Tuotteet

Metatranskriptiosekvenssi

Hyödyntämällä Illumina-sekvensointiteknologiaa BMKGENEN metatranskripti-sekvensointipalvelu paljastaa dynaamisen geenin ilmentymisen erilaisille mikrobeille, jotka kattavat eukaryooteista prokaryooteihin ja viruksiin, luonnollisissa ympäristöissä, kuten maaperässä, vedessä, meressä, ulosteessa ja suolistossa. Kattava palvelumme antaa tutkijoille mahdollisuuden syventyä monimutkaisten mikrobiyhteisöjen täydellisiin geeniekspressioprofiileihin. Taksonomisen analyysin lisäksi metatranskripti-sekvensointipalvelumme helpottaa toiminnallisen rikastamisen tutkimista ja valaisee eri tavalla ilmentyneitä geenejä ja niiden rooleja. Löydä runsaasti biologisia oivalluksia, kun navigoit geenien ilmentymisen, taksonomisen monimuotoisuuden ja toiminnallisen dynamiikan monimutkaisissa maisemissa näissä erilaisissa ympäristön markkinarakoissa.

Ota yhteyttä

Palvelun tiedot

Bioinformatiikka

Demon tulokset

Suositellut julkaisut

Palvelun ominaisuudet

● rRNA-depletio, jota seuraa suunnattu mRNA-kirjaston valmistus.

● Sekvensointi Illumina NovaSeqissa.

Palvelun edut

●Tutki monimutkaisten mikrobiyhteisöjen muutoksia:Tämä tapahtuu transkription tasolla ja tutkii mahdollisia uusia geenejä.

●Mikrobiyhteisön vuorovaikutusten selittäminen isännän tai ympäristön kanssa.

●Kattava bioinformaattinen analyysi: Tämä tarjoaa oivalluksia yhteisön taksonomisista ja toiminnallisista koostumuksista sekä differentiaalista geeniekspressio-analyysistä.

●Laaja geenimerkintä:Ajantasaisten geenitoimintotietokantojen käyttö mikrobiyhteisöjen informatiivisen geenin ilmentymisinformaation saamiseksi.

●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.

Palvelun tiedot

Sekvensointialusta	Sekvensointistrategia	Tietoja suositellaan	Tietojen laadunvalvonta
Illumina NovaSeq	PE150	12Gb	Q30≥85 %

Esimerkkivaatimukset

Pitoisuus (ng/µL)	Kokonaismäärä (µg)	Tilavuus (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Palvelun työnkulku

Näytteen toimitus

Kirjaston rakentaminen

Sekvensointi

Tietojen analysointi

Myynnin jälkeiset palvelut

Edellinen: De novo sienigenomikokoonpano

Seuraavaksi: Prokaryoottinen RNA-sekvensointi

Sisältää seuraavan analyysin:

● Sekvensointitietojen laadunvalvonta

● Transkriptiokokoonpano

● Taksonominen huomautus ja runsaus

● Toiminnallinen huomautus ja runsaus

● Lausekkeiden kvantifiointi ja differentiaalianalyysi

Kunkin näytteen taksonominen jakautuminen:

Beta-diversiteettianalyysi: UPGMA

Toiminnallinen huomautus – GO runsaus

Differentiaalinen taksonomian runsaus – LEFSE

Tutustu BMKGenen metatranskriptomiikan sekvensointipalvelujen tarjoamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.

Lu, Z. et ai. (2023) "Bacteroidales-lahkon laktaattia hyödyntävien bakteerien happosietokyky auttaa estämään pötsin asidoosia vuohilla, jotka ovat sopeutuneet runsaaseen ruokavalioon",Eläinten ravitsemus, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. et ai. (2017) "Ydintoiminnallisen mikrobiotan purkaminen perinteisessä solid-state-fermentaatiossa suuritehoisilla amplikoneilla ja metatranskriptiikkasekvensoinnilla",Mikrobiologian rajat, 8 (JUUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. et ai. (2022) "Fytopatogeenisen Alternaria-sienen metatranskriptomiikkatutkimuksesta löydetyt uudet mykovirukset",Virukset, 14(11), s. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et ai. (2022) "Rinnakkais metatranskriptianalyysi paljastaa kasvien sekundaaristen metaboliittien hajoamisen kovakuoriaisten ja niiden suoliston symbionttien toimesta"Molekyyli Ekologia, 31(15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.