Pienen RNA:n sekvensointi - Illumina
Ominaisuudet
● Kokovalintakirjaston valmistelu.
● Bioinformatiikan analyysi, joka keskittyy miRNA-ennusteisiin ja -kohteisiin.
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemusOlemme käsitelleet yli 300 näytettä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä. Tuomme laajan asiantuntemuksen jokaiseen projektiin.
●Tiukka laadunvalvontaToteutamme keskeisiä valvontapisteitä kaikissa vaiheissa näytteen valmistelusta kirjaston valmisteluun, sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Huolellinen valvontamme varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
●Kattava bioinformatiikan analyysi:Se mahdollistaa sekä tunnettujen että uusien miRNA:iden tunnistamisen, miRNA-kohteiden tunnistamisen ja vastaavan toiminnallisen annotoinnin ja rikastamisen useiden tietokantojen (KEGG, GO) avulla.
●Myynnin jälkeinen tukiYmmärrämme läsnäolon tärkeyden, ja siksi sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastausosioita, joissa vastataan tuloksiin liittyviin kysymyksiin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Tietojen laadunvalvonta |
| Koko valittu | Illumina SE50 | 10–20 miljoonaa lukukertaa | Q30≥85% |
Näytevaatimukset:
Nukleotidit:
| Pitoisuus (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Geelissä näkyy rajoitetusti tai ei lainkaan proteiini- tai DNA-kontaminaatiota. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeutta |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmä: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri2 putkea
● Solut: 106 solut
● Seerumi ja plasma:6 ml
Suositeltu näytteen toimitus
Pakkaus: 2 ml:n sentrifugiputki (foliota ei suositella)
Näytteen merkintä: Ryhmittely + replikaatti, esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNAstable-putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja kuljettaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
RNA-uutto
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
● Raakadatan laadunvalvonta
● Pienten RNA:iden luokittelu
● miRNA:n ilmentyminen ja differentiaalisen ilmentymisen analyysi
● miRNA-kohdegeenin ja erilaisesti ilmentyvän miRNA-kohdegeenin annotaatio
● Kohdegeenin annotointi ja miRNA-geenien erilaistuneen ilmentymisen rikastus
miRNA:n tunnistaminen: rakenne ja syvyys
miRNA:n erilainen ilmentyminen – hierarkkinen klusterointi
Erilaisisesti ilmentyneiden miRNA:iden kohteen toiminnallinen annotaatio
Tutustu BMKGenen sRNA-sekvensointipalveluiden mahdollistamiin tutkimuksen edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Chen, H. ym. (2023) 'Virusinfektiot estävät saponiinien biosynteesiä ja fotosynteesiä Panax notoginsengissä',Kasvien fysiologia ja biokemia, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. ym. (2023) "Kasvin FYVE-domeenia sisältävä FREE1-proteiini liittyy mikroprosessorikomponentteihin miRNA-biogeneesin tukahduttamiseksi",EMBO-raportit, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. ym. (2023) "MikroRNA Ame-Bantam-3p kontrolloi toukan kotelon kehitystä kohdistamalla useita epidermaalisen kasvutekijän kaltaisia domeeneja 8 -geeniin (megf8) mehiläisellä, Apis mellifera",Kansainvälinen molekyylitieteiden lehti, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. ym. (2018) "Lihan laatuun liittyvien MiRNA:n ja geenien integroitu analyysi paljastaa, että Gga-MiR-140-5p vaikuttaa kanojen lihaksensisäiseen rasvan kertymiseen",Solufysiologia ja biokemia, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
