Metagenomaattinen sekvensointi-TGS
Metagenomi on kokoelma useiden organismien, kuten ympäristön ja ihmisen metagenomien, geneettistä materiaalia. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja. Metagenomisekvensointi mahdollistaa näiden ekologisiin näytteisiin upotettujen monimutkaisten genomisten maisemien tutkimisen tarjoamalla enemmän kuin taksonomista profilointia. Se tarjoaa myös funktionaalisen genomiikan näkökulman tutkimalla koodattuja geenejä ja niiden oletettuja rooleja ympäristöprosesseissa. Vaikka perinteisiä haulikkomenetelmiä Illumina-sekvensoinnilla on käytetty laajalti metagenomiikkatutkimuksissa, Nanoporen ja PacBion pitkän lukuajan sekvensointien tulo on muuttanut alaa. Nanopore- ja PacBio-teknologia parantavat bioinformaattisia analyysejä, erityisesti metagenomien kokoonpanoa, varmistaen jatkuvammat kokoonpanot. Raportit osoittavat, että Nanopore- ja PacBio-pohjaiset metagenomiikkamenetelmät ovat onnistuneesti luoneet täydellisiä ja suljettuja bakteerigenomeja monimutkaisista mikrobiomeista (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore-lukujen integrointi Illumina-lukujen kanssa tarjoaa strategisen lähestymistavan virheenkorjaukseen ja lieventää Nanoporen luontaista heikkoa tarkkuutta. Tämä synergistinen yhdistelmä hyödyntää kummankin sekvensointialustan vahvuuksia, tarjoaa vankan ratkaisun mahdollisten rajoitusten voittamiseksi ja metagenomisten analyysien tarkkuuden ja luotettavuuden parantamiseksi.
Alusta: Nanopore PromethION 48, Illumia ja PacBio Revio
Palvelun ominaisuudet
● Pitkälukuinen sekvensointi Nanopore P48:lla (10 kb:n kirjasto); PacBio Revio (8 kb:n kirjasto)
● Virheenkorjaus: sekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella (PE150-kirjasto)
Palvelun edut
●Korkealaatuinen metagenomin kokoaminen:Vähemmän jatkuvia yksiköitä, joilla on korkeampi jatkuvuus.
●Tarkempi:Lajin tunnistus ja toiminnallisten geenien ennustaminen.
●Parannettu kokoonpanoBakteerien genomin eristämisen ja vertailevan metagenomianalyysin helpottaminen.
●Kattava bioinformatiikan analyysi:Analyysimme keskittyy paitsi taksonomiseen monimuotoisuuteen myös yhteisön toiminnalliseen monimuotoisuuteen.
●Laaja kokemusTiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta. Heillä on näyttöjä useiden metagenomiikkaprojektien onnistuneesta päättämisestä eri tutkimusaloilla ja yli 200 000 näytteen käsittelystä. Tiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta.
Palvelun tekniset tiedot
| Sekvensointialusta | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gt |
| Nanopore P48 | 10 kt | 6/10 Gt |
| PacBio Revio | 8 kt | 10/20 Gt |
Näytteen vaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) | |
| Illumina PE150 -kirjasto | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb:n kirjasto | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb:n kirjasto | ≥50 | 10 µg/solu | ≥20 |
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Sekvensointitietojen laadunvalvonta
● Metagenomin kokoaminen ja geenien ennustaminen
● Geenimerkintä
● Taksonominen alfadiversiteettianalyysi
● Yhteisön toiminnallinen analyysi: biologinen toiminta, aineenvaihdunta, antibioottiresistenssi
● Sekä toiminnallisen että taksonomisen monimuotoisuuden analyysi:
Beeta-monimuotoisuusanalyysi
Ryhmien välinen analyysi
Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja OUT-koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
Ei-redundanttien geenijoukkojen jakauma:
Geenimerkintä: KEGG-reitti
Geenimerkintä: eggNOG
Geenimerkintä: CAZY-hiilihydraatit
Lajien korrelaatioverkosto:
Tutustu BMKGenen metagenomiikkasekvensointipalvelun ja Nanopore + Illuminan mahdollistamiin edistysaskeliin tässä esittelyjulkaisussa:
Jin, H. ym. (2023) 'Korkealaatuinen genomikooste sisä-mongolialaisten ihmisen suolistomikrobiomista', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), s. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
