CircRNA

Koliste RNA (circRNA) to niekodujące RNA, które tworzą struktury koliste i pełnią wiele funkcji regulacyjnych, w tym konkurują z miRNA o geny docelowe i wiązanie z białkami. System BMKCloud circRNA został zaprojektowany do analizy bibliotek zubożonych w rRNA, z dobrze adnotowanym i wysokiej jakości genomem referencyjnym. Analiza rozpoczyna się od przycinania odczytów i kontroli jakości, a następnie dopasowania odczytów do genomu referencyjnego i przewidywania nowych circRNA, w połączeniu z identyfikacją znanych circRNA w bazach danych. Następnie identyfikowane są odpowiadające im cele miRNA i gospodarze circRNA. Analiza ekspresji różnicowej ujawnia różnicowo ekspresjonowane circRNA, a odpowiadających gospodarzy annotuje się funkcjonalnie w celu wyekstrahowania wzbogaconych funkcji biologicznych.