Metagenominen sekvensointi-nanopore
Palvelun edut
ØLaadukas kokoonpano – Lajien tunnistamisen ja funktionaalisten geenien ennustamisen tarkkuus
ØSuljetun bakteerigenomin eristäminen
ØTehokkaampi ja luotettavampi sovellus monilla aloilla, esim. patogeenisten mikro-organismien tai antibioottiresistenssiin liittyvien geenien havaitsemiseen
ØVertaileva metagenomianalyysi
Palvelun tiedot
| JaksotusAlusta | Kirjasto | Suositeltu tiedon tuotto | Arvioitu läpimenoaika |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K tunnisteet | 30 päivää |
Bioinformatiikan analyysit
üRaakatietojen laadunvalvonta
üMetagenomikokoonpano
üEi-redundantti geenisarja ja annotaatio
üLajien monimuotoisuusanalyysi
üGeneettisen toiminnan monimuotoisuusanalyysi
üRyhmien välinen analyysi
üAssosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan
Näytevaatimukset ja toimitus
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
vartenDNA-uutteet:
| Näytteen tyyppi | Määrä | Keskittyminen | Puhtaus |
| DNA-uutteet | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Ympäristönäytteet:
| Näytetyyppi | Suositeltu näytteenottomenettely |
| Maaperä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten. |
| Ulosteet | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten. |
| Suoliston sisältö | Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin. |
| Lietettä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten |
| Vesistö | Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa. |
| Iho | Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen. |
Suositeltu näytetoimitus
Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1.Lämpökartta: Lajirikkauden klusterointi
2. Funktionaaliset geenit, jotka on merkitty KEGG:n aineenvaihduntareitteihin
3. Lajien korrelaatioverkosto
4. CARD-antibioottiresistenssigeenien sirkoset
BMK kotelo
Nanopore-metagenomiikka mahdollistaa alempien hengitysteiden bakteeri-infektion nopean kliinisen diagnoosin
Julkaistu:Luonnon biotekniikka, 2019
Tekniset kohokohdat
Sekvensointi: Nanopore MinION
Kliininen metagenomiikka bioinformatiikka: isäntä-DNA:n ehtyminen, WIMP- ja ARMA-analyysi
Nopea tunnistus: 6 tuntia
Korkea herkkyys: 96,6 %
Tärkeimmät tulokset
Vuonna 2006 alempien hengitysteiden infektio (LR) aiheutti 3 miljoonan ihmisen kuoleman maailmanlaajuisesti.Tyypillinen menetelmä LR1-patogeenin havaitsemiseen on viljely, jonka herkkyys on heikko, läpimenoaika on pitkä ja jota ei ole ohjattu varhaisessa antibioottihoidossa.Nopea ja tarkka mikrobidiagnoosi on ollut jo pitkään kiireellinen tarve.Tri Justin East Anglian yliopistosta ja hänen kumppaninsa kehittivät menestyksekkäästi nanoporepohjaisen metagenomisen menetelmän patogeenien havaitsemiseen.Heidän työnkulkunsa mukaan 99,99 % isäntä-DNA:sta voidaan tyhjentää.Patogeenien ja antibioottiresistenttien geenien havaitseminen voidaan suorittaa 6 tunnissa.
Viite
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. ja O'Grady, J..(2019).Nanopore-metagenomiikka mahdollistaa alempien hengitysteiden bakteeri-infektion nopean kliinisen diagnoosin.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
