Συγκρότημα γονιδιώματος με βάση Hi-C
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
Επισκόπηση του Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Επιστήμη, 2009)
● Δεν χρειάζεται να δημιουργηθεί γενετικός πληθυσμός για συνεχή αγκύρωση.
● Υψηλότερη πυκνότητα δείκτη που οδηγεί σε υψηλότερη αναλογία αγκυρώσεως σε άνω του 90%.
● Επιτρέπει την αξιολόγηση και τις διορθώσεις σε υπάρχοντα συγκροτήματα γονιδιώματος.
● Συντομότερος χρόνος περιστροφής με μεγαλύτερη ακρίβεια στη συναρμολόγηση του γονιδιώματος.
● Άφθονη εμπειρία με περισσότερες από 1000 βιβλιοθήκες Hi-C που κατασκευάστηκαν για περισσότερα από 500 είδη.
● Πάνω από 100 επιτυχημένες υποθέσεις με σωρευτικό δημοσιευμένο συντελεστή αντίκτυπου πάνω από 760.
● Συναρμολόγηση γονιδιώματος με βάση Hi-C για πολυπλοειδές γονιδίωμα, ποσοστό αγκύρωσης 100% επιτεύχθηκε σε προηγούμενο έργο.
● Εσωτερικές πατέντες και πνευματικά δικαιώματα λογισμικού για πειράματα Hi-C και ανάλυση δεδομένων.
● Λογισμικό συντονισμού οπτικοποιημένων δεδομένων που έχει αναπτυχθεί μόνος του, που επιτρέπει τη χειροκίνητη μετακίνηση, αντιστροφή, ανάκληση και επανάληψη μπλοκ.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
|
Τύπος βιβλιοθήκης
|
Πλατφόρμα | Διάβασε το μήκος | Πρόταση στρατηγικής |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | ΠΕ150 | ≥ 100Χ |
Βιοπληροφορικές αναλύσεις
● Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
● Έλεγχος ποιότητας βιβλιοθήκης Hi-C
● Συγκρότημα γονιδιώματος με βάση Hi-C
● Αξιολόγηση μετά τη συναρμολόγηση
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
Απαιτήσεις δειγμάτων:
| Ζώο | Μύκητας | Φυτά
|
| Κατεψυγμένος ιστός: 1-2g ανά βιβλιοθήκη Κελιά: 1x 10^7 κελιά ανά βιβλιοθήκη | Κατεψυγμένος ιστός: 1g ανά βιβλιοθήκη | Κατεψυγμένος ιστός: 1-2g ανά βιβλιοθήκη
|
| *Συνιστούμε ανεπιφύλακτα την αποστολή τουλάχιστον 2 κλασμάτων (1 g το καθένα) για το πείραμα Hi-C. | ||
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Για τα περισσότερα δείγματα, συνιστούμε να μην διατηρείται σε αιθανόλη.
Επισήμανση δειγμάτων: Τα δείγματα πρέπει να φέρουν σαφή σήμανση και να είναι πανομοιότυπα με το υποβληθέν δείγμα φόρμας πληροφοριών.
Αποστολή: Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει πρώτα να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ είναι όλα από γονιδιώματα που δημοσιεύθηκαν με τη Biomarker Technologies
1.Χάρτης θερμότητας αλληλεπίδρασης Hi-C τουCamptotheca acuminataγονιδίωμα.Όπως φαίνεται στον χάρτη, η ένταση των αλληλεπιδράσεων συσχετίζεται αρνητικά με τη γραμμική απόσταση, η οποία υποδηλώνει ένα εξαιρετικά ακριβές συγκρότημα σε επίπεδο χρωμοσώματος.(Αναλογία αγκύρωσης: 96,03%)
Kang M et al.,Επικοινωνίες για τη φύση, 2021
2.Hi-C διευκόλυνε την επικύρωση των αντιστροφών μεταξύGossypium hirsutumL. TM-1 A06 καιΓ. δενδροκομείοΧρ06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. Συναρμολόγηση και διαλληλική διαφοροποίηση του γονιδιώματος της μανιόκας SC205.Ο χάρτης θερμότητας Hi-C δείχνει καθαρό διαχωρισμό σε ομόλογα χρωμοσώματα.
