条形banneri-03

Tuotteet

Metagenominen sekvensointi -NGS

图片62

Metagenomi on kokoelma organismien sekayhteisön, kuten ympäristön ja ihmisen metagenomien, geneettisen materiaalin kokonaismäärää. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja. Haulikkometagenominen sekvensointi NGS:llä mahdollistaa näiden monimutkaisten ympäristönäytteisiin upotetun genomisen maisemien tutkimisen tarjoamalla muutakin kuin taksonomisen profiloinnin, mikä antaa myös tarkkoja näkemyksiä lajien monimuotoisuudesta, runsausdynamiikasta ja monimutkaisista populaatiorakenteista. Taksonomisten tutkimusten lisäksi haulikon metagenomiikka tarjoaa myös toiminnallisen genomiikan näkökulman, mikä mahdollistaa koodattujen geenien ja niiden oletetun roolin tutkimisen ekologisissa prosesseissa. Lopuksi korrelaatioverkostojen luominen geneettisten elementtien ja ympäristötekijöiden välille edistää kokonaisvaltaista ymmärrystä mikrobiyhteisöjen ja niiden ekologisen taustan välisestä monimutkaisesta vuorovaikutuksesta. Yhteenvetona voidaan todeta, että metagenominen sekvensointi on keskeinen väline erilaisten mikrobiyhteisöjen genomisen monimutkaisuuden selvittämisessä, mikä valaisee genetiikan ja ekologian monitahoisia suhteita näissä monimutkaisissa ekosysteemeissä.

Alustat: Illumina NovaSeq ja DNBSEQ-T7


Palvelun tiedot

Bioinformatiikka

Demon tulokset

Suositellut julkaisut

Palvelun edut

Eristys- ja viljelyvapaa menetelmä mikrobiyhteisön profilointiin: Mahdollistaa viljelykelvottomien organismien geneettisen materiaalin sekvensoinnin.

Korkea resoluutio: Havaitse vähän esiintyviä lajeja ympäristönäytteistä.

Kattava bioinformatiikka-analyysi:Keskitytty taksonomiseen monimuotoisuuteen myös yhteisön toiminnalliseen monimuotoisuuteen.

Laaja kokemus:Meillä on kokemusta useiden metagenomiikkaprojektien menestyksekkäästä sulkemisesta eri tutkimusaloilla ja yli 200 000 näytteen käsittelyssä, joten tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.

Palvelun tiedot

Sekvensointialusta

Sekvensointistrategia

Tietoja suositellaan

Laadunvalvonta

Illumina NovaSeq tai DNBSEQ-T7

PE150

6-20 Gt

Q30≥85 %

Palveluvaatimukset

Pitoisuus (ng/µL)

Kokonaismäärä (ng)

Tilavuus (µL)

≥1

≥30

≥20

● Maaperä/liete: 2-3g
● Eläimen suoliston sisältö: 0,5-2g
● Suoliston sisältö-hyönteiset: 0,1-0,25g
● Kasvin pinta (rikastettu sedimentti): 0,5-1g
● Fermentointiliemellä rikastettu sedimentti): 0,2-0,5 g
● Ulosteet (suuret eläimet): 0,5-2g
● Ulosteet (hiiri): 3-5 jyvää
● Keuhkojen alveolaarinen huuhteluneste: suodatinpaperi
● Vanupuikko emättimestä: 5-6 vanupuikkoa
● Vanupuikko iholta/sukuelimistä/sylkiä/suun pehmytkudoksia/nielun vanupuikkoa/peräsuolen vanupuikkoa: 2-3 vanupuikkoa
● Pintamikrobi: 5-6 vanupuikkoa
● Vesi/ilma/biokalvo: suodatinpaperi
● Endofyytit: 2-3g
● Hammasplakki: 0,5-1g

Palvelun työnkulku

näytetoimitus

Näytteen toimitus

Kirjaston valmistelu

Kirjaston rakentaminen

Sekvensointi

Sekvensointi

Tietojen analysointi

Tietojen analysointi

Myynnin jälkeiset palvelut

Myynnin jälkeiset palvelut


  • Edellinen:
  • Seuraavaksi:

  • 流程图 贝贝第三版-01

    Sisältää seuraavan analyysin:

    ● Sekvensointitietojen laadunvalvonta

    ● Metagenomien kokoaminen ja geenien ennustaminen

    ● Geenimerkintä

    ● Taksonominen alfadiversiteettianalyysi

    ● Yhteisön toiminnallinen analyysi: biologinen toiminta, metabolinen, antibioottiresistenssi

    ● Analyysi sekä toiminnallisesta että taksonomisesta monimuotoisuudesta:

    Beta-diversiteettianalyysi

    Ryhmien välinen analyysi

    Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja ulkoilman koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä

    Toiminnallinen analyysi: CARD-antibioottiresistenssi

    图片63

    KEGG-aineenvaihduntareittien differentiaalianalyysi: merkittävien reittien lämpökartta

     

    图片64

     Taksonomisen jakauman alfadiversiteetti: ACE-indeksi

    图片65

     

    Taksonomisen jakauman beeta-diversiteetti: PCoA

    图片66

    Tutustu BMKGenen metagenomisekvensointipalveluiden edistämiin edistysaskeliin Illuminan kanssa kuratoidun julkaisukokoelman kautta.

    Hai, Q. et ai. (2023) "Tartuttavalla hematopoieettisella nekroosiviruksella infektoituneen kirjolohen (Oncorhynchus mykiss) suoliston sisällön muutosten metagenominen ja metabolominen analyysi eri viljelyveden lämpötiloissa",Mikrobiologian rajat, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.

    Mao, C. et ai. (2023) "Mikrobiyhteisöt, resistenssigeenit ja vastustuskykyriskit eri trofisissa oloissa olevissa kaupunkijärvissä: sisäiset yhteydet ja ulkoiset vaikutukset",Journal of Hazardous Materials Advances, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.

    Su, M. et ai. (2022) "Metagenominen analyysi paljasti erot koostumuksessa ja toiminnassa lampaan pötsin nesteisiin ja kiinteisiin aineisiin liittyvien mikro-organismien välillä",Mikrobiologian rajat, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.

    Yin, J. et ai. (2023) "Liikalihava Ningxiang-sikaperäinen mikrobiootti ohjaa karnitiinin aineenvaihduntaa edistääkseen lihasrasvahappojen kertymistä laihoissa DLY-sioissa",Innovaatio, 4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.

    Zhao, X. et ai. (2023) "Metagenominen näkemys edustavan bio/hajoamattoman muovin ja ei-muovisen roskan mahdollisista riskeistä Haihen suiston ylä- ja alajuoksulla, Kiinassa",Tiede kokonaisympäristöstä, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.

    saada tarjous

    Kirjoita viestisi tähän ja lähetä se meille

    Lähetä viestisi meille: