Αλληλουχία Ολόκληρου Γονιδιώματος Φυτών/Ζωικών
1.Πλεονεκτήματα υπηρεσιών
Εκτεταμένη εμπειρία στον προσδιορισμό αλληλουχίας γονιδιώματος για περισσότερα από 1000 είδη.
Πάνω από 800 δημοσιευμένες υποθέσεις με αθροιστικό παράγοντα αντίκτυπου πάνω από 4000.
Ολοκληρωμένη ανάλυση βιοπληροφορικής για την κλήση παραλλαγών και την ανάλυση συνάρτησης.
2. Προδιαγραφές σέρβις
| Πλατφόρμα | Βιβλιοθήκη | Συνιστώμενο βάθος ακολουθίας | |
| Illumina | PE 150 | Για SNP, κλήσεις InDel ≥ 10x Για SV, κλήσεις CNY ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Για SV, κλήσεις CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Για κλήσεις SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Απαιτήσεις δειγμάτων
| Πλατφόρμα | Συμπ.(ng/μL)
| Ποσό (ng)
| Καθαρότητα
| Γέλη αγαρόζης
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Καθαρή κύρια ζώνη χωρίς ή περιορισμένηαποικοδόμηση που παρατηρείται στη γέλη. 2. Χωρίς ή περιορισμένη μόλυνση RNA ή πρωτεΐνης
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Εξαρτάται από την απόδοση των δεδομένων 10μg/κύτταρο | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Ανάλυση βιοπληροφοριών
5. Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Παράδοση δεδομένων
1) Στατιστικά χαρτογράφησης γονιδιώματος
Πίνακας 1 Στατιστικά αποτελέσματος χαρτογράφησης
Εικόνα 1 Κατανομή μεγέθους ένθετου και κάλυψη αναγνώσεων.
2) Ανίχνευση μεταβλητών
Σχήμα 2 Στατιστικά στοιχεία και σχολιασμός του SNP/INDEL/SV μεταξύ των δειγμάτων
Σχήμα 3 Κατανομή αιωρήσεων σε όλο το γονιδίωμα
3) Λειτουργικός σχολιασμός παραλλαγών
| 2019 | Επικοινωνίες με τη φύση | Η αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος αποκαλύπτει την προέλευση του Brassica napus και τους γενετικούς τόπους που εμπλέκονται στη βελτίωσή του |
| 2020 | PNAS | Η εξελικτική προέλευση και η ιστορία της εξημέρωσης των χρυσόψαρων (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Γονιδιώματα αναφοράς των δύο καλλιεργούμενων ειδών γιούτας |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Γονιδιωματικές υπογραφές αλλοπολυπλοειδών φυτικών και ελαιούχων σπόρων Brassicajuncea και γενετικοί τόποι που ελέγχουν τη συσσώρευση γλυκοσινολικών |
| 2019 | Μοριακό φυτό | Η επανεξέταση ολόκληρου του γονιδιώματος μιας παγκόσμιας συλλογής προσαρτήσεων ελαιοκράμβης αποκαλύπτει τη γενετική βάση της οικολογικής τους απόκλισης |
| 2022 | Οπωροκηπευτική Έρευνα | Η ανάλυση συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα παρέχει μοριακές γνώσεις σχετικά με τη φυσική διακύμανση του μεγέθους των σπόρων του καρπουζιού |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Μελέτη συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα εντοπίζει παραλλαγές του GhSAD1 που προσδίδει αντοχή στο κρύο στο βαμβάκι |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Η μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος και η σύγκριση μεταγραφομένων αποκαλύπτουν νέα QTL και υποψήφια γονίδια που ελέγχουν το μέγεθος των πετάλων στον ελαιοκράμβη |
