Metagenominen sekvensointi -NGS
Metagenomi on kokoelma organismien sekayhteisön, kuten ympäristön ja ihmisen metagenomien, geneettisen materiaalin kokonaismäärää. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja. Haulikkometagenominen sekvensointi NGS:llä mahdollistaa näiden monimutkaisten ympäristönäytteisiin upotetun genomisen maisemien tutkimisen tarjoamalla muutakin kuin taksonomisen profiloinnin, mikä antaa myös tarkkoja näkemyksiä lajien monimuotoisuudesta, runsausdynamiikasta ja monimutkaisista populaatiorakenteista. Taksonomisten tutkimusten lisäksi haulikon metagenomiikka tarjoaa myös toiminnallisen genomiikan näkökulman, mikä mahdollistaa koodattujen geenien ja niiden oletetun roolin tutkimisen ekologisissa prosesseissa. Lopuksi korrelaatioverkostojen luominen geneettisten elementtien ja ympäristötekijöiden välille edistää kokonaisvaltaista ymmärrystä mikrobiyhteisöjen ja niiden ekologisen taustan välisestä monimutkaisesta vuorovaikutuksesta. Yhteenvetona voidaan todeta, että metagenominen sekvensointi on keskeinen väline erilaisten mikrobiyhteisöjen genomisen monimutkaisuuden selvittämisessä, mikä valaisee genetiikan ja ekologian monitahoisia suhteita näissä monimutkaisissa ekosysteemeissä.
Alustat: Illumina NovaSeq ja DNBSEQ-T7
Palvelun edut
●Eristys- ja viljelyvapaa menetelmä mikrobiyhteisön profilointiin: Mahdollistaa viljelykelvottomien organismien geneettisen materiaalin sekvensoinnin.
●Korkea resoluutio: Havaitse vähän esiintyviä lajeja ympäristönäytteistä.
●Kattava bioinformatiikka-analyysi:Keskitytty taksonomiseen monimuotoisuuteen myös yhteisön toiminnalliseen monimuotoisuuteen.
●Laaja kokemus:Meillä on kokemusta useiden metagenomiikkaprojektien menestyksekkäästä sulkemisesta eri tutkimusaloilla ja yli 200 000 näytteen käsittelyssä, joten tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
Palvelun tiedot
| Sekvensointialusta | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| Illumina NovaSeq tai DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gt | Q30≥85 % |
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (ng) | Tilavuus (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Maaperä/liete: 2-3g
● Eläimen suoliston sisältö: 0,5-2g
● Suoliston sisältö-hyönteiset: 0,1-0,25g
● Kasvin pinta (rikastettu sedimentti): 0,5-1g
● Fermentointiliemellä rikastettu sedimentti): 0,2-0,5 g
● Ulosteet (suuret eläimet): 0,5-2g
● Ulosteet (hiiri): 3-5 jyvää
● Keuhkojen alveolaarinen huuhteluneste: suodatinpaperi
● Vanupuikko emättimestä: 5-6 vanupuikkoa
● Vanupuikko iholta/sukuelimistä/sylkiä/suun pehmytkudoksia/nielun vanupuikkoa/peräsuolen vanupuikkoa: 2-3 vanupuikkoa
● Pintamikrobi: 5-6 vanupuikkoa
● Vesi/ilma/biokalvo: suodatinpaperi
● Endofyytit: 2-3g
● Hammasplakki: 0,5-1g
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Sekvensointitietojen laadunvalvonta
● Metagenomien kokoaminen ja geenien ennustaminen
● Geenimerkintä
● Taksonominen alfadiversiteettianalyysi
● Yhteisön toiminnallinen analyysi: biologinen toiminta, metabolinen, antibioottiresistenssi
● Analyysi sekä toiminnallisesta että taksonomisesta monimuotoisuudesta:
Beta-diversiteettianalyysi
Ryhmien välinen analyysi
Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja ulkoilman koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
Toiminnallinen analyysi: CARD-antibioottiresistenssi
KEGG-aineenvaihduntareittien differentiaalianalyysi: merkittävien reittien lämpökartta
Taksonomisen jakauman alfadiversiteetti: ACE-indeksi
Taksonomisen jakauman beeta-diversiteetti: PCoA
Tutustu BMKGenen metagenomisekvensointipalveluiden edistämiin edistysaskeliin Illuminan kanssa kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Hai, Q. et ai. (2023) "Tartuttavalla hematopoieettisella nekroosiviruksella infektoituneen kirjolohen (Oncorhynchus mykiss) suoliston sisällön muutosten metagenominen ja metabolominen analyysi eri viljelyveden lämpötiloissa",Mikrobiologian rajat, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et ai. (2023) "Mikrobiyhteisöt, resistenssigeenit ja vastustuskykyriskit eri trofisissa oloissa olevissa kaupunkijärvissä: sisäiset yhteydet ja ulkoiset vaikutukset",Journal of Hazardous Materials Advances, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et ai. (2022) "Metagenominen analyysi paljasti erot koostumuksessa ja toiminnassa lampaan pötsin nesteisiin ja kiinteisiin aineisiin liittyvien mikro-organismien välillä",Mikrobiologian rajat, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et ai. (2023) "Liikalihava Ningxiang-sikaperäinen mikrobiootti ohjaa karnitiinin aineenvaihduntaa edistääkseen lihasrasvahappojen kertymistä laihoissa DLY-sioissa",Innovaatio, 4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et ai. (2023) "Metagenominen näkemys edustavan bio/hajoamattoman muovin ja ei-muovisen roskan mahdollisista riskeistä Haihen suiston ylä- ja alajuoksulla, Kiinassa",Tiede kokonaisympäristöstä, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
