Evoluutiogenetiikka
Palvelun edut
Takagi ym.,Kasvipäiväkirja, 2013
●Kattava bioinformatiikan analyysi:mahdollistaen lajien evolutiivisen potentiaalin heijastavan geneettisen monimuotoisuuden arvioinnin ja paljastaen luotettavan fylogeneettisen suhteen lajien välillä minimoiden konvergentin ja rinnakkaisen evoluution vaikutuksen
●Valinnainen räätälöity analyysikuten divergenssiajan ja -nopeuden arviointi nukleotidi- ja aminohappotason vaihteluiden perusteella.
●Laaja asiantuntemus ja julkaisutietueetBMKGene on kerännyt valtavasti kokemusta populaatio- ja evoluutiogenetiikan projekteista yli 15 vuoden aikana, kattaen tuhansia lajeja jne., ja osallistunut yli 1000 korkean tason projektiin, jotka on julkaistu Nature Communicationsissa, Molecular Plantsissa, Plant Biotechnology Journalissa jne.
● Erittäin ammattitaitoinen bioinformatiikan tiimi ja lyhyt analyysisykliBMKGenen tiimillä on laaja kokemus edistyneestä genomiikan analysoinnista, ja se toimittaa kattavia analyysejä nopealla toimitusajalla.
● Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustilaisuuksia tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
Palvelun tekniset tiedot ja vaatimukset
| Sekvensoinnin tyyppi | Suositeltu väestöasteikko | Sekvensointistrategia | Nukleotidivaatimukset |
| Koko genomin sekvensointi | ≥ 30 yksilöä, joista ≥ 10 yksilöä kustakin alaryhmästä
| 10 kertaa | Pitoisuus: ≥ 1 ng/µl Kokonaismäärä ≥ 30 ng Rajoitettu tai ei lainkaan hajoamista tai kontaminaatiota |
| Spesifisen lokuksen monistettu fragmentti (SLAF) | Tunnisteen syvyys: 10 kertaa Tunnisteiden lukumäärä: <400 Mb: WGS on suositeltava <1 Gt: 100 000 tunnistetta 1 Gt >2 Gt: 300 000 tunnistetta Enintään 500 000 tunnistetta | Pitoisuus ≥ 5 ng/µl Kokonaismäärä ≥ 80 ng Agaroosigeeli: ei hajoamista tai kontaminaatiota tai on rajoitettua
|
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Palveluun sisältyy populaatiorakenteen analyysi (fylogeneettinen puu, PCA, populaatiokerrostumiskaavio), populaatiodiversiteetin ja populaatiovalinnan (kytkentäepätasapaino, edullisten sijaintipaikkojen valikoiva valinta). Palveluun voi sisältyä myös räätälöityjä analyysejä (esim. divergenssiaika, geenivirta).
*Tässä esitetyt demotulokset ovat kaikki BMKGENE:llä julkaistuista genomeista.
1. Evoluutioanalyysi sisältää fylogeneettisen puun, populaatiorakenteen ja PCA:n rakentamisen geneettisten variaatioiden perusteella.
Fylogeneettinen puu kuvaa yhteisen esi-isän omaavien lajien taksonomisia ja evolutiivisia suhteita.
PCA pyrkii visualisoimaan alaryhmien välistä läheisyyttä.
Populaatiorakenne osoittaa geneettisesti erillisten alaryhmien läsnäolon alleelifrekvenssien suhteen.
Chen ym.PNAS, 2020
2. Valikoiva pyyhkäisy
Selektiivinen pyyhkäisy viittaa prosessiin, jossa valitaan edullinen kohta ja linkittyneiden neutraalien kohtien taajuuksia lisätään ja linkittymättömien kohtien taajuuksia vähennetään, mikä johtaa alueellisen heikkenemiseen.
Koko genomin laajuinen havaitseminen valikoivilla pyyhkäisyalueilla käsitellään laskemalla kaikkien liukuvan ikkunan (100 kb) sisällä olevien SNP:ien populaatiogeneettinen indeksi (π, Fst, Tajiman D) tietyssä vaiheessa (10 kb).
Nukleotidien monimuotoisuus (π）
Tajiman D
Kiinnitysindeksi (Fst)
Wu ym.Molekyylitehdas, 2018
3. Geenivirta
Wu ym.Molekyylitehdas, 2018
4. Väestöhistoria
Zhang ym.Luontoekologia ja evoluutio, 2021
5. Divergenssiaika
Zhang ym.Luontoekologia ja evoluutio, 2021
Tutustu BMKGenen evoluutiogenetiikan palveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla:
Hassanyar, AK ym. (2023) "Apis cerana cerana -toukkien sacbrood-virusresistenssiin liittyvien SNP-molekyylimarkkereiden ja kandidaattigeenien löytäminen koko genomin uudelleensekvensoinnilla",Kansainvälinen molekyylitieteiden aikakauslehti, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. ym. (2022) "Villinä tunnetun, geneettisesti puhtaan kiinalaisen jättiläissalamanterin löytäminen luo uusia suojelumahdollisuuksia",Eläintieteellinen tutkimus, 2022, Nide 43, Numero 3, Sivut: 469-480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. ym. (2022) 'Alkuperäiskansojen Elymus sibiricus L.:n fylogeografinen kaava ja populaation kehityshistoria Qinghain ja Tiibetin ylängöllä',Kasvitieteen rajaseudut, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. ym. (2022) 'Genomisen näkemyksen longanien evoluutiosta kromosomitason genomikokoonpanon ja longanien populaatiogenomiikan avulla',Puutarhatutkimus, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
