Vertaileva genomiikka
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemus ja julkaisutiedot: kertyneellä summalla BMKGene on saanut päätökseen yli 90 vertailevaa genomiikkaprojektia, joiden kumulatiivinen vaikutuskerroin on saavuttanut 900.
●Kattava bioinformatiikan analyysi: analyysipaketti sisältää kahdeksan yleisimmin vaadittua analyysiä, jotka tarjoavat hyvin suunniteltuja julkaisuvalmiita lukuja ja mahdollistavat tulosten helpon tulkinnan
●Korkeasti koulutettu bioinformatiikkatiimi ja lyhyt analyysisykli: BMKGenen tiimillä on suuri kokemus vertailevasta genomiikka-analyysistä ja se täyttää monipuoliset yksilölliset analyysivaatimukset lyhyessä läpimenoajassa
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Palvelun tiedot
| Arvioitu läpimenoaika | Lajien lukumäärä | Analyysit |
| 30 työpäivää | 6-12 | Geeniperheen klusterointi Geeniperheen laajeneminen ja supistuminen Fylogeneettinen puurakennus Hajoamisajan arvio (edellyttää fossiilikalibrointia) LTR-lisäysaika (kasveille) Koko genomin kopiointi (kasveille) Selektiivinen paine Syntenia-analyysi |
Bioinformatiikan analyysit
● Geeniperhe
● Fylogenetiikka
● Eroamisaika
● Selektiivinen paine
● Synteenianalyysi
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
Kudos tai DNA genomin sekvensointia ja kokoamista varten
Tissuelle
| Laji | Kudos | Kysely | PacBio CCS |
| Eläin | Viskeraalinen kudos | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g |
| Lihaskudos | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Nisäkkään verta | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Siipikarjan/kalan veri | |||
| Kasvi | Tuore Lehti | 1-2 g | ≥ 5,0 g |
| Terälehti/varsi | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Juuri/Siemen | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Solut | Viljelty solu | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Lähisukuisten lajien genomisekvenssitiedostot (.fasta) ja huomautustiedostot (.gff3).
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
*Tässä näkyvät esittelytulokset ovat kaikki Biomarker Technologiesin julkaisemista genomeista
1.LTR-inserttiajan estimointi: Kuvassa näkyy ainutlaatuinen bimodaalinen jakauma LTR-RT:iden insertioajoissa Weiningin rukiin genomissa verrattuna muihin lajeihin. Viimeisin huippu ilmestyi noin 0,5 miljoonaa vuotta sitten.
Li Guang et ai.,Luonnon genetiikka, 2021
2. Chayoten (Sechium edule) fysiologia ja geeniperheen analyysi: Analysoimalla chayotea ja muita 13 sukulaista geeniperheen lajia Chayoten todettiin olevan läheisin sukua käärmekurpitsalle (Trichosanthes anguina). Käärmekurpitsasta peräisin oleva chajootti noin 27–45 Myassa ja koko genomin kaksoiskappale (WGD) havaittiin chayotissa 25±4 Mya:ssa, mikä on kolmas WGD-tapahtuma cucuibitaceae-lajissa.
Fu A et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
3.Synteeniaanalyysi: Joitakin geenejä, jotka liittyvät kasvihormoneihin hedelmän kehityksessä, löydettiin chayotista, käärmekurpitsasta ja kurpitsasta. Chayoten ja squashin välinen korrelaatio on hieman korkeampi kuin chayoten ja käärmekurpitsan välinen korrelaatio.
Fu A et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
4. Geeniperheen analyysi: KEGG-rikastus geeniperheen laajenemisesta ja supistumisesta G.thurberin ja G.davidsonii-genomeissa osoitti, että steroidien biosynteesiin ja brassinosteroidien biosynteesiin liittyvät geenit laajenivat.
Yang Z et ai.,BMC Biology, 2021
5. Koko genomin duplikaatioanalyysi: 4DTV- ja Ks-jakauman analyysi osoitti koko genomin kaksoistapahtuman. Lajiensisäisten lajien huiput osoittavat päällekkäisyyksiä. Lajien välisten huipuilla näkyy lajittelutapahtumia. Analyysi osoitti, että verrattuna kolmeen muuhun läheisesti sukulaiseen lajiin O. europaea kävi äskettäin läpi laajamittaisen geenikaksoistumisen.
Rao G et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
BMK kotelo
Ruusu ilman piikkiä: kosteussopeutumiseen liittyviä genomisia oivalluksia
Julkaistu: National Science Review, 2021
Sekvensointistrategia:
'BasyenThornless' (R.Wichurainan) genomi:
Noin 93 X PacBio + n. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Tärkeimmät tulokset
1. Korkealaatuinen R.wichuraiana-genomi rakennettiin käyttämällä pitkään luettuja sekvensointitekniikoita, jotka tuottavat 530,07 Mb:n kokoonpanon (Arvioitu genomin koko oli noin 525,9 Mb virtaussytometrialla ja 525,5 Mb genomitutkimuksella； Heterotsygoottisuus oli noin 1,03 %). BUSCO arvioi pistemääräksi 93,9 %. "Old blush" (haploOB) verrattuna tämän genomin laatu ja täydellisyys vahvistettiin yhden emäksen perustarkkuudella ja LTR-kokoonpanoindeksillä (LAI = 20,03). R.wichuraianan genomi sisältää 32 674 proteiinia koodaavaa geeniä.
2. Multi-omics-yhteisanalyysi, joka koostuu vertailevasta genomiikasta, transkriptomiikasta ja geneettisen populaation QTL-analyysistä, paljasti R. wichuraianan ja Rosa chinensisin välisen ratkaisevan spesiaalin. Myös sukulaisten geenien ilmentymisen vaihtelu QTL:ssä liittyi todennäköisesti varren pistekuviointiin.
Vertaileva genomianalyysi Basyen Thornlessin ja Rosa chinensiksen välillä, mukaan lukien synteesianalyysi, geeniperheklusteri, laajennus- ja supistumisanalyysi, paljasti suuren määrän muunnelmia, jotka liittyivät ruusujen tärkeisiin ominaisuuksiin. Ainutlaatuinen NAC- ja FAR1/FRS-geeniperheen laajeneminen liittyi hyvin todennäköisesti mustapilkkuresistenssiin.
Vertaileva genomianalyysi BT- ja haploOB-genomien välillä.
Zhong, M., et ai. "Ruusu ilman piikkejä: genominen oivalluksia kosteuden mukautumiseen"National Science Review, 2021;, nwab092.
