Metagenomaattinen sekvensointi -NGS
Metagenomi on kokoelma useiden organismien, kuten ympäristön ja ihmisen metagenomien, koko geneettistä materiaalia. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja. Haulikkomenetelmällä tehtävä metagenomisekvensointi NGS:llä mahdollistaa näiden ympäristönäytteisiin upotettujen monimutkaisten genomisten maisemien tutkimisen tarjoamalla enemmän kuin taksonomista profilointia, myös yksityiskohtaisia tietoja lajien monimuotoisuudesta, runsausdynamiikasta ja monimutkaisista populaatiorakenteista. Taksonomisten tutkimusten lisäksi haulikkomenetelmällä tehtävä metagenomiikka tarjoaa myös funktionaalisen genomiikan näkökulman, jonka avulla voidaan tutkia koodattuja geenejä ja niiden oletettuja rooleja ekologisissa prosesseissa. Lopuksi, korrelaatioverkostojen luominen geneettisten elementtien ja ympäristötekijöiden välille edistää kokonaisvaltaista ymmärrystä mikrobiyhteisöjen ja niiden ekologisen taustan välisestä monimutkaisesta vuorovaikutuksesta. Yhteenvetona voidaan todeta, että metagenomisekvensointi on keskeinen väline monimuotoisten mikrobiyhteisöjen genomisten monimutkaisuuksien selvittämisessä ja valaisee genetiikan ja ekologian monitahoisia suhteita näissä monimutkaisissa ekosysteemeissä.
Alustat: Illumina NovaSeq ja DNBSEQ-T7
Palvelun edut
●Eristys- ja viljelyvapaa menetelmä mikrobiyhteisöjen profilointiinViljelykelvottomien organismien geneettisen materiaalin sekvensoinnin mahdollistaminen.
●Korkea resoluutioHavaitse ympäristönäytteistä harvinaisia lajeja.
●Kattava bioinformatiikan analyysi:Keskittyen paitsi taksonomiseen myös yhteisön toiminnalliseen monimuotoisuuteen.
●Laaja kokemus:Tiimimme tuo jokaiseen projektiin runsaasti kokemusta, sillä meillä on kokemusta useiden metagenomiikkaprojektien onnistuneesta päättämisestä eri tutkimusaloilla ja yli 200 000 näytteen käsittelystä.
Palvelun tekniset tiedot
| Sekvensointialusta | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot | Laadunvalvonta |
| Illumina NovaSeq tai DNBSEQ-T7 | PE150 | 6–20 Gt | Q30≥85% |
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (ng) | Tilavuus (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Maaperä/liete: 2–3 g
● Suoliston sisältö - eläin: 0,5–2 g
● Suolen sisältö - hyönteiset: 0,1–0,25 g
● Kasvin pinta (rikastettu sedimentti): 0,5–1 g
● Käymisliemessä rikastettu sedimentti): 0,2–0,5 g
● Ulosteet (suuret eläimet): 0,5–2 g
● Ulosteet (hiiri): 3–5 jyvää
● Keuhkoalveolaarinen huuhteluneste: suodatinpaperi
● Emätinnäyte: 5–6 näytettä
● Iho-/sukupuolielinten näyte/syljen näyte/suun pehmytkudosnäyte/nielun näyte/peräsuolen näyte: 2–3 näytettä
● Pintamikrobi: 5–6 näytettä
● Vesistö/ilma/biofilmi: suodatinpaperi
● Endofyytit: 2–3 g
● Hammasplakki: 0,5–1 g
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Sekvensointidatan laadunvalvonta
● Metagenomin kokoaminen ja geenien ennustaminen
● Geenimerkintä
● Taksonominen alfa-diversiteettianalyysi
● Yhteisön toiminnallinen analyysi: biologinen toiminta, aineenvaihdunta, antibioottiresistenssi
● Sekä toiminnallisen että taksonomisen monimuotoisuuden analyysi:
Beeta-diversiteettianalyysi
Ryhmien välinen analyysi
Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja OUT-koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
Toiminnallinen analyysi: CARD-antibioottiresistenssi
KEGG-aineenvaihduntareittien differentiaalinen analyysi: merkittävien reittien lämpökartta
Taksonomisen jakauman alfadiversiteetti: ACE-indeksi
Taksonomisen jakauman beeta-diversiteetti: PCoA
Tutustu BMKGenen metagenomisekvensointipalveluiden ja Illuminan mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Hai, Q. ym. (2023) 'Tarttuvan hematopoieettisen nekroosin viruksella infektoituneen kirjolohen (Oncorhynchus mykiss) suolistosisällön muutosten metagenominen ja metabolominen analyysi eri viljelyveden lämpötiloissa',Mikrobiologian rajaseudut, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. ym. (2023) 'Mikrobiyhteisöt, resistenssigeenit ja resistomien riskit eri trofiaattisten kaupunkijärvien järvissä: Sisäiset yhteydet ja ulkoiset vaikutukset',Vaarallisten aineiden edistysaskeleiden lehti, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. ym. (2022) "Metagenominen analyysi paljasti koostumuksen ja toiminnan eroja lampaan pötsin nesteeseen ja kiinteään faasiin sitoutuneiden mikro-organismien välillä",Mikrobiologian rajaseudut, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. ym. (2023) 'Lihavista Ningxiang-sioista peräisin oleva mikrobisto uudelleenohjelmoi karnitiinin aineenvaihduntaa edistääkseen lihasten rasvahappojen kertymistä vähärasvaisille DLY-sioille',Innovaatio, 4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. ym. (2023) "Metagenomisia näkemyksiä edustavien biohajoavien/ei-hajoavien muovien ja muiden kuin muovijätteiden mahdollisista riskeistä Haihen suiston ylä- ja alajuoksulla Kiinassa",Kokonaisvaltaisen ympäristön tiede, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
