Amplikonisekvensointi (16S/18S/ITS)

Amplikonin (16S/18S/ITS) sekvensointi Illuminalla on menetelmä mikrobien monimuotoisuuden analysoimiseksi tunnistamalla mikrobiprofiilit niiden sekvenssien perusteella ja yrittämällä sitten tulkita yhteisöjen rikkautta ja monimuotoisuutta kussakin näytteessä ja näytteiden välillä. BMKCloud Amplicon (NGS) -prosessi mahdollistaa 16S-, 18S-, ITS- ja useiden funktionaalisten geenien analysoinnin. Se alkaa lukemien leikkaamisella, parittaisten lukujen kokoamisella ja laadunarvioinnilla, minkä jälkeen samankaltaiset lukemat ryhmitellään toiminnallisten taksonomisten yksiköiden (OTU) luomiseksi, joita käytetään kuudessa eri analyysiosiossa. Taksonominen annotaatio antaa tietoa kunkin näytteen suhteellisesta runsaudesta ja koostumuksesta, kun taas alfa- ja beeta-diversiteettianalyysit keskittyvät mikrobien monimuotoisuuteen näytteiden sisällä ja niiden välillä. Ryhmien välinen differentiaalianalyysi löytää OTU:t, jotka eroavat toisistaan, käyttämällä sekä parametrisia että ei-parametrisia testejä, kun taas korrelaatioanalyysi yhdistää nämä erot ympäristötekijöihin. Lopuksi funktionaalisten geenien runsaus ennustetaan markkerigeenien runsauden perusteella, mikä antaa tietoa kunkin näytteen toiminnasta ja ekologiasta.