Kasvin/eläimen koko genomin sekvensointi
Palvelun ominaisuudet
● Kirjaston valmistelu voi olla tavallista tai PCR-vapaata
● Saatavana neljällä sekvensointialustalla: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 tai PacBio Revio.
● Bioinformaattinen analyysi, joka keskittyi muunnelmien havaitsemiseen: SNP, InDel, SV ja CNV
Palvelun edut
●Laajat asiantuntija- ja julkaisutiedot: Kertynyt kokemus genomin sekvensoinnista yli 1000 lajille on johtanut yli 1000 julkaistuun tapaukseen, joiden kumulatiivinen vaikutuskerroin on yli 5000.
●Kattava bioinformatiikka-analyysi: Sisältää muunnelmien kutsun ja funktion huomautuksen.
● Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
●Kattava huomautus: Käytämme useita tietokantoja funktionaalisesti merkitsemään geenit tunnistetuilla muunnelmilla ja suorittamaan vastaavan rikastusanalyysin, joka tarjoaa näkemyksiä useista tutkimusprojekteista.
Palvelun tiedot
| Vaihtoehdot tunnistettava | Sekvensointistrategia | Suositeltu syvyys |
| SNP ja InDel | Illumina NovaSeq PE150 tai MGI T7 | 10x |
| SV ja CNV (vähemmän tarkkoja) | 30x | |
| SV ja CNV (tarkempi) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP:t, Indelit, SV ja CNV | PacBio Revio | 10x |
Esimerkkivaatimukset
| Kudos tai uutetut nukleiinihapot | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Eläimen sisäelimet | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Eläimen lihas | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Nisäkkään veri | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Siipikarjan/kalan veri | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Kasvi - tuore lehti | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Viljellyt solut |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Hyönteisten pehmytkudos/yksilö | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Uutettu DNA
| Pitoisuus: ≥ 1 ng/µL Määrä: ≥ 30 ng Hajoamista tai kontaminaatiota rajoitetusti tai ei ollenkaan
| Keskittyminen Määrä
OD260/280
OD260/230
Hajoamista tai kontaminaatiota rajoitetusti tai ei ollenkaan
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/virtauskenno/näyte
1,7-2,2
≥1,5 | Keskittyminen Määrä
OD260/280
OD260/230
Hajoamista tai kontaminaatiota rajoitetusti tai ei ollenkaan | ≥ 50 ng/µL 10 µg/virtauskenno/näyte
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-vapaa kirjaston valmistelu: Pitoisuus ≥ 40 ng/µL Määrä ≥ 500 ng | |||||
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
DNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Tietojen toimitus
Sisältää seuraavan analyysin:
- Raakatietojen laadunvalvonta
- Referenssigenomiin kohdistuvat tilastot
- Variantin tunniste: SNP, InDel, SV ja CNV
- Muunnelmien toiminnallinen huomautus
Referenssigenomiin kohdistuvat tilastot – sekvensoinnin syvyysjakauma
SNP-kutsu useiden näytteiden joukossa
InDel-tunnistus – tilastot InDel-pituudesta CDS-alueella ja genominlaajuisella alueella
Varianttien jakautuminen genomissa – Circos-kaavio
Geenien toiminnallinen merkintä tunnistetuilla varianteilla – geeniontologia
Chai, Q. et ai. (2023) "Glutationi-S-transferaasi GhTT19 määrittää terälehtien pigmentaation säätelemällä antosyaanien kertymistä puuvillassa", Plant Biotechnology Journal, 21(2), s. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et ai. (2023) "Kromosomitason villi Hevea brasiliensis -genomi tarjoaa uusia työkaluja genomiavusteiseen jalostukseen ja arvokkaita lokuksia kumisadon lisäämiseksi", Plant Biotechnology Journal, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et ai. (2021) "Suistoosterin genomi tarjoaa näkemyksiä ilmastovaikutuksista ja mukautuvasta plastisuudesta", Communications Biology 2021 4:1, 4(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et ai. (2022) "Kiinan alkuperäiskansojen genomi- ja metylaatiomuutosten analyysi ajan mittaan antaa käsityksen lajien suojelusta", Communications Biology, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
