Pieni RNA-sekvensointi - Illumina
ominaisuudet
● RNA:n koon valinta ennen kirjaston valmistusta
● Bioinformaattinen analyysi keskittyy miRNA:n ennustamiseen ja niiden kohteisiin
Palvelun edut
●Kattava bioinformatiikan analyysi:mahdollistaa sekä tunnettujen että uusien miRNA:iden tunnistamisen, miRNA-kohteiden tunnistamisen ja vastaavan toiminnallisen annotoinnin ja rikastamisen useilla tietokannoilla (KEGG, GO)
●Tiukka laadunvalvonta: toteutamme ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan.Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon.Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
●Laaja asiantuntemus: Tiimimme on onnistuneesti päättänyt useita sRNA-projekteja, jotka kattavat yli 100 lajia eri tutkimusaloilla, joten tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Alusta | Suositellut tiedot | Data QC |
| Koko valittu | Illumina SE50 | 10M-20M lukemia | Q30≥85 % |
Esimerkkivaatimukset:
Nukleotidit:
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suoli: 450 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luut, hiukset tai iho: 1,5 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 9 g
Äyriäiset: 450 mg
● Kokoveri: 2 putkea
● Solut: 106 soluja
● Seerumi ja plasma:6 ml
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö:
2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA:n stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
MiRNA:n tunnistus: rakenne ja syvyys
MiRNA:n differentiaalinen ilmentyminen – hiearkkinen klusterointi
Erilaisesti ilmentyneiden miRNA:iden kohteen toiminnallinen annotaatio
Tutustu BMKGenen sRNA-sekvensointipalveluiden edistämiin tutkimuksen edistykseen kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Chen, H. et ai.(2023) "Virusinfektiot estävät saponiinin biosynteesiä ja fotosynteesiä Panax notoginsengissä", Plant Physiology and Biochemistry, 203, s.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et ai.(2023) "Kasvin FYVE-domeenia sisältävä proteiini FREE1 liittyy mikroprosessorikomponentteihin tukahduttaakseen miRNA:n biogeneesiä", EMBO raportoi, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et ai.(2023) "MicroRNA Ame-Bantam-3p säätelee toukkien pupujen kehitystä kohdentamalla useita epidermaalisen kasvutekijän kaltaisia domeeneja 8-geeniin (megf8) mehiläisessä, Apis mellifera", International Journal of Molecular Sciences, 24(6), s. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et ai.(2018) "MiRNA:n ja lihan laatuun liittyvien geenien integroitu analyysi paljastaa, että Gga-MiR-140-5p vaikuttaa lihaksensisäiseen rasvan kertymiseen kanoissa", Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), s. 2421–2433.doi: 10.1159/000489649.
