-
PacBio-Αλληλούχιση Αμπλικόν 16S/18S/ITS πλήρους μήκους
Η πλατφόρμα Amplicon (16S/18S/ITS) έχει αναπτυχθεί με πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλομορφίας, η οποία περιλαμβάνει τυποποιημένη βασική ανάλυση και εξατομικευμένη ανάλυση: η βασική ανάλυση καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας, το περιεχόμενο της ανάλυσης είναι πλούσιο και ολοκληρωμένο και τα αποτελέσματα της ανάλυσης παρουσιάζονται με τη μορφή αναφορών έργου. Το περιεχόμενο της εξατομικευμένης ανάλυσης είναι ποικίλο. Τα δείγματα μπορούν να επιλεγούν και οι παράμετροι μπορούν να οριστούν ευέλικτα σύμφωνα με την βασική αναφορά ανάλυσης και τον ερευνητικό σκοπό, για την πραγματοποίηση εξατομικευμένων απαιτήσεων. Λειτουργικό σύστημα Windows, απλό και γρήγορο.
-
PacBio-Μεταγραφή πλήρους μήκους (Μη Αναφοράς)
Λαμβάνοντας ως δεδομένα εισόδου δεδομένα αλληλούχισης ισομορφών της Pacific Biosciences (PacBio), αυτή η εφαρμογή είναι σε θέση να αναγνωρίσει αλληλουχίες μεταγράφων πλήρους μήκους (χωρίς συναρμολόγηση). Με την αντιστοίχιση αλληλουχιών πλήρους μήκους με το γονιδίωμα αναφοράς, τα μεταγραφήματα μπορούν να βελτιστοποιηθούν με γνωστά γονίδια, μεταγραφές, κωδικοποιητικές περιοχές κ.λπ. Σε αυτήν την περίπτωση, μπορεί να επιτευχθεί ακριβέστερη αναγνώριση δομών mRNA, όπως εναλλακτική συρραφή κ.λπ. Η κοινή ανάλυση με δεδομένα αλληλούχισης μεταγραφώματος NGS επιτρέπει πιο ολοκληρωμένη σχολιασμό και πιο ακριβή ποσοτικοποίηση στην έκφραση σε επίπεδο μεταγράφου, κάτι που ωφελεί σε μεγάλο βαθμό την κατάντη διαφορική έκφραση και τη λειτουργική ανάλυση.
-
Εργαλειοθήκες
Το BMKCloud είναι μια κορυφαία βιοπληροφορική πλατφόρμα που παρέχει ολοκληρωμένες λύσεις για γονιδιωματικά προγράμματα, τις οποίες εμπιστεύονται ευρέως ερευνητές σε διάφορους τομείς, όπως ιατρικοί, γεωργικοί, περιβαλλοντικοί κ.λπ. Το BMKCloud έχει δεσμευτεί να παρέχει ολοκληρωμένες, αξιόπιστες και αποτελεσματικές υπηρεσίες, συμπεριλαμβανομένων πλατφορμών και εργαλείων βιοπληροφορικής ανάλυσης, υπολογιστικών πόρων, δημόσιων βάσεων δεδομένων, διαδικτυακών μαθημάτων βιοπληροφορικής κ.λπ. Το BMKCloud διαθέτει διάφορα συχνά χρησιμοποιούμενα βιοπληροφορικά εργαλεία, όπως σχολιασμός γονιδίων, εξελικτικά γενετικά εργαλεία, ncRNA, έλεγχο ποιότητας δεδομένων, συναρμολόγηση, ευθυγράμμιση, εξαγωγή δεδομένων, μεταλλάξεις, στατιστικά στοιχεία, γεννήτρια αριθμών, ανάλυση αλληλουχίας κ.λπ.
