page_head_bg

Tuotteet

Metagenominen sekvensointi (NGS)

Metagenomi viittaa kokoelmaan organismien sekayhteisön kokonaisgeneettistä materiaalia, kuten ympäristön metagenomi, ihmisen metagenomi jne. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja.Metagenominen sekvensointi on molekyylityökalu, jolla analysoidaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomiaineita ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa.

Alusta:Illumina NovaSeq6000


Palvelun tiedot

Demon tulokset

Tapaustutkimus

Palvelun edut

ØEristys- ja viljelyvapaa mikrobiyhteisön profilointiin

ØKorkea resoluutio havaittaessa vähän esiintyviä lajeja ympäristönäytteistä

ØAjatus "meta-" yhdistää kaikki biologiset piirteet toiminnallisella tasolla, lajitasolla ja geenitasolla, mikä kuvastaa dynaamista näkemystä, joka on lähempänä todellisuutta.

ØBMK:lla on valtava kokemus erilaisista näytetyypeistä ja käsitelty yli 10 000 näytettä.

Palvelun tiedot

JaksotusAlusta

Kirjasto

Suositeltu tiedon tuotto

Arvioitu läpimenoaika

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K tunnisteet

30 päivää

Bioinformatiikan analyysit

üRaakatietojen laadunvalvonta

üMetagenomikokoonpano

üEi-redundantti geenisarja ja annotaatio

üLajien monimuotoisuusanalyysi

üGeneettisen toiminnan monimuotoisuusanalyysi

üRyhmien välinen analyysi

üAssosiaatioanalyysi kokeellisia tekijöitä vastaan

2

Näytevaatimukset ja toimitus

Esimerkkivaatimukset:

vartenDNA-uutteet:

Näytteen tyyppi

Määrä

Keskittyminen

Puhtaus

DNA-uutteet

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Ympäristönäytteet:

Näytetyyppi

Suositeltu näytteenottomenettely

Maaperä

Näytteenottomäärä: n.5 g;Jäljelle jäänyt kuihtunut aine on poistettava pinnalta;Jauha suuret palat ja vie 2 mm:n suodattimen läpi;Jaa näytteet steriiliin EP- tai syroputkeen varausta varten.

Ulosteet

Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa näytteet steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten.

Suoliston sisältö

Näytteet on käsiteltävä aseptisissa olosuhteissa.Pese kerätty kudos PBS:llä;Sentrifugoi PBS ja kerää sakka EP-putkiin.

Lietettä

Näytteenottomäärä: n.5 g;Kerää ja jakaa lietenäyte steriiliin EP-putkeen tai kryoputkeen varausta varten

Vesistö

Jos näyte, jossa on rajoitettu määrä mikrobeja, kuten vesijohtovesi, kaivovesi jne., Kerää vähintään 1 litra vettä ja vie 0,22 μm:n suodattimen läpi mikrobien rikastamiseksi kalvolla.Säilytä kalvo steriilissä putkessa.

Iho

Kaavi ihon pinta varovasti steriilillä vanupuikolla tai leikkausterällä ja aseta se steriiliin putkeen.

Suositeltu näytetoimitus

Pakasta näytteet nestetypessä 3-4 tuntia ja säilytä nestetypessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen.Näytetoimitus kuivajäällä vaaditaan.

Palvelun työnkulku

logo_02

Näytteen toimitus

logo_04

Kirjaston rakentaminen

logo_05

Jaksotus

logo_06

Tietojen analysointi

logo_07

Myynnin jälkeiset palvelut


  • Edellinen:
  • Seuraava:

  • 1.Histogrammi: Lajien jakautuminen

    3

    2. Funktionaaliset geenit, jotka on merkitty KEGG:n aineenvaihduntareitteihin

    4

    3.Lämpökartta: Differentiaalifunktiot, jotka perustuvat suhteelliseen geenien määrään54. CARD-antibioottiresistenssigeenien sirkoset

    6

    BMK kotelo

    Antibioottiresistenssigeenien ja bakteeripatogeenien esiintyvyys maaperän ja mangrovejuuren jatkumossa

    Julkaistu:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sekvensointistrategia:

    Materiaalit: DNA-uutteet neljästä mangrovejuureen liittyvän näytteen fragmentista: istuttamaton maaperä, juurakot, episfääri- ja endosfääriosastot
    Alusta: Illumina HiSeq 2500
    Kohteet: Metagenomi
    16S rRNA-geenin V3-V4-alue

    Tärkeimmät tulokset

    Metagenominen sekvensointi ja metabarkoodausprofilointi mangrovetaimien maaperän juuren jatkumossa käsiteltiin antibioottiresistenssigeenien (ARG) leviämisen tutkimiseksi maaperästä kasveihin.Metagenomiset tiedot paljastivat, että 91,4 % antibioottiresistenssigeeneistä tunnistettiin yleisesti kaikissa neljässä edellä mainitussa maaperässä, mikä osoitti jatkuvaa muotia.16S rRNA-amplikonin sekvensointi tuotti 29 285 sekvenssiä, jotka edustivat 346 lajia.Yhdistettynä lajien profilointiin amplikonisekvensoinnilla, tämän leviämisen havaittiin olevan riippumaton juureen liittyvästä mikrobiotosta, mutta geneettisten elementtien liikkuvuus saattoi helpottaa sitä.Tässä tutkimuksessa tunnistettiin ARG:iden ja patogeenien virtaus maaperästä kasveihin toisiinsa liittyvien maaperän ja juuren jatkumon kautta.

    Viite

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Antibioottiresistenssigeenien ja bakteeripatogeenien esiintyvyys maaperän ja mangrovejuuren jatkumossa.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    saada tarjous

    Kirjoita viestisi tähän ja lähetä se meille

    Lähetä viestisi meille: