Pitkä koodaamaton sekvensointi-Illumina
Palvelun edut
●mRNA:n ja lncRNA:n yhteinen analyysi: yhdistämällä mRNA-transkriptien kvantifiointi lncRNA:n ja niiden kohteiden tutkimukseen, on mahdollista saada syvällinen yleiskuva soluvasteen taustalla olevasta säätelymekanismista.
●Laaja asiantuntemus: Tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin, ja sillä on kokemusta yli 23 000 näytteen käsittelystä BMK:ssa erilaisiin näytetyyppeihin ja lncRNA-projekteihin.
●Tiukka laadunvalvonta: Toteutamme ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Data QC |
| rRNA-tyhjentynyt suuntakirjasto | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidit:
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suoli: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri:2 putkea
● Solut: 106 soluja
● Seerumi ja plasma: 6 ml
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
Differentiaalisen geeniekspression (DEG) analyysi
LncRNA:n ilmentymisen kvantifiointi – klusterointi
LncRNA-kohdegeenien rikastaminen
Yhteinen mRNA- ja lncRNA-asemaanalyysi – Circos-kaavio (keskiympyrä on mRNA:ta ja sisäinen cicrlce on lncRNA)
Tutustu BMKGenen lncRNA-ekvensointipalvelujen tuomiin edistyksiin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Ji, H. et ai. (2020) "Kylmästressiin liittyvien lncRNA:iden tunnistaminen, toiminnallinen ennustaminen ja keskeisen lncRNA-verifiointi rottien maksassa", Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et ai. (2021) "Integrative Transcriptomic Analysis paljastaa CyHV-3-resistentin yhteisen karppikannan immuunimekanismin", Frontiers in Immunology, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et ai. (2022) "Multi-Omics Integration-Based Priorisation of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates", Frontiers in Oncology, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et ai. (2020) "Populuksen fotosynteesin taustalla olevan geenin yhteisilmentymisverkoston geneettinen dissektio", Plant Biotechnology Journal, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et ai. (2022) 'Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression and Ebanormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of Graves's Disease and Hashimoto's Thyroiditis', Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
