Kasvin/eläimen koko genomin sekvensointi
Palvelun ominaisuudet
De novo
Tämä tekniikka on erityisen hyödyllinen haastavien genomien, kuten sellaisten, joilla on korkea heterotsygoottisuusaste, toistuvat alueet, polypoloidigenomit, epänormaali CG-pitoisuus jne., kanssa.
Kokonaisvaltainen ratkaisumme tarjoaa integroituja sekvensointipalveluita ja bioinformaattista analyysiä, jotka tuottavat korkealaatuisen de novo -kootun genomin. Alustava genomikartoitus Illuminan kanssa antaa arvioita genomin koosta ja monimutkaisuudesta, ja näitä tietoja käytetään ohjaamaan seuraavaa vaihetta, pitkäkestoista sekvensointia PacBio HiFi -ohjelmistolla, jota seuraade novokontigien kokoaminen. HiC-kokoonpanon myöhempi käyttö mahdollistaa kontigien ankkuroimisen genomiin, jolloin saadaan kromosomitason kokoonpano. Lopuksi genomi annotoidaan geeniennustuksen ja ilmentyneiden geenien sekvensoinnin avulla, jolloin käytetään transkriptomeja, joilla on lyhyitä ja pitkiä lukuja.
-- Useiden sekvensointi- ja bioinformatiikkapalveluiden integrointi yhden luukun ratkaisuunRakennusromaanille sopiva palvelu
-- genomit tai olemassa olevien referenssigenomien parantaminen kiinnostuksen kohteena oleville lajeille.
Uudelleensekvensointi
-- Kirjaston valmistelu voi olla tavallista tai PCR-vapaata
-- Saatavilla neljällä sekvensointialustalla: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 tai PacBio Revio.
-- Bioinformatiikan analyysi, joka keskittyi varianttien kutsumiseen: SNP, InDel, SV ja CNV
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemus ja julkaisuhistoria: Silläde novoPalveluidemme avulla olemme keränneet valtavasti kokemusta monimuotoisten lajien, mukaan lukien diploidisten genomien ja polyploidisten ja allopolyploidisten lajien erittäin monimutkaisten genomien, korkealaatuisesta genomien kokoamisesta. Vuodesta 2018 lähtien olemme osallistuneet yli 300 vaikuttavaan julkaisuun, joista yli 20 on julkaistu Nature Genetics -lehdessä. Genomin uudelleensekvensoinnissa keräsimme yli 1000 lajia, mikä johti yli 1000 julkaistuun tapaukseen, joiden kumulatiivinen vaikuttavuuskerroin on yli 5000.
●Yhden luukun ratkaisuPäälläde novoSekvensoinnissa integroitu lähestymistapamme yhdistää useita sekvensointitekniikoita ja bioinformaattisia analyysejä yhtenäiseksi työnkuluksi, joka tuottaa korkealaatuisen kootun genomin.
●Räätälöity tarpeisiisiPalvelumme työnkulku on muokattavissa, mikä mahdollistaa mukautumisen erilaisille genomeille ja erityisille tutkimustarpeille.
●Korkeasti koulutettu bioinformatiikan ja laboratoriotiimiOnko se tarkoitettude novoOlipa kyseessä sitten sekvensointi tai uudelleensekvensointi, tiimillämme on käytössään taitavat työkalut ja osaaminen projektin onnistumisen takaamiseksi. Tämän vahvistaa heidän kehittämänsä patentti- ja ohjelmistotekijänoikeussarja.
● Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
●Kattava bioinformatiikan analyysiSisältää variaatiokutsuja ja funktioiden annotointeja.
●Kattava sekvensoinnin annotaatioKäytämme useita tietokantoja tunnistettujen variaatioiden sisältävien geenien toiminnalliseen annotointiin ja vastaavan rikastusanalyysin suorittamiseen, mikä tarjoaa tietoa tutkimusprojekteistasi.