-
Μικρό RNA
Τα μικρά RNA είναι τύποι βραχέων μη κωδικοποιητικών RNA με μέσο μήκος 18-30 nt, συμπεριλαμβανομένων των miRNA, siRNA και piRNA. Αυτά τα μικρά RNA έχουν αναφερθεί μαζικά ότι εμπλέκονται σε διάφορες βιολογικές διεργασίες όπως η αποικοδόμηση του mRNA, η αναστολή της μετάφρασης, ο σχηματισμός ετεροχρωματίνης κ.λπ. Η ανάλυση αλληλούχισης μικρών RNA έχει εφαρμοστεί ευρέως σε μελέτες για την ανάπτυξη ζώων/φυτών, ασθένειες, ιούς κ.λπ. Η πλατφόρμα ανάλυσης αλληλούχισης μικρών RNA αποτελείται από τυπική ανάλυση και προηγμένη εξόρυξη δεδομένων. Με βάση τα δεδομένα RNA-seq, η τυπική ανάλυση μπορεί να επιτύχει ταυτοποίηση και πρόβλεψη miRNA, πρόβλεψη γονιδίων-στόχων miRNA, σχολιασμό και ανάλυση έκφρασης. Η προηγμένη ανάλυση επιτρέπει την προσαρμοσμένη αναζήτηση και εξαγωγή miRNA, τη δημιουργία διαγράμματος Venn, τη δημιουργία δικτύου miRNA και γονιδίων-στόχων.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
Το NGS-WGS είναι μια πλατφόρμα ανάλυσης επανααλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος, η οποία αναπτύχθηκε με βάση την πλούσια εμπειρία στις τεχνολογίες βιοδεικτών. Αυτή η εύχρηστη πλατφόρμα επιτρέπει την γρήγορη υποβολή μιας ολοκληρωμένης ροής εργασίας ανάλυσης, απλώς ορίζοντας μερικές βασικές παραμέτρους, οι οποίες ταιριάζουν στα δεδομένα αλληλούχισης DNA που παράγονται τόσο από την πλατφόρμα Illumina όσο και από την πλατφόρμα αλληλούχισης BGI. Αυτή η πλατφόρμα αναπτύσσεται σε διακομιστή υπολογιστών υψηλής απόδοσης, ο οποίος επιτρέπει την εξαιρετικά αποτελεσματική ανάλυση δεδομένων σε πολύ περιορισμένο χρόνο. Η εξατομικευμένη εξόρυξη δεδομένων είναι διαθέσιμη με βάση την τυπική ανάλυση, συμπεριλαμβανομένου του ερωτήματος για μεταλλαγμένα γονίδια, του σχεδιασμού εκκινητών PCR κ.λπ.
-
mRNA (Αναφορά)
Το μεταγραφώμα είναι ο σύνδεσμος μεταξύ της γονιδιωματικής γενετικής πληροφορίας και του πρωτεώματος της βιολογικής λειτουργίας. Η ρύθμιση του μεταγραφικού επιπέδου είναι ο πιο σημαντικός και ο πιο ευρέως μελετημένος τρόπος ρύθμισης των οργανισμών. Η αλληλούχιση του μεταγραφώματος μπορεί να προσδιορίσει την αλληλούχιση του μεταγραφώματος σε οποιαδήποτε χρονική στιγμή ή υπό οποιεσδήποτε συνθήκες, με ακρίβεια ανάλυσης ενός μόνο νουκλεοτιδίου. Μπορεί να αντανακλά δυναμικά το επίπεδο της γονιδιακής μεταγραφής, να αναγνωρίζει και να ποσοτικοποιεί ταυτόχρονα σπάνια και φυσιολογικά μεταγραφήματα και να παρέχει τις δομικές πληροφορίες των μεταγραφών που αφορούν συγκεκριμένα δείγματα.
Προς το παρόν, η τεχνολογία αλληλούχισης μεταγραφωμάτων έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως στην αγρονομία, την ιατρική και άλλους ερευνητικούς τομείς, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης της ανάπτυξης ζώων και φυτών, της περιβαλλοντικής προσαρμογής, της ανοσολογικής αλληλεπίδρασης, του εντοπισμού γονιδίων, της γενετικής εξέλιξης των ειδών και της ανίχνευσης όγκων και γενετικών ασθενειών.
-
Μεταγονιδιωματική (NGS)
Αυτή η πλατφόρμα ανάλυσης έχει σχεδιαστεί για την άμεση ανάλυση μεταγονιδιωματικών δεδομένων με βάση την πολυετή εμπειρία. Αποτελείται από ενσωματωμένη ροή εργασίας που περιέχει διάφορες κοινώς απαραίτητες μεταγονιδιωματικές αναλύσεις, όπως επεξεργασία δεδομένων, μελέτες σε επίπεδο είδους, μελέτες σε επίπεδο γονιδιακής λειτουργίας, ομαδοποίηση μεταγονιδιώματος κ.λπ. Επιπλέον, προσαρμοσμένα εργαλεία εξόρυξης δεδομένων είναι διαθέσιμα στην τυπική ροή εργασίας ανάλυσης, όπως ερωτήματα γονιδίων και ειδών, ρύθμιση παραμέτρων, δημιουργία εξατομικευμένων σχημάτων κ.λπ.
-
LncRNA
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNA) είναι ένας τύπος μεταγραφών με μήκος μεγαλύτερο από 200 nt, τα οποία δεν είναι σε θέση να κωδικοποιήσουν πρωτεΐνες. Συσσωρευμένα στοιχεία υποδηλώνουν ότι τα περισσότερα lncRNA είναι πολύ πιθανό να είναι λειτουργικά. Οι τεχνολογίες αλληλούχισης υψηλής απόδοσης και τα εργαλεία βιοπληροφορικής ανάλυσης μας δίνουν τη δυνατότητα να αποκαλύπτουμε αλληλουχίες lncRNA και πληροφορίες τοποθέτησης πιο αποτελεσματικά και μας οδηγούν στην ανακάλυψη lncRNA με κρίσιμες ρυθμιστικές λειτουργίες. Η BMKCloud είναι περήφανη που παρέχει στους πελάτες μας πλατφόρμα ανάλυσης αλληλούχισης lncRNA για την επίτευξη γρήγορης, αξιόπιστης και ευέλικτης ανάλυσης lncRNA.
-
GWAS
Η μελέτη συσχέτισης σε ολόκληρο το γονιδίωμα (GWAS) στοχεύει στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών (γονότυπου) που σχετίζονται με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά (φαινότυπο). Οι μελέτες GWA διερευνούν γενετικούς δείκτες που διασχίζουν ολόκληρο το γονιδίωμα μεγάλου αριθμού ατόμων και προβλέπουν συσχετίσεις γονότυπου-φαινότυπου μέσω στατιστικής ανάλυσης σε επίπεδο πληθυσμού. Η επανάληψη αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος μπορεί δυνητικά να ανακαλύψει όλες τις γενετικές παραλλαγές. Σε συνδυασμό με φαινοτυπικά δεδομένα, η GWAS μπορεί να υποβληθεί σε επεξεργασία για τον εντοπισμό SNP, QTL και υποψήφιων γονιδίων που σχετίζονται με τον φαινότυπο, γεγονός που υποστηρίζει έντονα τη σύγχρονη αναπαραγωγή ζώων/φυτών. Η SLAF είναι μια αυτοαναπτυγμένη απλοποιημένη στρατηγική αλληλούχισης γονιδιώματος, η οποία ανακαλύπτει κατανεμημένους δείκτες σε ολόκληρο το γονιδίωμα, SNP. Αυτοί οι SNP, ως μοριακοί γενετικοί δείκτες, μπορούν να υποβληθούν σε επεξεργασία για μελέτες συσχέτισης με στοχευμένα χαρακτηριστικά. Είναι μια οικονομικά αποδοτική στρατηγική για τον εντοπισμό σύνθετων χαρακτηριστικών που σχετίζονται με γενετικές παραλλαγές.
-
Μεταγραφική πλήρους μήκους Nanopore
Οι σύνθετες και μεταβλητές εναλλακτικές ισομορφές στους οργανισμούς αποτελούν σημαντικούς γενετικούς μηχανισμούς για τη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και της ποικιλομορφίας των πρωτεϊνών. Η ακριβής αναγνώριση των μεταγραφικών δομών αποτελεί τη βάση για την εις βάθος μελέτη των προτύπων ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης. Η πλατφόρμα αλληλούχισης Nanopore έχει φέρει με επιτυχία τη μεταγραφωμική μελέτη σε επίπεδο ισομορφών. Αυτή η πλατφόρμα ανάλυσης έχει σχεδιαστεί για να αναλύει δεδομένα RNA-Seq που παράγονται στην πλατφόρμα Nanopore με βάση το γονιδίωμα αναφοράς, επιτυγχάνοντας ποιοτικές και ποσοτικές αναλύσεις τόσο σε επίπεδο γονιδίου όσο και σε επίπεδο μεταγράφων.
