CircRNA

Sirkulære RNAer (circRNAer) er ikke-kodende RNAer som danner sirkulære strukturer og har flere regulatoriske roller, inkludert konkurranse med miRNA om målgener og proteinbinding. BMKCloud circRNA-pipelinen er utviklet for analyse av rRNA-utarmede biblioteker med et godt annotert og høykvalitets referansegenom. Analysen starter med lesetrimming og kvalitetskontroll, etterfulgt av lesejustering til referansegenomet og prediksjon av nye circRNAer, kombinert med identifisering av kjente circRNAer fra databaser. De tilsvarende miRNA-målene og circRNA-vertene identifiseres deretter. Differensiell ekspresjonsanalyse avslører differensielt uttrykte circRNAer, og de tilsvarende vertene annoteres funksjonelt for å trekke ut berikede biologiske funksjoner.