page_head_bg

Tuotteet

Metagenominen sekvensointi-nanopore

Metagenomics on molekyylityökalu, jota käytetään analysoimaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomiaineita ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa jne. Nanopore-sekvensointialustoja on äskettäin otettu käyttöön. metagenomisiin tutkimuksiin.Sen erinomainen suorituskyky lukupituudessa paransi suuresti alavirran metagenomista analyysiä, erityisesti metagenomikokoonpanoa.Lukupituutta hyödyntäen Nanopore-pohjainen metagenominen tutkimus pystyy saavuttamaan jatkuvamman kokoonpanon haulikkometagenomiikkaan verrattuna.On julkaistu, että Nanopore-pohjainen metagenomiikka synnytti onnistuneesti täydellisiä ja suljettuja bakteerigenomeja mikrobiomeista (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Alusta:Nanopore PromethION P48


Palvelun tiedot

Demon tulokset

BMK kotelo

Palvelun edut

ØLaadukas kokoonpano – Lajien tunnistamisen ja funktionaalisten geenien ennustamisen tarkkuus

ØSuljetun bakteerigenomin eristäminen

ØTehokkaampi ja luotettavampi sovellus monilla aloilla, esim. patogeenisten mikro-organismien tai antibioottiresistenssiin liittyvien geenien havaitsemiseen

ØVertaileva metagenomianalyysi

Palvelun tiedot

JaksotusAlusta

Kirjasto

Suositeltu tiedon tuotto

Arvioitu läpimenoaika

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K tunnisteet

30 päivää

Bioinformatiikan analyysit

üRaakatietojen laadunvalvonta

üMetagenomikokoonpano

üEi-redundantti geenisarja ja annotaatio

üLajien monimuotoisuusanalyysi

üGeneettisen toiminnan monimuotoisuusanalyysi

üRyhmien välinen analyysi

üAssosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan

2

Näytevaatimukset ja toimitus

Näytevaatimukset ja toimitus

Esimerkkivaatimukset:   

vartenDNA-uutteet:

Näytteen tyyppi

Määrä

Keskittyminen

Puhtaus

DNA-uutteet

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Ympäristönäytteet:

Näytetyyppi

Suositeltu näytteenottomenettely

Maaperä

Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten.

Ulosteet

Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten.

Suoliston sisältö

Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin.

Lietettä

Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten

Vesistö

Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa.

Iho

Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen.

Suositeltu näytetoimitus

Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.

Palvelun työnkulku

logo_02

Näytteen toimitus

logo_04

Kirjaston rakentaminen

logo_05

Jaksotus

logo_06

Tietojen analysointi

logo_07

Myynnin jälkeiset palvelut


  • Edellinen:
  • Seuraava:

  • 1.Lämpökartta: Lajirikkauden klusterointi32. Funktionaaliset geenit, jotka on merkitty KEGG:n aineenvaihduntareitteihin43. Lajien korrelaatioverkosto54. CARD-antibioottiresistenssigeenien sirkoset
    6

    BMK kotelo

    Nanopore-metagenomiikka mahdollistaa alempien hengitysteiden bakteeri-infektion nopean kliinisen diagnoosin

    Julkaistu:Luonnon biotekniikka, 2019

    Tekniset kohokohdat
    Sekvensointi: Nanopore MinION
    Kliininen metagenomiikka bioinformatiikka: isäntä-DNA:n ehtyminen, WIMP- ja ARMA-analyysi
    Nopea tunnistus: 6 tuntia
    Korkea herkkyys: 96,6 %

    Tärkeimmät tulokset

    Vuonna 2006 alempien hengitysteiden infektio (LR) aiheutti 3 miljoonan ihmisen kuoleman maailmanlaajuisesti.Tyypillinen menetelmä LR1-patogeenin havaitsemiseen on viljely, jonka herkkyys on heikko, läpimenoaika on pitkä ja jota ei ole ohjattu varhaisessa antibioottihoidossa.Nopea ja tarkka mikrobidiagnoosi on ollut jo pitkään kiireellinen tarve.Tri Justin East Anglian yliopistosta ja hänen kumppaninsa kehittivät menestyksekkäästi nanoporepohjaisen metagenomisen menetelmän patogeenien havaitsemiseen.Heidän työnkulkunsa mukaan 99,99 % isäntä-DNA:sta voidaan tyhjentää.Patogeenien ja antibioottiresistenttien geenien havaitseminen voidaan suorittaa 6 tunnissa.

    Viite
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. ja O'Grady, J..(2019).Nanopore-metagenomiikka mahdollistaa alempien hengitysteiden bakteeri-infektion nopean kliinisen diagnoosin.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    saada tarjous

    Kirjoita viestisi tähän ja lähetä se meille

    Lähetä viestisi meille: