Vertaileva genomiikka
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemus ja julkaisutietueetBMKGene on kerryttänyt yli 90 vertailevan genomiikan projektia, joiden kumulatiivinen vaikuttavuuskerroin on 900.
●Kattava bioinformatiikan analyysianalyysipaketti sisältää kahdeksan yleisimmin vaadittua analyysia, jotka tarjoavat hyvin suunniteltuja ja julkaisuvalmiita lukuja ja mahdollistavat tulosten helpon tulkinnan
●Erittäin ammattitaitoinen bioinformatiikan tiimi ja lyhyt analyysisykliBMKGenen tiimillä on laaja kokemus vertailevasta genomianalyysistä, ja se täyttää monipuoliset yksilölliset analyysitarpeet lyhyessä ajassa.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustilaisuuksia tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Palvelun tekniset tiedot
| Arvioitu läpimenoaika | Lajien lukumäärä | Analyysit |
| 30 työpäivää | 6–12 | Geeniperheiden klusterointi Geeniperheen laajeneminen ja supistuminen Fylogeneettinen puun rakenne Divergenssiajan arviointi (fossiilien kalibrointi vaaditaan) LTR:n lisäysaika (kasveille) Koko genomin monistaminen (kasveille) Valikoiva paine Synteenianalyysi |
Bioinformatiikan analyysit
● Geeniperhe
● Fylogenetiikka
● Divergenssiaika
● Valikoiva paine
● Synteenianalyysi
Näytevaatimukset ja toimitus
Näytteen vaatimukset:
Kudos tai DNA genomin sekvensointia ja kokoamista varten
Kudokselle
| Laji | Kudos | Kysely | Pacbio CCS |
| Eläin | Viskeraalinen kudos | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g |
| Lihaskudos | |||
| Nisäkkään veri | ≥ 0,3 ml | ≥ 1 ml | |
| Siipikarjan/kalan veri | ≥ 0,05 ml | ≥ 0,1 ml | |
| Hyönteinen | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | |
| Kasvi | Tuore lehti | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g |
| Vesieliö | Lihaskudos | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g |
| Levät | ≥ 0,5 g | ≥ 3,0 g | |
| Solut | Viljellyt solut | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Data
Läheisesti sukua olevien lajien genomisekvenssitiedostot (.fasta) ja annotaatiotiedostot (.gff3)
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
*Tässä esitetyt demotulokset ovat kaikki Biomarker Technologiesin julkaisemista genomeista.
1. LTR-insertioajan arviointi: Kuvassa on esitetty ainutlaatuinen bimodaalinen jakauma LTR-RT-sekvenssien insertioajoissa Weining rye -genomissa verrattuna muihin lajeihin. Viimeisin piikki havaittiin noin 0,5 miljoonaa vuotta sitten.
Li Guang ym.Luontogenetiikka, 2021
2. Fylogenia- ja geeniperheanalyysi kajootilla (Sechium edule): Analysoimalla kajoottia ja 13 muuta geeniperheen sukua olevaa lajia havaittiin, että kajootti on läheisimmin sukua käärmekurkulle (Trichosanthes anguina). Kajootti polveutui käärmekurkusta noin 27–45 miljoonaa vuotta sitten, ja koko genomin duplikaatiota (WGD) havaittiin kajootissa 25±4 miljoonaa vuotta sitten, mikä on kolmas WGD-tapahtuma kurkkukasveilla.
Fu A ym.,Puutarhatutkimus, 2021
3. Synteenia-analyysi: Kajootista, käärmekurkusta ja kurpitsasta löydettiin joitakin hedelmänkehitykseen vaikuttavia fytohormoneihin liittyviä geenejä. Korrelaatio kajootin ja kurpitsan välillä on hieman suurempi kuin kajootin ja käärmekurpitsan välillä.
Fu A ym.,Puutarhatutkimus, 2021
4. Geeniperheanalyysi: KEGG-rikastuminen geeniperheen laajentumisessa ja supistumisessa G.thurberin ja G.davidsoniin genomeissa osoitti, että steroidibiosynteesiin ja brassinosteroidibiosynteesiin liittyvät geenit laajenivat.
Yang Z ym.BMC-biologia, 2021
5. Koko genomin duplikaatioanalyysi: 4DTV- ja Ks-jakauman analyysi osoitti koko genomin duplikaatiotapahtuman. Lajinsisäisten jakaumien piikit osoittivat duplikaatiotapahtumia. Lajienvälisten jakaumien piikit osoittivat lajiutumistapahtumia. Analyysi osoitti, että verrattuna kolmeen muuhun läheisesti sukua olevaan lajiin, O. europaea on käynyt läpi laajamittaisen geenien duplikaation viime aikoina.
Rao G ym.Puutarhatutkimus, 2021
BMK-tapaus
Ruusu ilman piikkejä: genomiset näkemykset liittyvät kosteuden sopeutumiseen
Julkaistu: Kansallinen tiedekatsaus, 2021
Sekvensointistrategia:
BasyenPiikitön' (R.Wichurainan) genomi:
Noin 93-kertainen PacBio + noin 90-kertainen Nanopore + 267-kertainen Illumina
Keskeiset tulokset
1. Korkealaatuinen R.wichuraiana -genomi konstruoitiin käyttämällä pitkän lukuajan sekvensointitekniikoita, jotka tuottivat 530,07 Mb:n kokoonpanon (arvioitu genomin koko oli noin 525,9 Mb virtaussytometrialla ja 525,5 Mb genomikyselyllä； heterotsygoottisuus oli noin 1,03 %). BUSCO-arvioitu pistemäärä oli 93,9 %. Verrattuna ”Old blushiin” (haploOB), tämän genomin laatu ja täydellisyys vahvistettiin emäskohtaisella tarkkuudella ja LTR-kokoonpanoindeksillä (LAI = 20,03). R.wichuraiana -genomi sisältää 32 674 proteiinia koodaavaa geeniä.
2. Moni-omiikka-yhteisanalyysi, joka koostui vertailevasta genomiikasta, transkriptomiikasta ja geneettisen populaation QTL-analyysistä, paljasti R. wichuraiana- ja Rosa chinensis -lajien välisen ratkaisevan lajiutumisen. Myös toisiinsa liittyvien geenien ilmentymisen vaihtelu QTL-taulukossa todennäköisesti liittyi varren piikkikuviointiin.
Basye's Thornless- ja Rosa chinensis -ruusujen vertaileva genomianalyysi, mukaan lukien syntenia-analyysi, geeniperheklusteri-, laajenemis- ja supistumisanalyysi, paljasti suuren määrän variaatioita, jotka liittyivät ruusujen keskeisiin ominaisuuksiin. NAC- ja FAR1/FRS-geeniperheiden ainutlaatuinen laajeneminen liittyi hyvin todennäköisesti mustalaikkuresistanssiin.
BT- ja haploOB-genomien vertaileva genomianalyysi.
Zhong, M. ym. ”Piikkitön ruusu: genomisia näkemyksiä kosteuden sopeutumisesta”Kansallinen tiedekatsaus, 2021;, nwab092.
