-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία -NGS
Ένα μεταγονιδίωμα είναι μια συλλογή του συνολικού γενετικού υλικού μιας μεικτής κοινότητας οργανισμών, όπως περιβαλλοντικών και ανθρώπινων μεταγονιδιωμάτων. Περιέχει γονιδιώματα καλλιεργήσιμων και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών. Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία κυνηγετικών όπλων με το NGS επιτρέπει τη μελέτη αυτών των περίπλοκων γονιδιωματικών τοπίων ενσωματωμένων σε περιβαλλοντικά δείγματα, παρέχοντας κάτι περισσότερο από ταξινομικό προφίλ, παρέχοντας επίσης αναλυτικές πληροφορίες για την ποικιλότητα των ειδών, τη δυναμική της αφθονίας και τις πολύπλοκες δομές πληθυσμού. Πέρα από τις ταξινομικές μελέτες, η μεταγονιδιωματική του κυνηγετικού όπλου προσφέρει επίσης μια προοπτική λειτουργικής γονιδιωματικής, επιτρέποντας την εξερεύνηση κωδικοποιημένων γονιδίων και τον υποτιθέμενο ρόλο τους στις οικολογικές διεργασίες. Τέλος, η δημιουργία δικτύων συσχέτισης μεταξύ γενετικών στοιχείων και περιβαλλοντικών παραγόντων συμβάλλει στην ολιστική κατανόηση της περίπλοκης αλληλεπίδρασης μεταξύ των μικροβιακών κοινοτήτων και του οικολογικού τους υπόβαθρου. Συμπερασματικά, η μεταγονιδιωματική αλληλουχία αποτελεί βασικό εργαλείο για την αποκάλυψη των γονιδιωματικών περιπλοκών διαφορετικών μικροβιακών κοινοτήτων, φωτίζοντας τις πολύπλευρες σχέσεις μεταξύ γενετικής και οικολογίας μέσα σε αυτά τα πολύπλοκα οικοσυστήματα.
Πλατφόρμες: Illumina NovaSeq και DNBSEQ-T7
-
Μεταγονιδιωματική Αλληλουχία-TGS
Ένα μεταγονιδίωμα είναι μια συλλογή του γενετικού υλικού μιας μεικτής κοινότητας οργανισμών, όπως περιβαλλοντικά και ανθρώπινα μεταγονιδιώματα. Περιέχει γονιδιώματα καλλιεργήσιμων και μη καλλιεργήσιμων μικροοργανισμών. Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία επιτρέπει τη μελέτη αυτών των περίπλοκων γονιδιωματικών τοπίων που είναι ενσωματωμένα σε οικολογικά δείγματα παρέχοντας κάτι περισσότερο από ταξινομικό προφίλ. Προσφέρει επίσης μια προοπτική λειτουργικής γονιδιωματικής διερευνώντας τα κωδικοποιημένα γονίδια και τους πιθανούς ρόλους τους σε περιβαλλοντικές διαδικασίες. Ενώ οι παραδοσιακές προσεγγίσεις κυνηγετικών όπλων με την αλληλουχία Illumina έχουν χρησιμοποιηθεί ευρέως σε μεταγονιδιωματικές μελέτες, η εμφάνιση της αλληλουχίας Nanopore και PacBio έχει αλλάξει το πεδίο. Η τεχνολογία Nanopore και PacBio ενισχύουν τις μεταγενέστερες βιοπληροφορικές αναλύσεις, ιδίως τη συναρμολόγηση μεταγονιδιώματος, διασφαλίζοντας πιο συνεχείς συναρμολογήσεις. Οι αναφορές δείχνουν ότι η μεταγονιδιωματική που βασίζεται σε Nanopore και PacBio έχει δημιουργήσει με επιτυχία πλήρη και κλειστά βακτηριακά γονιδιώματα από πολύπλοκα μικροβιώματα (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Η ενσωμάτωση των αναγνώσεων Nanopore με τις αναγνώσεις Illumina παρέχει μια στρατηγική προσέγγιση για τη διόρθωση σφαλμάτων, μετριάζοντας την εγγενή χαμηλή ακρίβεια του Nanopore. Αυτός ο συνεργιστικός συνδυασμός αξιοποιεί τα πλεονεκτήματα κάθε πλατφόρμας αλληλούχισης, προσφέροντας μια ισχυρή λύση για την υπέρβαση πιθανών περιορισμών και την προώθηση της ακρίβειας και της αξιοπιστίας των μεταγονιδιωματικών αναλύσεων.
