-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Η πλατφόρμα Amplicon (16S/18S/ITS) έχει αναπτυχθεί με πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλότητας, η οποία περιέχει τυποποιημένη βασική ανάλυση και εξατομικευμένη ανάλυση: η βασική ανάλυση καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας, το περιεχόμενο ανάλυσης είναι πλούσιο και περιεκτικό, και τα αποτελέσματα της ανάλυσης παρουσιάζονται με τη μορφή εκθέσεων έργου.Το περιεχόμενο της εξατομικευμένης ανάλυσης είναι ποικίλο.Τα δείγματα μπορούν να επιλεγούν και οι παράμετροι μπορούν να ρυθμιστούν με ευελιξία σύμφωνα με τη βασική αναφορά ανάλυσης και τον ερευνητικό σκοπό, για την πραγματοποίηση εξατομικευμένων απαιτήσεων.Λειτουργικό σύστημα Windows, απλό και γρήγορο.
-
PacBio-Πλήρης μεταγραφή (Μη Αναφορά)
Λαμβάνοντας ως είσοδο δεδομένα αλληλουχίας ισομορφών Pacific Biosciences (PacBio), αυτή η εφαρμογή είναι σε θέση να αναγνωρίσει αλληλουχίες μεταγραφής πλήρους μήκους (χωρίς συναρμολόγηση).Με χαρτογράφηση πλήρους μήκους αλληλουχιών έναντι του γονιδιώματος αναφοράς, τα μεταγραφήματα μπορούν να βελτιστοποιηθούν από γνωστά γονίδια, μεταγραφές, κωδικοποιητικές περιοχές, κ.λπ.Η κοινή ανάλυση με δεδομένα αλληλουχίας μεταγραφής NGS επιτρέπει πιο ολοκληρωμένο σχολιασμό και πιο ακριβή ποσοτικοποίηση στην έκφραση σε επίπεδο μεταγραφής, κάτι που ωφελεί σε μεγάλο βαθμό τη διαφορική έκφραση και τη λειτουργική ανάλυση κατάντη.
-
Εργαλειοθήκες
Το BMKCloud είναι μια κορυφαία βιοπληροφορική πλατφόρμα που παρέχει ενιαία λύση για προγράμματα γονιδιώματος, την οποία εμπιστεύονται ευρέως ερευνητές σε διάφορους τομείς, όπως ιατρικές, γεωργικές, περιβαλλοντικές κ.λπ. , υπολογιστικούς πόρους, δημόσια βάση δεδομένων, διαδικτυακά μαθήματα βιοπληροφορικής, κ.λπ. Το BMKCloud διαθέτει διάφορα συχνά χρησιμοποιούμενα βιοπληροφορικά εργαλεία που περιλαμβάνουν σχολιασμό γονιδίων, εξελικτικά γενετικά εργαλεία, ncRNA, έλεγχο ποιότητας δεδομένων, συναρμολόγηση, ευθυγράμμιση, εξαγωγή δεδομένων, μεταλλάξεις, στατιστικά στοιχεία, γεννήτρια ψηφίων, ακολουθία ανάλυση κ.λπ.
-
μικρό RNA
Τα μικρά RNA είναι τύπος μικρού μη κωδικοποιητικού RNA με μέσο μήκος 18-30 nt, συμπεριλαμβανομένων των miRNA, siRNA και piRNA.Αυτά τα μικρά RNA έχουν μαζικά αναφερθεί ότι εμπλέκονται σε διάφορες βιολογικές διεργασίες όπως η αποικοδόμηση του mRNA, η αναστολή μετάφρασης, ο σχηματισμός ετεροχρωματίνης κ.λπ. Η ανάλυση αλληλουχίας μικρού RNA έχει εφαρμοστεί ευρέως σε μελέτες για την ανάπτυξη ζώων/φυτών, ασθένειες, ιούς κ.λπ. Μικρό RNA Η πλατφόρμα ανάλυσης αλληλουχίας αποτελείται από τυπική ανάλυση και προηγμένη εξόρυξη δεδομένων.Με βάση τα δεδομένα RNA-seq, η τυπική ανάλυση μπορεί να επιτύχει ταυτοποίηση και πρόβλεψη miRNA, πρόβλεψη γονιδίου στόχου miRNA, σχολιασμό και ανάλυση έκφρασης.Η προηγμένη ανάλυση επιτρέπει την προσαρμοσμένη αναζήτηση και εξαγωγή miRNA, τη δημιουργία διαγραμμάτων Venn, τη δημιουργία δικτύου miRNA και γονιδίου στόχου.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
Το NGS-WGS είναι μια πλατφόρμα ανάλυσης ανα-αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος, η οποία έχει αναπτυχθεί με βάση την πλούσια εμπειρία στις Τεχνολογίες Biomarker.Αυτή η εύχρηστη πλατφόρμα επιτρέπει τη γρήγορη υποβολή μιας ολοκληρωμένης ροής εργασιών ανάλυσης ορίζοντας απλώς μερικές βασικές παραμέτρους, οι οποίες ταιριάζουν στα δεδομένα αλληλουχίας DNA που παράγονται τόσο από την πλατφόρμα Illumina όσο και από την πλατφόρμα αλληλουχίας BGI.Αυτή η πλατφόρμα έχει αναπτυχθεί σε υπολογιστικό διακομιστή υψηλής απόδοσης, ο οποίος ενδυναμώνει την εξαιρετικά αποτελεσματική ανάλυση δεδομένων σε πολύ περιορισμένο χρόνο.Η εξατομικευμένη εξόρυξη δεδομένων είναι διαθέσιμη βάσει τυπικής ανάλυσης, συμπεριλαμβανομένου του ερωτήματος μεταλλαγμένου γονιδίου, του σχεδιασμού εκκινητών PCR κ.λπ.
