Pienet RNA:t ovat lyhyitä ei-koodaavia RNA:ita, joiden keskipituus on 18-30 nt, mukaan lukien miRNA, siRNA ja piRNA.Näiden pienten RNA:iden on raportoitu massiivisesti osallistuvan erilaisiin biologisiin prosesseihin, kuten mRNA:n hajoamiseen, translaation estoon, heterokromatiinin muodostumiseen jne. Pien-RNA:n sekvensointianalyysiä on käytetty laajalti eläinten/kasvien kehitystä, sairauksia, viruksia jne. koskevissa tutkimuksissa. Pieni RNA Sekvensointianalyysialusta koostuu vakioanalyysistä ja edistyneestä tiedon louhinnasta.RNA-seq-tietojen perusteella standardianalyysillä voidaan saavuttaa miRNA:n tunnistaminen ja ennustaminen, miRNA-kohdegeenin ennustaminen, annotaatio ja ekspressioanalyysi.Kehittynyt analyysi mahdollistaa räätälöidyn miRNA-haun ja -poiston, Venn-kaavion luomisen, miRNA- ja kohdegeeniverkoston rakentamisen.
