Vertaileva genomiikka
Palvelun edut
● Kattava analyysipaketti, joka sisältää kahdeksan yleisimmin vaadittua analyysiä
● Korkea analyysin luotettavuus ja tulosten yksityiskohtainen ja helposti ymmärrettävä tulkinta
● Hyvin suunniteltuja julkaisuvalmiita lukuja
● Korkeasti koulutettu bioinformatiikkatiimi täyttää monipuoliset yksilölliset analyysivaatimukset
● Lyhyempi läpimenoaika ja suurempi analyysitarkkuus
● Runsas kokemus yli 90 onnistuneesta tapauksesta, joiden kumulatiivinen julkaistu vaikutuskerroin on yli 900
Palvelun tiedot
| Arvioitu läpimenoaika | Lajien lukumäärä | Analyysit |
| 30 työpäivää | 6-12 | Geeniperheen klusterointi Geeniperheen laajeneminen ja supistuminen Fylogeneettinen puurakennus Hajoamisajan arvio (edellyttää fossiilikalibrointia) LTR-lisäysaika (kasveille) Koko genomin kopiointi (kasveille) Valikoiva paine Syntenia-analyysi |
Bioinformatiikan analyysit
● Geeniperhe
● Fylogenetiikka
● Eroamisaika
● Selektiivinen paine
● Synteenianalyysi
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
Kudos tai DNA genomin sekvensointia ja kokoamista varten
Tissuelle
| Laji | Kudos | Kysely | PacBio CCS |
| Eläin | Viskeraalinen kudos | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g |
| Lihaskudos | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Nisäkkään verta | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Siipikarjan/kalan veri | |||
| Tehdas | Tuore Lehti | 1-2 g | ≥ 5,0 g |
| Terälehti/varsi | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Juuri/Siemen | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Solut | Viljelty solu | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Lähisukuisten lajien genomisekvenssitiedostot (.fasta) ja huomautustiedostot (.gff3).
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
*Tässä näkyvät esittelytulokset ovat kaikki Biomarker Technologiesin julkaisemista genomeista
1.LTR-inserttiajan estimointi: Kuvassa näkyy ainutlaatuinen bimodaalinen jakauma LTR-RT:iden insertioajoissa Weiningin rukiin genomissa verrattuna muihin lajeihin.Viimeisin huippu ilmestyi noin 0,5 miljoonaa vuotta sitten.
Li Guang et ai.,Luonnon genetiikka, 2021
2. Chayoten (Sechium edule) fysiologia ja geeniperheen analyysi: Analysoimalla chayotea ja muita 13 sukulaislajia geeniperheessä, Chayoten havaittiin olevan läheisin sukua käärmekurpitsalle (Trichosanthes anguina).Käärmekurpitsasta peräisin oleva chajootti noin 27-45 Mya:ssa ja koko genomin moninkertaistuminen (WGD) havaittiin chayotissa 25±4 Mya:ssa, mikä on kolmas WGD-tapahtuma cucuibitaceae-lajissa.
Fu A et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
3.Synteeniaanalyysi: Joitakin geenejä, jotka liittyvät kasvihormoneihin hedelmän kehityksessä, löydettiin chayotista, käärmekurpitsasta ja kurpitsasta.Chayoten ja squashin välinen korrelaatio on hieman korkeampi kuin chayoten ja käärmekurpitsan välinen korrelaatio.
Fu A et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
4. Geeniperheen analyysi: KEGG-rikastus geeniperheen laajenemisesta ja supistumisesta G.thurberin ja G.davidsonii-genomeissa osoitti, että steroidien biosynteesiin ja brassinosteroidien biosynteesiin liittyvät geenit laajenivat.
Yang Z et ai.,BMC Biology, 2021
5. Koko genomin duplikaatioanalyysi: 4DTV- ja Ks-jakauman analyysi osoitti koko genomin kaksoistapahtuman.Lajiensisäisten lajien huiput osoittavat päällekkäisyyksiä.Lajien välisten huipuilla näkyy lajittelutapahtumia.Analyysi osoitti, että verrattuna kolmeen muuhun läheisesti sukulaiseen lajiin O. europaea kävi äskettäin läpi laajamittaisen geenikaksoistumisen.
Rao G et ai.,Puutarhatutkimus, 2021
BMK kotelo
Ruusu ilman piikkiä: kosteussopeutumiseen liittyviä genomisia oivalluksia
Julkaistu: National Science Review, 2021
Sekvensointistrategia:
'BasyenThornless' (R.Wichurainan) perimä:
Noin93 X PacBio + n.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Tärkeimmät tulokset
1. Korkealaatuinen R.wichuraiana-genomi rakennettiin käyttämällä pitkään luettuja sekvensointitekniikoita, jotka tuottavat 530,07 Mb:n kokoonpanon (Arvioitu genomin koko oli noin 525,9 Mb virtaussytometrialla ja 525,5 Mb genomitutkimuksella； Heterotsygoottisuus oli noin 1,03 %).BUSCO arvioi pistemääräksi 93,9 %."Old blush" (haploOB) verrattuna tämän genomin laatu ja täydellisyys vahvistettiin yhden emäksen perustarkkuudella ja LTR-kokoonpanoindeksillä (LAI = 20,03).R.wichuraianan genomi sisältää 32 674 proteiinia koodaavaa geeniä.
2. Multi-omics-yhteisanalyysi, joka koostuu vertailevasta genomiikasta, transkriptomiikasta ja geneettisen populaation QTL-analyysistä, paljasti R. wichuraianan ja Rosa chinensisin välisen ratkaisevan spesiaalin.Myös sukulaisten geenien ilmentymisen vaihtelu QTL:ssä liittyi todennäköisesti varren pistekuviointiin.
Vertaileva genomianalyysi Basyen Thornlessin ja Rosa chinensisin välillä, mukaan lukien synteesianalyysi, geeniperheklusteri, laajenemis- ja supistumisanalyysi, paljasti suuren määrän muunnelmia, jotka liittyivät ruusujen tärkeisiin ominaisuuksiin.Ainutlaatuinen laajentuminen NAC- ja FAR1/FRS-geeniperheessä liittyi hyvin todennäköisesti resistenssiin mustapilkkua vastaan.
Vertaileva genomianalyysi BT- ja haploOB-genomien välillä.
Zhong, M., et ai."Ruusu ilman piikkejä: genominen oivalluksia kosteuden mukautumiseen"National Science Review, 2021;, nwab092.
