-
Ανάλυση συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος
Η μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS) στοχεύει στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών (γονότυπος) που σχετίζονται με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά (φαινότυπος).Η μελέτη GWAS διερευνά γενετικούς δείκτες που διασχίζουν ολόκληρο το γονιδίωμα μεγάλου αριθμού ατόμων και προβλέπει συσχετίσεις γονότυπου-φαινοτύπου μέσω στατιστικής ανάλυσης σε επίπεδο πληθυσμού.Έχει εφαρμοστεί ευρέως στην έρευνα για τις ανθρώπινες ασθένειες και την εξόρυξη λειτουργικών γονιδίων σε πολύπλοκα χαρακτηριστικά ζώων ή φυτών.
-
Αλληλουχία RNA ενός πυρήνα
Η πρόοδος στη σύλληψη μεμονωμένων κυττάρων και την τεχνική κατασκευής μεμονωμένων βιβλιοθηκών σε συνδυασμό με την αλληλουχία υψηλής απόδοσης επιτρέπει μελέτες γονιδιακής έκφρασης σε βάση κύτταρο προς κύτταρο.Επιτρέπει μια βαθύτερη και πλήρη ανάλυση συστήματος σε σύνθετους κυτταρικούς πληθυσμούς, στους οποίους αποφεύγει σε μεγάλο βαθμό την απόκρυψη της ετερογένειάς τους λαμβάνοντας τον μέσο όρο όλων των κυττάρων.
Ωστόσο, ορισμένα κύτταρα δεν είναι κατάλληλα για να μετατραπούν σε εναιώρημα μονοκυττάρου, επομένως χρειάζονται άλλες μέθοδοι προετοιμασίας δειγμάτων - η εξαγωγή πυρήνα από ιστούς, δηλαδή ο πυρήνας εξάγεται απευθείας από ιστούς ή κύτταρο και παρασκευάζεται σε εναιώρημα ενός πυρήνα για μονοπύρηνο αλληλουχία κυττάρων.
Η BMK παρέχει 10× Genomics ChromiumTM υπηρεσία προσδιορισμού αλληλουχίας μονοκυττάρου RNA.Αυτή η υπηρεσία έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως σε μελέτες για μελέτες σχετικές με ασθένειες, όπως η διαφοροποίηση των ανοσοκυττάρων, η ετερογένεια του όγκου, η ανάπτυξη ιστών κ.λπ.
Τσιπ χωρικής μεταγραφής: 10× Genomics
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Αλληλουχία Ολόκληρου Γονιδιώματος Φυτών/Ζωικών
Ο επαναπροσδιορισμός της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος, γνωστός και ως WGS, επιτρέπει την αποκάλυψη τόσο κοινών όσο και σπάνιων μεταλλάξεων σε ολόκληρο το γονιδίωμα, συμπεριλαμβανομένου του απλού νουκλεοτιδικού πολυμορφισμού (SNP), της διαγραφής εισαγωγής (InDel), της παραλλαγής δομής (SV) και της παραλλαγής αριθμού αντιγράφου (CNV). ).Τα SV αποτελούν μεγαλύτερο μέρος της βάσης παραλλαγής από τα SNP και έχουν μεγαλύτερο αντίκτυπο στο γονιδίωμα, το οποίο έχει σημαντική επίδραση στους ζωντανούς οργανισμούς.Η επαναλαμβανόμενη αλληλουχία μακράς ανάγνωσης επιτρέπει την ακριβέστερη αναγνώριση μεγάλων θραυσμάτων και περίπλοκων παραλλαγών, επειδή οι μεγάλες αναγνώσεις καθιστούν πολύ ευκολότερη τη χρωμοσωμική διασταύρωση σε περίπλοκες περιοχές όπως οι διαδοχικές επαναλήψεις, οι πλούσιες σε GC/AT περιοχές και οι υπερ-μεταβλητές περιοχές.
