-
BMKMANU S3000_Spatiaalinen transkriptomi
Spatiaalinen transkriptomiikka on tekniikka, jonka avulla voimme tallentaa ja visualisoida geenien ilmentymistä kudoksissa. Tämä voi olla ratkaisevan tärkeää solujen vuorovaikutuksen ymmärtämiseksi.
Tälle lähestymistavalle on olemassa useita eri alustoja. BMKGene on kehittänyt tätä varten BMKManu 3000 Spatial transkriptomisirun, alustan, joka parantaa tekniikan suorituskykyä saavuttamalla subsellulaarisen resoluution ja mahdollistamalla monitasoisen resoluutioasetuksen.
Tämä siru sisältää 4,2 miljoonaa täplää patentoidun tekniikan avulla, jossa mikrokuopat on kerrostettu helmillä, jotka on ladattu spatiaalisesti viivakoodatuilla koettimilla. Tällä menetelmällä saadaan talteenoton ja monistuksen jälkeen cDNA-kirjasto, joka on rikastettu viivakoodatuilla näytteillä ja on Illumina-yhteensopiva.
Paikkatietojen viivakoodien ja UMI-tunnisteiden yhdistelmä varmistaa luodun datan tarkkuuden ja spesifisyyden. Yhdistämällä kaikki edellä mainitut BMKManu tarjoaa erittäin monipuolisen data-asetelman.
-
Yksittäisten ytimien RNA-sekvensointi
Yksittäisten solujen talteenottotekniikoiden ja räätälöityjen kirjastojen rakennustekniikoiden kehitys yhdistettynä suuritehoiseen sekvensointiin on mullistanut geenien ilmentymisen tutkimukset solutasolla. Tämä läpimurto mahdollistaa monimutkaisten solupopulaatioiden syvemmän ja kattavamman analyysin, voittaen geenien ilmentymisen keskiarvon laskemiseen kaikissa soluissa liittyvät rajoitukset ja säilyttäen näiden populaatioiden todellisen heterogeenisyyden. Vaikka yksitumaisten RNA-sekvensoinnilla (scRNA-seq) on kiistattomia etuja, se kohtaa haasteita tietyissä kudoksissa, joissa yksitumaisten solujen suspension luominen osoittautuu vaikeaksi ja vaatii tuoreita näytteitä. BMKGenellä ratkaisemme tämän ongelman tarjoamalla yksitumaisten RNA-sekvensointia (snRNA-seq) käyttämällä huippuluokan 10X Genomics Chromium -teknologiaa. Tämä lähestymistapa laajentaa transkriptomianalyysiin soveltuvien näytteiden kirjoa yksitumaisilla tasoilla.
Tumien eristäminen tapahtuu innovatiivisella 10X Genomics Chromium -sirulla, jossa on kahdeksankanavainen mikrofluidiikkajärjestelmä kaksoisristeytyksillä. Tässä järjestelmässä geelihelmet, jotka sisältävät viivakoodeja, alukkeita, entsyymejä ja yhden ytimen, kapseloidaan nanolitran kokoisiin öljypisaroihin muodostaen geelihelmi-emulsion (GEM). GEM:n muodostumisen jälkeen kussakin GEM:ssä tapahtuu solujen hajoaminen ja viivakoodin vapautuminen. Tämän jälkeen mRNA-molekyylit läpikäyvät käänteiskopioinnin cDNA:ksi, joihin on liitetty 10X-viivakoodeja ja ainutlaatuisia molekyylitunnisteita (UMI). Nämä cDNA:t altistetaan sitten standardisoidulle sekvensointikirjastorakenteelle, mikä helpottaa geenien ilmentymisprofiilien vankkaa ja kattavaa tutkimista yksittäisten solujen tasolla.
Alusta: 10× Genomics Chromium- ja Illumina NovaSeq -alusta
