10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Χαρακτηριστικά
● Ανάλυση: 100 µM
● Διάμετρος κηλίδας: 55 μΜ
● Αριθμός σημείων: 4992
● Περιοχή λήψης: 6,5 x 6,5 mm
● Κάθε σημείο με γραμμωτό κώδικα είναι φορτωμένο με αστάρια που αποτελούνται από 4 τμήματα:
- ουρά πολυ(dT) για εκκίνηση mRNA και σύνθεση cDNA
- Μοναδικό Μοριακό Αναγνωριστικό (UMI) για τη διόρθωση της πόλωσης ενίσχυσης
- Χωρικός γραμμωτός κώδικας
- Αλληλουχία δέσμευσης εκκινητή αλληλουχίας μερικής ανάγνωσης 1
● Βαφή H&E των τομών
Πλεονεκτήματα
●Υπηρεσία μίας στάσης: ενσωματώνει όλα τα βήματα που βασίζονται στην εμπειρία και τις δεξιότητες, συμπεριλαμβανομένης της κρυοτομής, της χρώσης, της βελτιστοποίησης ιστών, της χωρικής γραμμοκωδικοποίησης, της προετοιμασίας βιβλιοθήκης, της αλληλούχισης και της βιοπληροφορικής.
● Υψηλής εξειδίκευσης τεχνική ομάδα: με εμπειρία σε περισσότερους από 250 τύπους ιστών και 100+ είδη συμπεριλαμβανομένων ανθρώπων, ποντικών, θηλαστικών, ψαριών και φυτών.
●Ενημέρωση σε πραγματικό χρόνο για ολόκληρο το έργο: με πλήρη έλεγχο της πειραματικής προόδου.
●Ολοκληρωμένη τυπική βιοπληροφορική:Το πακέτο περιλαμβάνει 29 αναλύσεις και 100+ φιγούρες υψηλής ποιότητας.
●Προσαρμοσμένη ανάλυση και οπτικοποίηση δεδομένων: διαθέσιμο για διαφορετικά αιτήματα έρευνας.
●Προαιρετική ανάλυση άρθρωσης με αλληλουχία mRNA μονοκυττάρου
Προδιαγραφές
| Απαιτήσεις δειγμάτων | Βιβλιοθήκη | Στρατηγική αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ελεγχος ποιότητας |
| Ενσωματωμένα σε OCT δείγματα κρυο, δείγματα FFPE (Βέλτιστη διάμετρος: περίπου 6x6x6 mm3) 3 μπλοκ ανά δείγμα | Βιβλιοθήκη cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50K αναγνώσεις PE ανά σημείο (60 Gb) | RIN>7 |
Για περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την καθοδήγηση προετοιμασίας δειγμάτων και τη ροή εργασιών σέρβις, μη διστάσετε να μιλήσετε με τον αΕιδικός BMKGENE
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Στη φάση προετοιμασίας του δείγματος, εκτελείται μια αρχική δοκιμή εξαγωγής RNA όγκου για να διασφαλιστεί ότι μπορεί να ληφθεί ένα υψηλής ποιότητας RNA.Στο στάδιο βελτιστοποίησης ιστού οι τομές χρωματίζονται και οπτικοποιούνται και οι συνθήκες διαπερατότητας για την απελευθέρωση mRNA από τον ιστό βελτιστοποιούνται.Το βελτιστοποιημένο πρωτόκολλο εφαρμόζεται στη συνέχεια κατά την κατασκευή της βιβλιοθήκης, ακολουθούμενο από αλληλουχία και ανάλυση δεδομένων.
Η πλήρης ροή εργασιών υπηρεσίας περιλαμβάνει ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο και επιβεβαιώσεις πελατών για τη διατήρηση ενός βρόχου ανατροφοδότησης με απόκριση, διασφαλίζοντας την ομαλή εκτέλεση του έργου.
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
Έλεγχος ποιότητας δεδομένων:
o Εξαγωγή δεδομένων και κατανομή βαθμολογίας ποιότητας
o Ανίχνευση γονιδίων ανά κηλίδα
o Κάλυψη ιστού
Ανάλυση εσωτερικού δείγματος:
o Γονιδιακός πλούτος
o Ομαδοποίηση σημείων, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης μειωμένων διαστάσεων
o Ανάλυση διαφορικής έκφρασης μεταξύ συστάδων: ταυτοποίηση γονιδίων δεικτών
o Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δεικτών
Ανάλυση μεταξύ ομάδων
o Επανασυνδυασμός κηλίδων και από τα δείγματα (π.χ. άρρωστο και μάρτυρα) και από επανασυστάδα
o Προσδιορισμός γονιδίων δεικτών για κάθε συστάδα
o Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δεικτών
o Διαφορική Έκφραση της ίδιας συστάδας μεταξύ ομάδων
Ανάλυση εσωτερικού δείγματος
Ομαδοποίηση σημείων
Ταυτοποίηση γονιδίων δεικτών και χωρική κατανομή
Διαομαδική Ανάλυση
Συνδυασμός δεδομένων και από τις δύο ομάδες και επαναομαδοποίηση
Γονίδια-δείκτες νέων συστάδων
Εξερευνήστε τις προόδους που διευκολύνονται από την υπηρεσία χωρικής μεταγραφικής της BMKGene από το 10X Visium Σε αυτές τις επιλεγμένες εκδόσεις:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, ένα πιθανό ομόλογο Drosophila των GPCR προσκόλλησης θηλαστικών, εμπλέκεται σε αντικαρκινικές αντιδράσεις σε ενέσιμα ογκογόνα κύτταρα σε μύγες', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), σελ.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Υ. et αϊ.(2023) «Το STEEL επιτρέπει την οριοθέτηση υψηλής ανάλυσης χωροχρονικών μεταγραφικών δεδομένων», Briefings in Bioinformatics, 24(2), σελ. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et αϊ.(2022) 'Ένας χωροχρονικός άτλαντας της οργανογένεσης στην ανάπτυξη των λουλουδιών ορχιδέας', Nucleic Acids Research, 50(17), σελ. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et αϊ.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics and Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), σελ. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