Πλατφόρμα: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Η χωρική οργάνωση των κυττάρων παίζει ζωτικό ρόλο σε διάφορες βιολογικές διεργασίες, όπως η διήθηση του ανοσοποιητικού, η ανάπτυξη εμβρύων, κ.λπ. Η αλληλουχία χωρικών μεταγραφομένων, η οποία υποδεικνύει προφίλ γονιδιακής έκφρασης διατηρώντας παράλληλα πληροφορίες για τη χωρική θέση, έχει προσφέρει εξαιρετικές γνώσεις για την αρχιτεκτονική ιστών σε επίπεδο μεταγραφώματος.Με την ανάπτυξη της τεχνολογίας, η εξαιρετικά καθαρή μορφολογία των ιστών και η πραγματική δομική διαφορά της χωρικής μοριακής έκφρασης πρέπει να μελετηθούν με υψηλότερη ανάλυση.Το BMKGENE παρέχει ολοκληρωμένη, ενιαία υπηρεσία χωρικής αλληλουχίας μεταγραφής από δείγματα έως βιολογικές γνώσεις.
Οι τεχνολογίες χωρικής μεταγραφικής ενίσχυσαν νέες προοπτικές σε ποικίλους ερευνητικούς χώρους επιλύοντας το προφίλ γονιδιακής έκφρασης με χωρικό περιεχόμενο σε ετερογενή δείγματα.
Τσιπ χωρικής μεταγραφής: BMKMANU S1000
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Το Visium Spatial Gene Expression είναι μια κύρια τεχνολογία προσδιορισμού αλληλουχίας χωρικών μεταγραφομένων για την ταξινόμηση ιστών με βάση το συνολικό mRNA.Χαρτογραφήστε ολόκληρο το μεταγραφικό με μορφολογικό πλαίσιο για να ανακαλύψετε νέες ιδέες για την φυσιολογική ανάπτυξη, την παθολογία της νόσου και την κλινική μεταφραστική έρευνα.Το BMKGENE παρέχει ολοκληρωμένη, ενιαία υπηρεσία χωρικής αλληλουχίας μεταγραφής από δείγματα έως βιολογικές γνώσεις.
Οι τεχνολογίες χωρικής μεταγραφικής ενίσχυσαν νέες προοπτικές σε ποικίλους ερευνητικούς χώρους επιλύοντας το προφίλ γονιδιακής έκφρασης με χωρικό περιεχόμενο σε ετερογενή δείγματα.
Τσιπ χωρικής μεταγραφής: 10x Genomics Visium
Πλατφόρμα:Illumina NovaSeq 6000
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Η αλληλουχία RNA ήταν ένα ανεκτίμητο εργαλείο για ολοκληρωμένη ανάλυση μεταγραφομετρίας.Αναμφίβολα, η παραδοσιακή αλληλουχία σύντομης ανάγνωσης πέτυχε πολλές σημαντικές εξελίξεις εδώ.Ωστόσο, συχνά συναντά περιορισμούς σε ταυτοποιήσεις ισομορφών πλήρους μήκους, ποσοτικοποίηση, μεροληψία PCR.
Η αλληλουχία νανοπόρων διακρίνεται από άλλες πλατφόρμες προσδιορισμού αλληλουχίας, καθώς τα νουκλεοτίδια διαβάζονται απευθείας χωρίς σύνθεση DNA και παράγει μακρά ανάγνωση σε δεκάδες κιλοβάσεις.Αυτό δίνει τη δυνατότητα άμεσης ανάγνωσης διασταύρωσης μεταγραφών πλήρους μήκους και αντιμετώπισης των προκλήσεων σε μελέτες σε επίπεδο ισομορφής.
Πλατφόρμα:Nanopore PromethION
Βιβλιοθήκη:cDNA-PCR
-
Αλληλουχία mRNA πλήρους μήκους - PacBio
De novoπλήρους μήκους μεταγραφική αλληλουχία, επίσης γνωστή ωςDe novoΤο Iso-Seq εκμεταλλεύεται τα πλεονεκτήματα του PacBio sequencer σε μήκος ανάγνωσης, το οποίο επιτρέπει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας μορίων cDNA πλήρους μήκους χωρίς διακοπές.Αυτό αποφεύγει εντελώς τυχόν σφάλματα που δημιουργούνται στα βήματα συναρμολόγησης μεταγραφής και δημιουργεί σετ unigene με ανάλυση σε επίπεδο ισομορφής.Αυτά τα σύνολα μονογονιδίων παρέχουν ισχυρές γενετικές πληροφορίες ως «γονιδίωμα αναφοράς» σε επίπεδο μεταγραφής.Επιπλέον, σε συνδυασμό με δεδομένα αλληλουχίας επόμενης γενιάς, αυτή η υπηρεσία δίνει τη δυνατότητα ακριβούς ποσοτικοποίησης της έκφρασης σε επίπεδο ισομορφής.
Πλατφόρμα: PacBio Sequel IIΒιβλιοθήκη: Βιβλιοθήκη καμπάνας SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Η αλληλουχία mRNA επιτρέπει τη δημιουργία προφίλ όλων των mRNA που μεταγράφονται από κύτταρα υπό συγκεκριμένες συνθήκες.Είναι μια ισχυρή τεχνολογία για την αποκάλυψη του προφίλ γονιδιακής έκφρασης, των γονιδιακών δομών και των μοριακών μηχανισμών ορισμένων βιολογικών διεργασιών.Μέχρι σήμερα, η αλληλουχία mRNA έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση, την ανάπτυξη φαρμάκων κ.λπ.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Μη βασισμένη στην αναφορά mRNA Sequencing-Illumina
Η αλληλουχία mRNA υιοθετεί την τεχνική αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) για τη σύλληψη του αγγελιοφόρου RNA (mRNA) από τον Ευκαρυώτη σε συγκεκριμένη περίοδο που ενεργοποιούνται ορισμένες ειδικές λειτουργίες.Η μακρύτερη μεταγραφή που ματίστηκε ονομαζόταν «Unigene» και χρησιμοποιήθηκε ως η ακολουθία αναφοράς για επακόλουθη ανάλυση, η οποία είναι ένα αποτελεσματικό μέσο για τη μελέτη του μοριακού μηχανισμού και του ρυθμιστικού δικτύου του είδους χωρίς αναφορά.
Μετά τη συγκρότηση δεδομένων μεταγραφής και τον λειτουργικό σχολιασμό unigene
(1)Η ανάλυση SSR, η πρόβλεψη CDS και η γονιδιακή δομή θα εκ των προτέρων σχηματιστούν.
(2) Θα πραγματοποιηθεί ποσοτικός προσδιορισμός της έκφρασης μονογονιδίου σε κάθε δείγμα.
(3) Διαφορικά εκφρασμένα μονογονίδια μεταξύ δειγμάτων (ή ομάδων) θα ανακαλυφθούν με βάση την έκφραση μονογονιδίων
(4) Θα πραγματοποιηθεί ομαδοποίηση, λειτουργικός σχολιασμός και ανάλυση εμπλουτισμού διαφορικά εκφραζόμενων unigenes
-
Μακρά μη κωδικοποιητική αλληλουχία-Illumina
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNAs) είναι ένας τύπος μορίων RNA με μήκος άνω των 200 nt, τα οποία χαρακτηρίζονται από εξαιρετικά χαμηλό δυναμικό κωδικοποίησης.Το LncRNA, ως βασικό μέλος στα μη κωδικοποιητικά RNA, βρίσκεται κυρίως στον πυρήνα και στο πλάσμα.Η ανάπτυξη της τεχνολογίας αλληλούχισης και της βιοπληροφορικής επιτρέπει την ταυτοποίηση πολυάριθμων νέων lncRNAs και τη συσχέτιση αυτών με βιολογικές λειτουργίες.Σωρευτικά στοιχεία υποδηλώνουν ότι το lncRNA εμπλέκεται ευρέως στην επιγενετική ρύθμιση, τη μεταγραφική ρύθμιση και τη ρύθμιση μετά τη μεταγραφή.
