Reduced representation -bisulfiittisekvensointi (RRBS)
Reduktiomenetelmään perustuva bisulfiittisekvensointi (RRBS) perustuu CpG-saarteririkkaiden alueiden rikastamiseen MspI-katkaisulla, jota seuraa 200-500/600 bp:n fragmenttien koon valinta. Näin ollen vain CpG-saarten lähellä olevat alueet sekvensoidaan, kun taas alueet, joilla on kaukaisia CpG-saarta, jätetään analyysin ulkopuolelle. Tämä prosessi yhdistettynä bisulfiittisekvensointiin mahdollistaa DNA-metylaation tarkkaan havaitsemiseen, ja sekvensointimenetelmä, PE150, keskittyy erityisesti inserttien päihin eikä keskiosiin, mikä tehostaa metylaatioprofilointia.
Tämä tekniikka on noussut kustannustehokkaaksi ja toimivaksi vaihtoehdoksi koko genomin bisulfiittisekvensoinnille (WGBS) DNA-metylaatiotutkimuksessa. Vaikka WGBS tarjoaa kattavia tietoja tutkimalla koko genomia yhden emäksen resoluutiolla, sen korkeat kustannukset voivat olla rajoittava tekijä. RRBS lieventää tätä haastetta strategisesti analysoimalla valikoivasti edustavan osan genomista. Tämä menetelmä on korvaamaton työkalu, joka mahdollistaa kustannustehokkaan DNA-metylaatiotutkimuksen ja edistää tietämystä epigeneettisistä mekanismeista.
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella.
● Vaatii referenssigenomin.
● Lambda-DNA:ta käytetään bisulfiittikonversion tehokkuuden seurantaan.
● Myös MspI:n pilkkomisen tehokkuutta seurataan.
● Kasvinäytteiden kaksoisentsyymihajotus.
Palvelun edut
●Kustannustehokas ja tehokas vaihtoehto WGBS:lleSe mahdollistaa analyysin suorittamisen alhaisemmilla kustannuksilla ja pienemmillä näytevaatimuksilla.
●Täydellinen alusta:Tarjoamme erinomaista palvelua kokonaisvaltaisesti näytteenkäsittelystä, kirjastojen rakentamisesta ja sekvensoinnista bioinformatiikan analyysiin.
●Laaja asiantuntemusOlemme menestyneet monenlaisten lajien parissa. BMKGENE tuo mukanaan yli vuosikymmenen kokemuksen, erittäin ammattitaitoisen analyysitiimin, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu datalähtö | Laadunvalvonta |
| MspI-pilkottu ja bisulfiittikäsitelty kirjasto | Illumina PE150 | 8 Gt | Q30 ≥ 85 % Bisulfiittikonversio > 99 % MspI-leikkaustehokkuus > 95 % |
Näytteen vaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) |
| |
| Genominen DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Rajoitettu hajoaminen tai saastuminen |
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
BI-analyysi sisältää:
● Raakakokeennuksen laadunvalvonta;
● Kartoitus referenssigenomiin;
● 5 mC metyloitujen emästen havaitseminen ja motiivien tunnistaminen;
● Metylaatiojakauman analyysi ja näytteiden vertailu;
● Differentiaalisesti metyloituneiden alueiden (DMR) analyysi;
● DMR:iin liittyvien geenien toiminnallinen annotointi.
Laadunvalvonta: pilkkomisen tehokkuus (genomikartoituksessa)
Laadunvalvonta: bisulfiittikonversio (metylaatioinformaation uutossa)
Metylaatiokartta: 5 mC:n metylaation koko genomin jakauma
Näytevertailu: Pääkomponenttianalyysi
Differentiaalisesti metyloituneiden alueiden (DMR) analyysi: lämpökartta
Tutustu BMKGenen koko genomin bisulfiittisekvensointipalveluiden mahdollistamiin tutkimuksen edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Li, Z. ym. (2022) 'Korkealaatuinen uudelleenohjelmointi Leydigin kaltaisissa soluissa CRISPR-aktivaation ja parakriinisten tekijöiden avulla',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. ym. (2023) 'Kiinalaisten monotsygoottisten kaksosten kehonkoostumuksen koko genomin kattava DNA-metylaatioanalyysi',Euroopan kliinisen tutkimuksen aikakauslehti, 53(11), s. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. ym. (2022) 'DNA:n metylaatio ja vyötärön ja lantion suhde: epigenomin laajuinen assosiaatiotutkimus kiinalaisilla monotsygoottisilla kaksosilla',Endokrinologisen tutkimuksen lehti, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
