-
Genomin laajuinen assosiaatioanalyysi
Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS) pyrkii tunnistamaan geneettisiä variantteja (genotyyppi), jotka liittyvät tiettyihin piirteisiin (fenotyyppi).GWAS-tutkimus tutkii geneettisiä markkereita ylittävät suuren määrän yksilöitä koko genomin ja ennustaa genotyyppi-fenotyyppi-assosiaatioita tilastollisen analyysin avulla populaatiotasolla.Sitä on käytetty laajalti ihmisten sairauksien tutkimuksessa ja funktionaalisten geenien louhinnassa eläinten tai kasvien monimutkaisissa piirteissä.
-
Yksiytiminen RNA-sekvensointi
Edistys yksittäisen solun sieppaamisessa ja yksittäisen kirjaston rakennustekniikassa yhdistettynä korkean suorituskyvyn sekvensointiin mahdollistaa geenien ilmentymisen tutkimukset solukohtaisesti.Se mahdollistaa syvemmän ja täydellisen järjestelmäanalyysin monimutkaisista solupopulaatioista, joissa se suurelta osin välttää niiden heterogeenisyyden peittämisen ottamalla kaikkien solujen keskiarvon.
Jotkut solut eivät kuitenkaan sovellu valmistettavaksi yksisolususpensioksi, joten tarvitaan muita näytteenvalmistusmenetelmiä – kudosten ytimen uuttaminen eli tuma uutetaan suoraan kudoksesta tai solusta ja valmistetaan yksitumainen suspensio yksitumaiseksi suspensioksi. solujen sekvensointi.
BMK tarjoaa 10× Genomics ChromiumTM -pohjaisen yksisoluisen RNA-sekvensointipalvelun.Tätä palvelua on käytetty laajasti tutkimuksissa sairauksiin liittyvistä tutkimuksista, kuten immuunisolujen erilaistumisesta, kasvaimen heterogeenisyydestä, kudosten kehityksestä jne.
Spatiaalinen transkriptomisiru: 10× Genomics
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Kasvin/eläimen koko genomin sekvensointi
Koko genomin uudelleensekvensointi, joka tunnetaan myös nimellä WGS, mahdollistaa sekä yleisten että harvinaisten mutaatioiden paljastamisen koko genomissa, mukaan lukien yhden nukleotidin polymorfismi (SNP), lisäysdeleetion (InDel), rakennemuunnelman (SV) ja kopionumeron vaihtelun (CNV) ).SV:t muodostavat suuremman osan variaatiopohjasta kuin SNP:t ja niillä on suurempi vaikutus genomiin, jolla on merkittävä vaikutus eläviin organismeihin.Pitkään luettu uudelleensekvensointi mahdollistaa suurten fragmenttien ja monimutkaisten muunnelmien tarkemman tunnistamisen, koska pitkät lukemat tekevät kromosomien risteyttämisestä paljon helpompaa monimutkaisten alueiden, kuten tandemtoistojen, GC/AT-rikkaiden alueiden ja hypervariaabelien alueiden yli.
Alusta: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Solujen tilaorganisaatiolla on elintärkeä rooli erilaisissa biologisissa prosesseissa, kuten immuuni-infiltraatiossa, alkionkehityksessä jne. Spatiaalinen transkripti-sekvensointi, joka osoittaa geeniekspression profiloitumisen säilyttäen samalla tiedot tila-asemasta, on antanut suuren näkemyksen transkriptitason kudosarkkitehtuurista.Teknologian kehittyessä ultrakirkasta kudosmorfologiaa ja spatiaalisen molekyyliekspression todellista rakenteellista eroa on tutkittava korkeammalla resoluutiolla.BMKGENE tarjoaa kattavan, yhden luukun spatiaalisen transkription sekvensointipalvelun näytteistä biologisiin oivalluksiin.
Spatiaalisen transkriptomiikan teknologiat antoivat uusia näkökulmia monimuotoiseen tutkimusareenaan, kun geenin ilmentymisprofiili selvitettiin heterogeenisten näytteiden tilasisällöllä.
Spatiaalinen transkriptiosiru: BMKMANU S1000
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression on valtavirran spatiaalinen transkriptoimisekvensointitekniikka kudosten luokitteluun kokonais-mRNA:n perusteella.Kartoita koko transkripti morfologisella kontekstilla löytääksesi uusia oivalluksia normaalista kehityksestä, sairauden patologiasta ja kliinisestä translaatiotutkimuksesta.BMKGENE tarjoaa kattavan, yhden luukun spatiaalisen transkription sekvensointipalvelun näytteistä biologisiin oivalluksiin.
Spatiaaliset transkriptomiikkatekniikat antoivat uusia näkökulmia monimuotoiseen tutkimusareenaan ratkaisemalla geeniekspressioprofiilin tilasisällöllä heterogeenisissa näytteissä.
Spatiaalinen transkriptiosiru: 10x Genomics Visium
Alusta:Illumina NovaSeq -alusta
-
Täyspitkä mRNA-sekvensointi-nanopore
RNA-sekvensointi on ollut korvaamaton työkalu kattavaan transkriptianalyysiin.Epäilemättä perinteinen lyhyen lukujakson sekvensointi saavutti täällä monia tärkeitä edistysaskeleita.Siitä huolimatta se kohtaa usein rajoituksia täyspitkien isoformien tunnistamisessa, kvantifioinnissa ja PCR-harhassa.
