Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Palvelun tiedot
Alusta: NovaSeq-alusta, PE150
Kirjastotyyppi: 200-400 bp inserttibisulfiittikäsitelty DNA-kirjasto
Sekvensointistrategia: Paired-End 150 bp
Suositeltu tiedonanto: 10 Gt raakadataa/näyte
Esimerkkivaatimukset
DNA:n määrä: ≥ 2ug
DNA-pitoisuus: ≥ 20 ng/μl.
Puhtaus: OD260/280 = 1,8-2,0 ilman hajoamista tai RNA-kontaminaatiota
Bioinformatiikan analyysi
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
a.Viite genomin kohdistustilastot
Kartoituslukemien tilastot
SC-paikan sekvensointisyvyyden ja kattavuuden tilastot
Akertynyt kattavuus
Dkunkin näytteen imeytystehokkuus
b.Metylaatiokohdan havaitseminen
Luettelo metylaatiotasoista C-kohdassa
BS muunnos
Metyloitu sytosiini
Metylaatiotason jakautuminen
c.Metylaatiokartta
Genome-laajuinen
Genome-elementti
d.Metylaatiotasojen vertailu näytteiden välillä
Pairwise CG-metylaation korrelaatio
PCA-CG-metylaatio
CCG-metylaation kiilto
d.Differentiaalinen metylaatioanalyysi
SDMR:n tilastot
DMR-pituusjakauma
Hsyö karttaa
DMR-jakauma kohdealueella