-
mRNA (Αναφορά)
Το μεταγραφικό είναι ο σύνδεσμος μεταξύ της γονιδιωματικής γενετικής πληροφορίας και του πρωτεώματος της βιολογικής λειτουργίας.Η ρύθμιση μεταγραφικού επιπέδου είναι ο πιο σημαντικός και ο πιο ευρέως μελετημένος τρόπος ρύθμισης των οργανισμών.Η αλληλουχία του μεταγραφώματος μπορεί να καθορίσει την αλληλουχία του μεταγραφώματος σε οποιαδήποτε χρονική στιγμή ή υπό οποιεσδήποτε συνθήκες, με ανάλυση ακριβή σε ένα μεμονωμένο νουκλεοτίδιο. Μπορεί να αντικατοπτρίζει δυναμικά το επίπεδο μεταγραφής γονιδίου, ταυτοχρόνως να αναγνωρίζει και να ποσοτικοποιεί σπάνια και φυσιολογικά μεταγραφήματα και να παρέχει τις δομικές πληροφορίες του δείγμα συγκεκριμένων μεταγραφών.
Επί του παρόντος, η τεχνολογία αλληλουχίας μεταγραφομένων έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως στη γεωπονία, την ιατρική και άλλα ερευνητικά πεδία, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης ανάπτυξης ζώων και φυτών, περιβαλλοντικής προσαρμογής, ανοσολογικής αλληλεπίδρασης, εντοπισμού γονιδίων, γενετικής εξέλιξης ειδών και ανίχνευσης όγκων και γενετικών ασθενειών.
-
Μεταγονιδιωματική (NGS)
Αυτή η πλατφόρμα ανάλυσης έχει σχεδιαστεί για ανάλυση μεταγονιδιωματικών δεδομένων κυνηγετικών όπλων με βάση την πολυετή εμπειρία.Αποτελείται από ολοκληρωμένη ροή εργασίας που περιέχει διάφορες αναλύσεις μεταγονιδιωματικής που συνήθως απαιτούνται, όπως επεξεργασία δεδομένων, μελέτες σε επίπεδο είδους, μελέτες σε επίπεδο γονιδιακής λειτουργίας, σύνδεση μεταγονιδιώματος κ.λπ. , ρύθμιση παραμέτρων, εξατομικευμένη δημιουργία ψηφίων κ.λπ.
-
LncRNA
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNA) είναι ένας τύπος μεταγραφών με μήκος μεγαλύτερο από 200 nt, που δεν μπορούν να κωδικοποιήσουν πρωτεΐνες.Σωρευτικά στοιχεία υποδηλώνουν ότι τα περισσότερα από τα lncRNA είναι πολύ πιθανό να είναι λειτουργικά.Οι τεχνολογίες αλληλουχίας υψηλής απόδοσης και τα εργαλεία βιοπληροφορικής ανάλυσης μας δίνουν τη δυνατότητα να αποκαλύπτουμε αλληλουχίες lncRNA και πληροφορίες θέσης πιο αποτελεσματικά και μας οδηγούν στην ανακάλυψη lncRNA με κρίσιμες ρυθμιστικές λειτουργίες.Η BMKCloud είναι περήφανη που παρέχει στους πελάτες μας πλατφόρμα ανάλυσης αλληλουχίας lncRNA για την επίτευξη γρήγορης, αξιόπιστης και ευέλικτης ανάλυσης lncRNA.
-
GWAS
Η μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS) στοχεύει στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών (γονότυπος) που σχετίζονται με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά (φαινότυπος).Οι μελέτες GWA διερευνούν γενετικούς δείκτες που διασχίζουν ολόκληρο το γονιδίωμα μεγάλου αριθμού ατόμων και προβλέπει συσχετίσεις γονότυπου-φαινοτύπου με στατιστική ανάλυση σε επίπεδο πληθυσμού.Η αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος μπορεί ενδεχομένως να ανακαλύψει όλες τις γενετικές παραλλαγές.Σε συνδυασμό με φαινοτυπικά δεδομένα, το GWAS μπορεί να υποβληθεί σε επεξεργασία για τον εντοπισμό SNP που σχετίζονται με φαινότυπο, QTL και υποψήφια γονίδια, τα οποία υποστηρίζουν ισχυρά τη σύγχρονη αναπαραγωγή ζώων/φυτών.Το SLAF είναι μια απλοποιημένη στρατηγική αλληλουχίας γονιδιώματος που αναπτύχθηκε μόνος του, η οποία ανακαλύπτει κατανεμημένους δείκτες σε όλο το γονιδίωμα, SNP.Αυτά τα SNP, ως μοριακοί γενετικοί δείκτες, μπορούν να υποβληθούν σε επεξεργασία για μελέτες συσχέτισης με στοχευμένα χαρακτηριστικά.Είναι μια οικονομικά αποδοτική στρατηγική για τον εντοπισμό σύνθετων χαρακτηριστικών που σχετίζονται με γενετικές παραλλαγές.
-
Νανοπορική Μεταγραφική πλήρους μήκους
Οι σύνθετες και μεταβλητές εναλλακτικές ισομορφές σε οργανισμούς είναι σημαντικοί γενετικοί μηχανισμοί για τη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και της ποικιλότητας των πρωτεϊνών.Η ακριβής αναγνώριση των δομών μεταγραφής είναι η βάση για τη σε βάθος μελέτη των μοτίβων ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης.Η πλατφόρμα προσδιορισμού αλληλουχίας νανοπόρων έχει φέρει με επιτυχία τη μεταγραφική μελέτη σε επίπεδο ισομορφής.Αυτή η πλατφόρμα ανάλυσης έχει σχεδιαστεί για να αναλύει δεδομένα RNA-Seq που δημιουργούνται στην πλατφόρμα Nanopore με βάση το γονιδίωμα αναφοράς, το οποίο επιτυγχάνει ποιοτικές και ποσοτικές αναλύσεις τόσο σε επίπεδο γονιδίου όσο και σε επίπεδο μεταγραφών.
-
circ-RNA
Το κυκλικό RNA (circRNA) είναι ένας τύπος μη κωδικοποιητικού RNA, το οποίο πρόσφατα βρέθηκε ότι παίζει ζωτικό ρόλο σε ρυθμιστικά δίκτυα που εμπλέκονται στην ανάπτυξη, την περιβαλλοντική αντίσταση κ.λπ. Διακρίνεται από τα γραμμικά μόρια RNA, π.χ. mRNA, lncRNA, 3' και 5' Τα άκρα του circRNA ενώνονται μεταξύ τους για να σχηματίσουν μια κυκλική δομή, η οποία τα σώζει από την πέψη της εξωνουκλεάσης και είναι πιο σταθερά από τα περισσότερα γραμμικά RNA.Το CircRNA έχει βρεθεί ότι έχει ποικίλες λειτουργίες στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης.Το CircRNA μπορεί να λειτουργήσει ως ceRNA, το οποίο δεσμεύει το miRNA ανταγωνιστικά, γνωστό ως σπόγγος miRNA.Η πλατφόρμα ανάλυσης αλληλουχίας CircRNA ενισχύει την ανάλυση δομής και έκφρασης circRNA, πρόβλεψη στόχων και κοινή ανάλυση με άλλους τύπους μορίων RNA
-
BSA
Η πλατφόρμα Bulked Segregant Analysis αποτελείται από τυπική ανάλυση ενός βήματος και προηγμένη ανάλυση με προσαρμοσμένη ρύθμιση παραμέτρων.Η BSA είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον γρήγορο εντοπισμό γενετικών δεικτών που σχετίζονται με φαινότυπο.Η κύρια ροή εργασίας του BSA περιλαμβάνει: 1. Επιλογή δύο ομάδων ατόμων με εξαιρετικά αντίθετους φαινοτύπους.2. Συνένωση του DNA, RNA ή SLAF-seq (αναπτύχθηκε από τη Biomarker) όλων των ατόμων για να σχηματίσει δύο όγκους DNA.3. αναγνώριση διαφορικών αλληλουχιών έναντι του γονιδιώματος αναφοράς ή ενδιάμεσα, 4. Πρόβλεψη υποψήφιων συνδεδεμένων περιοχών με αλγόριθμο ED και SNP-index.5. Λειτουργική ανάλυση και εμπλουτισμός γονιδίων σε υποψήφιες περιοχές, κ.λπ. Διατίθεται επίσης πιο προηγμένη εξόρυξη δεδομένων, συμπεριλαμβανομένου του ελέγχου γενετικών δεικτών και του σχεδιασμού εκκινητών.