Nanopore-sekvensointi erottuu muista sekvensointialustoista siinä, että nukleotidit luetaan suoraan ilman DNA-synteesiä ja saadaan aikaan pitkä luku kymmenillä kiloemäksillä.Tämä mahdollistaa suoran lukemisen täyspitkien transkriptien ristiin ja isoformitason tutkimusten haasteisiin vastaamiseen.
Alusta：Nanopore PromethION
Kirjasto:cDNA-PCR
-
Täyspitkä mRNA-sekvensointi - PacBio
De novotäyspitkä transkriptiosekvenssi, joka tunnetaan myös nimelläDe novoIso-Seq hyödyntää PacBio-sekvensserin edut lukupituudessa, mikä mahdollistaa täyspitkien cDNA-molekyylien sekvensoinnin ilman katkoja.Tämä välttää täysin transkription kokoonpanovaiheissa syntyvät virheet ja muodostaa unigeeniset joukot isoformitason resoluutiolla.Nämä unigeeniset sarjat tarjoavat voimakasta geneettistä informaatiota "viitegenomina" transkriptitason tasolla.Lisäksi yhdistettynä seuraavan sukupolven sekvensointitietoihin tämä palvelu mahdollistaa isoformitason ilmaisun tarkan kvantifioinnin.
Alusta: PacBio Sequel IIKirjasto: SMRT-kellokirjasto -
Eukaryoottinen mRNA-sekvensointi-Illumina
mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien soluista transkriptoitujen mRNA:iden profiloinnin tietyissä olosuhteissa.Se on tehokas tekniikka geenien ilmentymisprofiilin, geenirakenteiden ja tiettyjen biologisten prosessien molekyylimekanismien paljastamiseen.Tähän mennessä mRNA-sekvensointia on käytetty laajasti perustutkimuksessa, kliinisessä diagnostiikassa, lääkekehityksessä jne.
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Ei-referenssipohjainen mRNA-sekvensointi-Illumina
mRNA-sekvensointi ottaa käyttöön seuraavan sukupolven sekvensointitekniikan (NGS) lähetti-RNA:n (mRNA) kaappaamiseksi eukaryootista tiettynä ajanjaksona, jolloin jotkin erityistoiminnot aktivoivat.Pisin silmukoitu transkriptio oli nimeltään "Unigene" ja sitä käytettiin vertailusekvenssinä myöhempään analyysiin, joka on tehokas tapa tutkia lajin molekyylimekanismia ja säätelyverkostoa ilman viittausta.
Transkriptiotietojen kokoamisen ja unigeenisen toiminnallisen huomautuksen jälkeen
(1) SSR-analyysi, CDS-ennuste ja geenirakenne tehdään etukäteen.
(2) Jokaisen näytteen unigeeniekspression kvantifiointi suoritetaan.
(3) Erilaisesti ilmentyvät unigeenit näytteiden (tai ryhmien) välillä löydetään unigeeniekspression perusteella
(4) Erilaisesti ilmentyneiden unigeenien klusterointi, toiminnallinen annotaatio ja rikastusanalyysi suoritetaan
-
Pitkä koodaamaton sekvensointi-Illumina
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) ovat yli 200 nt:n pituisia RNA-molekyylejä, joille on ominaista erittäin alhainen koodauspotentiaali.LncRNA:ta, joka on avainjäsen ei-koodaavissa RNA:issa, löytyy pääasiassa ytimestä ja plasmasta.Sekvensointitekniikan ja bioinformtiikan kehitys mahdollistaa lukuisten uusien lncRNA:iden tunnistamisen ja niiden yhdistämisen biologisiin toimintoihin.Kertyvät todisteet viittaavat siihen, että lncRNA osallistuu laajalti epigeneettiseen säätelyyn, transkription säätelyyn ja transkription jälkeiseen säätelyyn.
-
Pieni RNA-sekvensointi - Illumina
Pieni RNA viittaa luokkaan ei-koodaavia RNA-molekyylejä, jotka ovat yleensä pituudeltaan alle 200 nt, mukaan lukien mikro-RNA (miRNA), pieni interferenssi-RNA (siRNA) ja piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) on endogeenisen pienen RNA:n luokka, jonka pituus on noin 20-24 nt ja jolla on useita tärkeitä säätelyrooleja soluissa.miRNA osallistuu moniin elämänprosesseihin, jotka paljastavat kudosspesifisen ja vaihespesifisen ilmentymisen ja ovat erittäin konservoituneita eri lajeissa.
-
sircRNA-sekvensointi - Illumina
CircRNA:t (Circular RNA:t) ovat yksi luokka ei-koodaavia RNA-molekyylejä, joista puuttuu 5'-pään kansi ja 3'-pään poly(A)-häntä.CircRNA:t muodostavat pyöreän rakenteen kovalenttisella sidoksella, joka on RNA-eksonukleaasidigestiota vastaan.circRNA:lla on tärkeä rooli organismien kasvussa ja kehityksessä sekä niiden vastustuskyvyssä ulkoista ympäristöä vastaan.
CircRNA:lla on monia toimintoja, jotka voivat sitoa kilpailevasti miRNA:ta, harjoittaa ceRNA:n säätelytoimintoa geenin ilmentymisen säätelemiseksi.Viime vuosina on myös havaittu, että se liittyy läheisesti sairauksien esiintymiseen ja kehittymiseen, ja sillä on suuret sovellusmahdollisuudet sairauden diagnoosimarkkerien ja niin edelleen suunnassa.