-
κυκλο-RNA
Το κυκλικό RNA (circRNA) είναι ένας τύπος μη κωδικοποιητικού RNA, το οποίο πρόσφατα βρέθηκε ότι παίζει ζωτικό ρόλο σε ρυθμιστικά δίκτυα που εμπλέκονται στην ανάπτυξη, την περιβαλλοντική αντίσταση κ.λπ. Σε αντίθεση με τα γραμμικά μόρια RNA, π.χ. mRNA, lncRNA, τα 3' και 5' άκρα του circRNA ενώνονται μεταξύ τους για να σχηματίσουν μια κυκλική δομή, η οποία τα προστατεύει από την πέψη της εξωνουκλεάσης και είναι πιο σταθερά από το μεγαλύτερο μέρος του γραμμικού RNA. Έχει βρεθεί ότι τα CircRNA έχουν ποικίλες λειτουργίες στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Το CircRNA μπορεί να λειτουργήσει ως ceRNA, το οποίο συνδέεται ανταγωνιστικά με το miRNA, γνωστό ως σφουγγάρι miRNA. Η πλατφόρμα ανάλυσης αλληλούχισης CircRNA ενδυναμώνει την ανάλυση δομής και έκφρασης του circRNA, την πρόβλεψη στόχου και την κοινή ανάλυση με άλλους τύπους μορίων RNA.
-
BSA
Η πλατφόρμα μαζικής ανάλυσης διαχωρισμού αποτελείται από τυπική ανάλυση ενός βήματος και προηγμένη ανάλυση με προσαρμοσμένη ρύθμιση παραμέτρων. Η BSA είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για την ταχεία αναγνώριση γενετικών δεικτών που σχετίζονται με φαινότυπο. Η κύρια ροή εργασίας της BSA περιλαμβάνει: 1. επιλογή δύο ομάδων ατόμων με εξαιρετικά αντίθετους φαινοτύπους· 2. συγκέντρωση του DNA, RNA ή SLAF-seq (που αναπτύχθηκε από την Biomarker) όλων των ατόμων για τον σχηματισμό δύο όγκων DNA· 3. αναγνώριση διαφορικών αλληλουχιών έναντι του γονιδιώματος αναφοράς ή μεταξύ τους· 4. πρόβλεψη υποψήφιων συνδεδεμένων περιοχών με αλγόριθμο ED και SNP-index· 5. Λειτουργική ανάλυση και εμπλουτισμός γονιδίων σε υποψήφιες περιοχές, κ.λπ. Διατίθεται επίσης πιο προηγμένη εξόρυξη δεδομένων, συμπεριλαμβανομένου του ελέγχου γενετικών δεικτών και του σχεδιασμού εκκινητών.
-
Αμπλικόν (16S/18S/ITS)
Η πλατφόρμα Amplicon (16S/18S/ITS) έχει αναπτυχθεί με πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλομορφίας, η οποία περιλαμβάνει τυποποιημένη βασική ανάλυση και εξατομικευμένη ανάλυση: η βασική ανάλυση καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας, το περιεχόμενο της ανάλυσης είναι πλούσιο και ολοκληρωμένο και τα αποτελέσματα της ανάλυσης παρουσιάζονται με τη μορφή αναφορών έργου. Το περιεχόμενο της εξατομικευμένης ανάλυσης είναι ποικίλο. Τα δείγματα μπορούν να επιλεγούν και οι παράμετροι μπορούν να οριστούν ευέλικτα σύμφωνα με την βασική αναφορά ανάλυσης και τον ερευνητικό σκοπό, για την πραγματοποίηση εξατομικευμένων απαιτήσεων. Λειτουργικό σύστημα Windows, απλό και γρήγορο.