Πλατφόρμα: Nanopore PromethION 48, Illumia και PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Τα γονίδια rRNA 16S και 18S, μαζί με την περιοχή Internal Transcribed Spacer (ITS), χρησιμεύουν ως βασικοί δείκτες μοριακών αποτυπωμάτων λόγω του συνδυασμού τους από εξαιρετικά διατηρημένες και υπερμεταβλητές περιοχές, καθιστώντας τα ανεκτίμητα εργαλεία για τον χαρακτηρισμό προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών. Η ενίσχυση και η αλληλούχιση αυτών των περιοχών προσφέρουν μια προσέγγιση χωρίς απομόνωση για τη διερεύνηση της μικροβιακής σύνθεσης και ποικιλότητας σε διάφορα οικοσυστήματα. Ενώ η αλληλουχία Illumina στοχεύει συνήθως βραχείες υπερμεταβλητές περιοχές όπως το V3-V4 του 16S και το ITS1, έχει αποδειχθεί ότι ο ανώτερος ταξινομικός σχολιασμός μπορεί να επιτευχθεί με την αλληλουχία πλήρους μήκους των 16S, 18S και ITS. Αυτή η ολοκληρωμένη προσέγγιση έχει ως αποτέλεσμα υψηλότερα ποσοστά με ακρίβεια ταξινομημένων αλληλουχιών, επιτυγχάνοντας ένα επίπεδο ανάλυσης που επεκτείνεται στην αναγνώριση των ειδών. Η πλατφόρμα αλληλουχίας σε πραγματικό χρόνο (SMRT) του PacBio ξεχωρίζει με την παροχή μακρών αναγνώσεων υψηλής ακρίβειας (HiFi) που καλύπτουν τα πλήρους μήκους amplicons, συναγωνίζονται την ακρίβεια της αλληλουχίας Illumina. Αυτή η ικανότητα επιτρέπει στους ερευνητές να αποκτήσουν ένα απαράμιλλο πλεονέκτημα - μια πανοραμική άποψη του γενετικού τοπίου. Η εκτεταμένη κάλυψη αυξάνει σημαντικά την ανάλυση στον σχολιασμό ειδών, ιδιαίτερα σε κοινότητες βακτηρίων ή μυκήτων, επιτρέποντας μια βαθύτερη κατανόηση των περιπλοκών των μικροβιακών πληθυσμών.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Η αλληλουχία του αμπλικονίου με την τεχνολογία Illumina, που στοχεύει συγκεκριμένα τους γενετικούς δείκτες 16S, 18S και ITS, είναι μια ισχυρή μέθοδος για την αποκάλυψη της φυλογένεσης, της ταξινόμησης και της αφθονίας των ειδών στις μικροβιακές κοινότητες. Αυτή η προσέγγιση περιλαμβάνει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας των υπερμεταβλητών περιοχών των γενετικών δεικτών νοικοκυριού. Αρχικά εισήχθη ως μοριακό δακτυλικό αποτύπωμα απόWoeses et alΤο 1977, αυτή η τεχνική έφερε επανάσταση στο προφίλ μικροβιώματος, επιτρέποντας αναλύσεις χωρίς απομόνωση. Μέσω της αλληλουχίας των 16S (βακτήρια), 18S (μύκητες) και Internal Transcribed Spacer (ITS, μύκητες), οι ερευνητές μπορούν να αναγνωρίσουν όχι μόνο άφθονα είδη αλλά και σπάνια και μη αναγνωρισμένα. Ευρέως υιοθετημένο ως βασικό εργαλείο, η αλληλουχία αμπλικονίου έχει καταστεί αποφασιστικής σημασίας για τη διάκριση διαφορικών μικροβιακών συνθέσεων σε διάφορα περιβάλλοντα, συμπεριλαμβανομένου του ανθρώπινου στόματος, των εντέρων, των κοπράνων και όχι μόνο.
-
Βακτηριακή και Μυκητιακή Ολόκληρη Ανα-αλληλουχία Γονιδιώματος
Τα έργα επαναπροσδιορισμού αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος βακτηρίων και μυκήτων είναι ζωτικής σημασίας για την προώθηση της μικροβιακής γονιδιωματικής, επιτρέποντας την ολοκλήρωση και τη σύγκριση μικροβιακών γονιδιωμάτων. Αυτό διευκολύνει τη μηχανική ζύμωσης, τη βελτιστοποίηση των βιομηχανικών διεργασιών και την εξερεύνηση δευτερογενών οδών μεταβολισμού. Επιπλέον, ο επαναπροσδιορισμός της αλληλουχίας μυκήτων και βακτηρίων είναι ζωτικής σημασίας για την κατανόηση της περιβαλλοντικής προσαρμογής, τη βελτιστοποίηση των στελεχών και την αποκάλυψη της δυναμικής της γενετικής εξέλιξης, με ευρείες επιπτώσεις στην ιατρική, τη γεωργία και την περιβαλλοντική επιστήμη.
