Metagenominen sekvensointi (NGS)
Palvelun edut
ØEristys- ja viljelyvapaa mikrobiyhteisön profilointiin
ØKorkea resoluutio havaittaessa vähän esiintyviä lajeja ympäristönäytteistä
ØAjatus "meta-" yhdistää kaikki biologiset piirteet toiminnallisella tasolla, lajitasolla ja geenitasolla, mikä kuvastaa dynaamista näkemystä, joka on lähempänä todellisuutta.
ØBMK:lla on valtava kokemus erilaisista näytetyypeistä ja käsitelty yli 10 000 näytettä.
Palvelun tiedot
| JaksotusAlusta | Kirjasto | Suositeltu tiedon tuotto | Arvioitu läpimenoaika |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K tunnisteet | 30 päivää |
Bioinformatiikan analyysit
üRaakatietojen laadunvalvonta
üMetagenomikokoonpano
üEi-redundantti geenisarja ja annotaatio
üLajien monimuotoisuusanalyysi
üGeneettisen toiminnan monimuotoisuusanalyysi
üRyhmien välinen analyysi
üAssosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan
Näytevaatimukset ja toimitus
Esimerkkivaatimukset:
vartenDNA-uutteet:
| Näytteen tyyppi | Määrä | Keskittyminen | Puhtaus |
| DNA-uutteet | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Ympäristönäytteet:
| Näytetyyppi | Suositeltu näytteenottomenettely |
| Maaperä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten. |
| Ulosteet | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten. |
| Suoliston sisältö | Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin. |
| Lietettä | Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten |
| Vesistö | Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa. |
| Iho | Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen. |
Suositeltu näytetoimitus
Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Jaksotus
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1.Histogrammi: Lajien jakautuminen
2. Funktionaaliset geenit, jotka on merkitty KEGG:n aineenvaihduntareitteihin
3.Lämpökartta: Differentiaalifunktiot, jotka perustuvat suhteelliseen geenien määrään
4. CARD-antibioottiresistenssigeenien sirkoset
BMK kotelo
Antibioottiresistenssigeenien ja bakteeripatogeenien esiintyvyys maaperän ja mangrovejuuren jatkumossa
Julkaistu:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sekvensointistrategia:
Materiaalit: DNA-uutteet neljästä mangrovejuureen liittyvän näytteen fragmentista: istuttamaton maaperä, juurakot, episfääri- ja endosfääriosastot
Alusta: Illumina HiSeq 2500
Kohteet: Metagenomi
16S rRNA-geenin V3-V4-alue
Tärkeimmät tulokset
Metagenominen sekvensointi ja metabarkoodausprofilointi mangrovetaimien maaperän juuren jatkumossa käsiteltiin antibioottiresistenssigeenien (ARG) leviämisen tutkimiseksi maaperästä kasveihin.Metagenomiset tiedot paljastivat, että 91,4 % antibioottiresistenssigeeneistä tunnistettiin yleisesti kaikissa neljässä edellä mainitussa maaperässä, mikä osoitti jatkuvaa muotia.16S rRNA-amplikonin sekvensointi tuotti 29 285 sekvenssiä, jotka edustivat 346 lajia.Yhdistettynä lajien profilointiin amplikonisekvensoinnilla, tämän leviämisen havaittiin olevan riippumaton juureen liittyvästä mikrobiotosta, mutta geneettisten elementtien liikkuvuus saattoi helpottaa sitä.Tässä tutkimuksessa tunnistettiin ARG:iden ja patogeenien virtaus maaperästä kasveihin toisiinsa liittyvien maaperän ja juuren jatkumon kautta.
Viite
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Antibioottiresistenssigeenien ja bakteeripatogeenien esiintyvyys maaperän ja mangrovejuuren jatkumossa.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