Palvelun tekniset tiedot
| Tunnistettavat variantit | Sekvensointistrategia | Suositeltu syvyys |
| SNP ja InDel | Illumina NovaSeq PE150 tai MGI T7 | 10 kertaa |
| SV ja CNV (vähemmän tarkkoja) | 30 kertaa | |
| SV ja CNV (tarkempi) | Nanopore Prom P48 | 20 kertaa |
| SNP:t, indelit, SV ja CNV | PacBio Revio | 10 kertaa |
Näytteen vaatimukset
| Kudos- tai uutetut nukleiinihapot | Illumina/MGI | Nanopore (8 kb:n kirjasto) | PacBio (15 kt:n kirjasto)
| ||
| Eläinten sisäelimet | ≥ 0,2 g | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ||
| Eläinten lihas | |||||
| Nisäkkään veri | ≥ 0,3 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 1 ml
| ||
| Siipikarjan/kalan veri | ≥ 0,05 ml | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,1 ml
| ||
| Kasvi - Tuore lehti | ≥ 0,5 g | ≥ 1 g
| ≥ 2 g
| ||
| Viljellyt solut | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| Hyönteisten pehmytkudos/yksilö | ≥ 0,2 g | ≥ 0,3 g
| ≥ 1 g
| ||
| Vesieliö - Lihaskudos | ≥ 0,3 g | ≥ 1 g | ≥ 1,5 g | ||
| Vesieliö - Levät | ≥ 0,5 g | ≥ 1,5 g | ≥ 3 g | ||
| Uutettu DNA
| Pitoisuus: ≥ 1 ng/µl Määrä: ≥ 30 ng Rajoitettu tai ei lainkaan hajoamista tai kontaminaatiota
| Keskittyminen Määrä
OD260/280
OD260/230
Rajoitettu tai ei lainkaan hajoamista tai kontaminaatiota
| ≥ 40 ng/µl 2 µg/virtauskammio/näyte
1,7–2,2
1,5–3,0 | Keskittyminen Määrä
OD260/280
OD260/230
Rajoitettu tai ei lainkaan hajoamista tai kontaminaatiota | ≥ 50 ng/µl 8 µg/virtauskammio/näyte
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| PCR-vapaa kirjaston valmistelu: Pitoisuus ≥ 40 ng/µl Määrä ≥ 500 ng | |||||
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
DNA:n eristäminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Tiedon toimitus
De novobioinformatiikan prosessi
Jos haluat nähdä yleiskatsauksen erilaisista kokoonpanoputkistoistamme:
Täydellinen bioinformaattinen analyysi, jaettuna neljään vaiheeseen:
1. Genomitutkimus, joka perustuu k-mer-analyysiin NGS-lukemilla.Se antaa meille tietoa seuraavista asioista:
- Genomin koon arviointi
- Heterotsygoottisuuden arviointi
- Toistuvien alueiden arviointi
2. Genomin kokoaminen PacBio HiFin avulla.Pitkien lukujen käyttäminen antaa meille:
- De novokokoonpano
- Kokoonpanon arviointi: mukaan lukien BUSCO-analyysi genomin täydellisyyden selvittämiseksi ja NGS- ja PacBio HiFi -lukujen kartoitus
3. Hi-C-kokoonpano.Kun kokoonpano on valmis, genomin 3D-rakenteesta saatu tieto syventää tietämystämme ja rikastuttaa rakentamaamme referenssigenomia.
- Hi-C-kirjaston laadunvalvonta validien Hi-C-vuorovaikutusten arvioimiseksi.
- Hi-C-kokoonpano. Ryhmittelemme kontigit ryhmiin, minkä jälkeen järjestämme kontigit ryhmien sisällä ja määritämme kontigien suunnan.