Hu W et al.,Μοριακό φυτό, 2021
4.Χάρτης θερμότητας Hi-C σε συγκρότημα γονιδιώματος δύο ειδών Ficus:F.microcarpa(αναλογία αγκύρωσης: 99,3%) καιF.hispida (αναλογία αγκύρωσης: 99,7%)
Οι Zhang X et al.,Κύτταρο, 2020
Θήκη BMK
Τα γονιδιώματα του δέντρου Banyan και της σφήκας επικονιαστών παρέχουν πληροφορίες για τη συνεξέλιξη σύκου-σφήκα
Δημοσίευσε: Κύτταρο, 2020
Στρατηγική αλληλουχίας:
F. microcarpa γονιδίωμα: Περίπου.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaγονιδίωμα: Περίπου.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataγονιδίωμα: Περίπου.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Βασικά αποτελέσματα
1.Δύο γονιδιώματα δέντρων banyan και ένα γονιδίωμα σφήκας επικονιαστή κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας αλληλουχία PacBio, Hi-C και χάρτη σύνδεσης.
(1)F. microcarpaγονιδίωμα: Δημιουργήθηκε ένα συγκρότημα 426 Mb (97,7% του εκτιμώμενου μεγέθους γονιδιώματος) με contig N50 908 Kb, βαθμολογία BUSCO 95,6%.Συνολικά αλληλουχίες 423 Mb αγκυρώθηκαν σε 13 χρωμοσώματα με Hi-C.Ο σχολιασμός του γονιδιώματος απέδωσε 29.416 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες.
(2)F. Hispidaγονιδίωμα: Ένα συγκρότημα 360 Mb (97,3% του εκτιμώμενου μεγέθους γονιδιώματος) έδωσε απόδοση με contig N50 492 Kb και βαθμολογία BUSCO 97,4%.Συνολικά αλληλουχίες 359 Mb αγκυροβολήθηκαν σε 14 χρωμοσώματα με Hi-C και πανομοιότυπα με τον χάρτη σύνδεσης υψηλής πυκνότητας.
(3)Eupristina verticillataγονιδίωμα: Δημιουργήθηκε ένα συγκρότημα 387 Mb (Εκτιμώμενο μέγεθος γονιδιώματος: 382 Mb) με contig N50 3,1 Mb και βαθμολογία BUSCO 97,7%.
2. Η συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση αποκάλυψε μεγάλο αριθμό δομικών παραλλαγών μεταξύ δύοFicusγονιδιώματα, τα οποία παρείχαν ανεκτίμητο γενετικό πόρο για προσαρμοστικές μελέτες εξέλιξης.Αυτή η μελέτη, για πρώτη φορά, έδωσε πληροφορίες για τη συνεξέλιξη σύκου-σφήκα σε γονιδιωματικό επίπεδο.
 Διάγραμμα Circos για γονιδιωματικά χαρακτηριστικά δύοFicusγονιδιώματα, συμπεριλαμβανομένων χρωμοσωμάτων, τμηματικών διπλασιασμούς (SDs), τρανσποζόνια (LTR, TEs, DNA TEs), γονιδιακή έκφραση και synteny |  Ταυτοποίηση του χρωμοσώματος Υ και υποψηφίου γονιδίου προσδιορισμού φύλου |
Zhang, Χ., et αϊ."Τα γονιδιώματα του δέντρου Banyan και της σφήκας επικονιαστή παρέχουν πληροφορίες για τη συνεξέλιξη Fig-Wasp."Κελί 183.4 (2020).
