Pienet RNA:t ovat lyhyitä, ei-koodaavia RNA:ita, joiden keskimääräinen pituus on 18–30 nt, mukaan lukien miRNA, siRNA ja piRNA. Näiden pienten RNA:iden on raportoitu laajalti osallistuvan erilaisiin biologisiin prosesseihin, kuten mRNA:n hajoamiseen, translaation estoon, heterokromatiinin muodostumiseen jne. Pienten RNA:iden sekvensointianalyysiä on sovellettu laajalti eläinten/kasvien kehityksen, tautien, virusten jne. tutkimuksissa. Pienten RNA:iden sekvensointianalyysialusta koostuu standardianalyysistä ja edistyneestä tiedonlouhinnasta. RNA-sekvensointidatan perusteella standardianalyysi voi saavuttaa miRNA:iden tunnistamisen ja ennustamisen, miRNA:iden kohdegeenien ennustamisen, annotoinnin ja ilmentymisanalyysin. Edistynyt analyysi mahdollistaa räätälöidyn miRNA-haun ja -erotuksen, Venn-diagrammien luomisen sekä miRNA- ja kohdegeeniverkostojen rakentamisen.