- Hi-C-arviointi
4. Genomin annotaatio:
- Ei-koodaava RNA-ennuste
- Toistuvien sekvenssien tunnistaminen (transposonit ja tandemtoistot)
- Geenien ennustaminen
- De novoab initio -algoritmit
- Homologiaan perustuen
- Transkriptomiin perustuen, pitkillä ja lyhyillä lukutavoilla: lukutavat ovatde novokoottu tai kartoitettu luonnosgenomiin
- Ennustettujen geenien merkitseminen useilla tietokannoilla
Uudelleensekvensointibioinformatiikan prosessi
Sisältää seuraavan analyysin:
- Raakadatan laadunvalvonta
- Vertailugenomiin kohdistumisen tilastot
- Varianttien tunnistus: SNP, InDel, SV ja CNV
- Varianttien toiminnallinen merkintä
Vertailugenomiin kohdistumisen tilastotiedot – sekvensointisyvyysjakauma
SNP-kutsu useiden näytteiden joukossa
InDel-tunnistus – InDel-pituuden tilastotiedot CDS-alueella ja koko genomin alueella
Varianttien jakauma genomissa – Circos-kuvaaja
Geenien toiminnallinen annotointi tunnistetuilla varianteilla – Gene Ontology
Chai, Q. ym. (2023) 'Glutationi-S-transferaasi GhTT19 määrittää kukan terälehtien pigmentaatiota säätelemällä antosyaanien kertymistä puuvillaan',Kasvibiotekniikan lehti, 21(2), s. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. ym. (2023) 'Kromosomitason villin Hevea brasiliensis -genomi tarjoaa uusia työkaluja genomiavusteiseen jalostukseen ja arvokkaita lokuksia kumin sadon lisäämiseksi',Kasvibiotekniikan lehti, 21(5), sivut 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. ym. (2021) "Genomin sekvenssit paljastavat globaaleja leviämisreittejä ja viittaavat konvergentteihin geneettisiin sopeutumiin merihevosten evoluutiossa",Luontoviestintä, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. ym. (2023) "Laajamittainen kromosomimuutos johtaa genomitason ilmentymismuutoksiin, ympäristöön sopeutumiseen ja lajiutumiseen gayal-antilooppilaaksossa (Bos frontalis)",Molekyylibiologia ja evoluutio, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. ym. (2023) 'Merkittävästi kuivuutta kestävän maissin sukusolukon genomin kokoaminen ja geneettinen dissektio',Luonnon genetiikka 202355:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. ym. (2023) 'Tropaanialkaloidibiosynteesin evoluution paljastaminen analysoimalla kahta genomia Solanaceae-heimossa',Luontoviestintä2023 14:1, 14(1), sivut 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. ym. (2022) "Kiinalaisten alkuperäiskansojen kanojen genomin ja metylaation muutosten analyysi ajan kuluessa antaa tietoa lajien suojelusta",Viestintäbiologia, 5(1), sivut 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Haastavat tapaustutkimukset:
Telomeereiden välinen kokoonpano:Fu, A. ym. (2023) 'Karvasmelonin (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomeeri-telomeeri-genomin kokoaminen paljastaa hedelmän kehityksen, koostumuksen ja kypsymisen geneettiset ominaisuudet',Puutarhatutkimus, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotyypin kokoonpano:Hu, W. ym. (2021) 'Alleelien määrittämä genomi paljastaa kaksialleelisen erilaistumisen maniokin evoluution aikana',Molekyylitehdas, 14(6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Jättiläisgenomin kokoonpano:Yuan, J. ym. (2022) 'Puupioni Paeonia ostii -lajin gigakromosomien ja gigagenomin genominen perusta',Luontoviestintä2022 13:1, 13(1), sivut 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploidin genomin kokoonpano:Zhang, Q. ym. (2022) 'Genomisia näkemyksiä autopolyploidisen sokeriruokolajikkeen Saccharum spontaneum viimeaikaisesta kromosomien vähenemisestä',Luonnon genetiikka 202254:6, 54(6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
