωνίες για τη φύση,2021
Θήκη BMK
Ένα συγκρότημα γονιδιώματος υψηλής ποιότητας αναδεικνύει τα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά της σίκαλης και τα γεωπονικά σημαντικά γονίδια
Δημοσίευσε: Γενετική της Φύσης, 2021
Στρατηγική αλληλουχίας:
Συγκρότημα γονιδιώματος: Λειτουργία PacBio CLR με βιβλιοθήκη 20 kb (497 Gb, περ. 63×)
Διόρθωση ακολουθίας: NGS με βιβλιοθήκη DNA 270 bp (430 Gb, περ. 54×) στην πλατφόρμα Illumina
Συνδέσεις αγκυρώσεως: Βιβλιοθήκη Hi-C (560 Gb, περ. 71×) στην πλατφόρμα Illumina
Οπτικός χάρτης: (779,55 Gb, περ. 99×) στο Bionano Irys
Βασικά αποτελέσματα
1. Δημοσιεύθηκε ένα συγκρότημα γονιδιώματος σίκαλης Weining με συνολικό μέγεθος γονιδιώματος 7,74 Gb (98,74% του εκτιμώμενου μεγέθους γονιδιώματος με κυτταρομετρία ροής).Το ικρίωμα N50 αυτού του συγκροτήματος πέτυχε 1,04 Gb.Το 93,67% των contigs αγκυροβολήθηκαν επιτυχώς σε 7 ψευδοχρωμοσώματα.Αυτή η συναρμολόγηση αξιολογήθηκε με χάρτη σύνδεσης, LAI και BUSCO, που οδήγησαν σε υψηλές βαθμολογίες σε όλες τις αξιολογήσεις.
2. Περαιτέρω μελέτες σχετικά με τη συγκριτική γονιδιωματική, τον χάρτη γενετικής σύνδεσης, τις μεταγραφικές μελέτες πραγματοποιήθηκαν στη βάση αυτού του γονιδιώματος.Αποκαλύφθηκε μια σειρά γονιδιωματικών χαρακτηριστικών που σχετίζονται με τα χαρακτηριστικά, συμπεριλαμβανομένων των διπλασιασμών γονιδίων σε όλο το γονιδίωμα και της επίδρασής τους στα γονίδια βιοσύνθεσης αμύλου.φυσική οργάνωση σύνθετων τόπων προλαμίνης, χαρακτηριστικά γονιδιακής έκφρασης που υποκρύπτουν το χαρακτηριστικό πρώιμης επικεφαλίδας και υποτιθέμενες χρωμοσωμικές περιοχές και τόποι που σχετίζονται με την εξημέρωση στη σίκαλη.
 Διάγραμμα Circos σχετικά με τα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά του γονιδιώματος της σίκαλης Weining |  Αναλύσεις εξελικτικής και σύνθεσης χρωμοσωμάτων του γονιδιώματος της σίκαλης |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Ένα συγκρότημα γονιδιώματος υψηλής ποιότητας αναδεικνύει τα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά της σίκαλης και τα γεωπονικά σημαντικά γονίδια.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
