Pitkä koodaamaton sekvensointi - Illumina
Palvelun edut
●mRNA:n ja lncRNA:n yhteinen analyysiYhdistämällä mRNA-transkriptien kvantifioinnin lncRNA:n ja niiden kohteiden tutkimukseen on mahdollista saada syvällinen yleiskuva soluvasteen taustalla olevasta säätelymekanismista.
●Laaja asiantuntemusOlemme käsitelleet yli 230 000 näytettä, jotka kattavat erilaisia näyte- ja projektitavoitteita. Tuomme laajan asiantuntemuksen jokaiseen projektiin.
●mRNA:n ja lncRNA:n yhteinen analyysiYhdistämme mRNA-transkriptien kvantifioinnin lncRNA:n ja niiden kohteiden tutkimukseen, minkä ansiosta voimme saada syvällisen yleiskuvan soluvasteen taustalla olevasta säätelymekanismista.
●Tiukka laadunvalvontaToteutamme keskeisiä valvontapisteitä kaikissa vaiheissa näytteen valmistelusta kirjaston valmisteluun, sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Huolellinen valvontamme varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattava merkintäKäytämme useita tietokantoja differentiaalisesti ilmentyvien geenien (DEG) toiminnalliseen annotointiin ja vastaavien rikastusanalyysien suorittamiseen. Tämä kattava lähestymistapa tarjoaa tietoa transkriptomivasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista varmistaen, että saat kaikki mahdolliset tiedot kokeesi tiedoista.
●Myynnin jälkeinen tukiYmmärrämme läsnäolon tärkeyden, ja siksi sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastausosioita, joissa vastataan tuloksiin liittyviin kysymyksiin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Tietojen laadunvalvonta |
| rRNA:ta tyhjentänyt suuntakirjasto | Illumina PE150 | 10–16 Gt | Q30≥85% |
Nukleotidit:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri:2 putkea
● Solut: 106 solut
● Seerumi ja plasma6 ml
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
- Raakadata
- Tietojen laadunvalvonta
- Genomin linjaus
- Geenirakenne (vaihtoehtoinen silmukointi, geenirakenteen optimointi ja uusien geenien ennustaminen)
- Geenien ilmentymisen kvantifiointi
- Differentiaalisen ilmentymisen analyysi
- DEG-annotaatio ja rikastus + Differentiaalisesti ilmennetyt lncRNA-kohdegeenit
- Transkriptiotunnistus
- lncRNA:n tunnistaminen (lncRNA:n säilyminen ja tunnettu lncRNA)
- lncRNA-kohdegeenien ennustaminen
- lncRNA-ilmentymisen kvantifiointi
- Yhdistetty analyysi mRNA-datan kanssa
Differentiaalisen geeniekspression (DEG) analyysi
lncRNA-ilmentymisen kvantifiointi – klusterointi
lncRNA-kohdegeenien rikastaminen
mRNA:n ja lncRNA:n yhteissijaintianalyysi – Circos-kuvaaja (keskimmäinen ympyrä on mRNA ja sisempi ympyrä on lncRNA)
Tutustu BMKGenen lncRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Ji, H. ym. (2020) 'Kylmästressiin liittyvien lncRNA:iden tunnistaminen, toiminnallinen ennustaminen ja keskeisen lncRNA:n varmennus rotan maksassa',Tieteelliset raportit2020 10:1, 10(1), sivut 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. ym. (2021) "Integratiivinen transkriptoominen analyysi paljastaa CyHV-3-resistentin karppikannan immuunimekanismin",Immunologian rajaseudut, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ ym. (2022) 'Kilpailevien endogeenisten RNA-säätelyverkostojen multi-omiikkaintegraatioon perustuva priorisointi pienisoluisessa keuhkosyövässä: molekyyliominaisuudet ja lääkeainekandidaatit',Onkologian rajaseudut, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. ym. (2020) 'Populuksen fotosynteesin taustalla olevan geenien koekspressioverkoston geneettinen analysointi',Kasvibiotekniikan lehti, 18(4), sivut 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. ym. (2022) 'Globaali säätelyverkosto immuunisolujen säätelemättömälle geenien ilmentymiselle ja epänormaalille aineenvaihduntasignaloinnille Gravesin taudin ja Hashimoton tyreoidiittia sairastavien mikroympäristössä',Immunologian rajaseudut, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