-
Προκαρυωτική αλληλουχία RNA
Ο προσδιορισμός αλληλουχίας RNA ενισχύει τον ολοκληρωμένο προσδιορισμό προφίλ όλων των μεταγραφών RNA εντός των κυττάρων υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Αυτή η τεχνολογία αιχμής χρησιμεύει ως ένα ισχυρό εργαλείο, αποκαλύπτοντας περίπλοκα προφίλ γονιδιακής έκφρασης, γονιδιακές δομές και μοριακούς μηχανισμούς που σχετίζονται με ποικίλες βιολογικές διεργασίες. Ευρέως υιοθετημένος στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση και την ανάπτυξη φαρμάκων, η αλληλουχία RNA προσφέρει πληροφορίες για τις περιπλοκές της κυτταρικής δυναμικής και της γενετικής ρύθμισης. Η επεξεργασία δειγμάτων προκαρυωτικού RNA μας είναι προσαρμοσμένη για προκαρυωτικά μεταγραφώματα, που περιλαμβάνει εξάντληση rRNA και προετοιμασία κατευθυντικής βιβλιοθήκης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία Μεταμεταγραφών
Αξιοποιώντας την τεχνολογία αλληλουχίας Illumina, η υπηρεσία αλληλουχίας μετατρανγραφώματος του BMKGENE αποκαλύπτει τη δυναμική γονιδιακή έκφραση μιας ποικιλίας μικροβίων, που εκτείνονται από ευκαρυώτες έως προκαρυώτες και ιούς, σε φυσικά περιβάλλοντα όπως το έδαφος, το νερό, η θάλασσα, τα κόπρανα και το έντερο. Η ολοκληρωμένη υπηρεσία μας δίνει τη δυνατότητα στους ερευνητές να εμβαθύνουν σε ολοκληρωμένα προφίλ γονιδιακής έκφρασης σύνθετων μικροβιακών κοινοτήτων. Πέρα από την ταξινομική ανάλυση, η υπηρεσία μας για την αλληλουχία μεταμεταγραφομένων διευκολύνει την εξερεύνηση του λειτουργικού εμπλουτισμού, ρίχνοντας φως στα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια και τους ρόλους τους. Ανακαλύψτε μια πληθώρα βιολογικών γνώσεων καθώς περιηγείστε στα περίπλοκα τοπία της έκφρασης γονιδίων, της ταξινομικής ποικιλομορφίας και της λειτουργικής δυναμικής μέσα σε αυτές τις διαφορετικές περιβαλλοντικές θέσεις.
-
De novo Συγκρότηση Μυκητιασικού Γονιδιώματος
Η BMKGENE προσφέρει ευέλικτες λύσεις για γονιδιώματα μυκήτων, καλύπτοντας διαφορετικές ερευνητικές ανάγκες και την επιθυμητή πληρότητα γονιδιώματος. Η χρήση της αλληλουχίας Illumina σύντομης ανάγνωσης και μόνο επιτρέπει τη δημιουργία ενός προσχέδιου γονιδιώματος. Οι σύντομες αναγνώσεις και η μακροχρόνια αλληλουχία με χρήση Nanopore ή Pacbio συνδυάζονται για ένα πιο εκλεπτυσμένο μυκητιακό γονιδίωμα με μακρύτερους μύκητες. Επιπλέον, η ενσωμάτωση της αλληλουχίας Hi-C ενισχύει περαιτέρω τις δυνατότητες, επιτρέποντας την επίτευξη ενός πλήρους γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος.
-
Συναρμολόγηση Βακτηριακού Γονιδιώματος De novo
Παρέχουμε μια πλήρη υπηρεσία συναρμολόγησης βακτηριακού γονιδιώματος, που εγγυάται 0 κενά. Αυτό είναι δυνατό με την ενσωμάτωση τεχνολογιών αλληλουχίας μακράς ανάγνωσης, όπως το Nanopore και το PacBio για συναρμολόγηση και η αλληλουχία σύντομης ανάγνωσης με το Illumina για επικύρωση συναρμολόγησης και διόρθωση σφαλμάτων των αναγνώσεων ONT. Η υπηρεσία μας παρέχει την πλήρη ροή εργασιών βιοπληροφορικής από τη συναρμολόγηση, τον λειτουργικό σχολιασμό και την προηγμένη βιοπληροφορική ανάλυση, εκπληρώνοντας συγκεκριμένους ερευνητικούς στόχους. Αυτή η υπηρεσία επιτρέπει την ανάπτυξη ακριβών γονιδιωμάτων αναφοράς για διάφορες γενετικές και γονιδιωματικές μελέτες. Επιπλέον, αποτελεί τη βάση για εφαρμογές όπως η βελτιστοποίηση στελεχών, η γενετική μηχανική και η ανάπτυξη μικροβιακής τεχνολογίας, διασφαλίζοντας αξιόπιστα και χωρίς κενά γονιδιωματικά δεδομένα ζωτικής σημασίας για την προώθηση της επιστημονικής γνώσης και της βιοτεχνολογικής καινοτομίας.
