Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Työnkulku
Tekninen kaavio
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointi NovaSeqillä PE150:llä.
● Kirjaston valmistelu kaksoisviivakoodilla, joka mahdollistaa yli 1000 näytteen yhdistämisen.
● Tätä tekniikkaa voidaan käyttää referenssigenomin kanssa tai ilman sitä erilaisten bioinformaattisten putkien kanssa kullekin tapaukselle:
Viitegenomilla: SNP- ja InDel-löytö
Ilman referenssigenomia: näytteiden klusterointi ja SNP-etsintä
● Vuonnain silicoEsisuunnitteluvaiheen useat restriktioentsyymiyhdistelmät seulotaan niiden löytämiseksi, jotka tuottavat SLAF-merkkien tasaisen jakautumisen genomissa.
● Esikokeen aikana kolme entsyymiyhdistelmää testataan kolmessa näytteessä 9 SLAF-kirjaston luomiseksi, ja näitä tietoja käytetään optimaalisen restriktioentsyymiyhdistelmän valitsemiseen projektia varten.
Palvelun edut
●Korkean geneettisen markkerin löytö: Korkean suorituskyvyn kaksoisviivakoodijärjestelmän integrointi mahdollistaa suurten populaatioiden samanaikaisen sekvensoinnin, ja lokuskohtainen vahvistus lisää tehokkuutta varmistaen, että tunnistenumerot vastaavat eri tutkimuskysymysten erilaisia vaatimuksia.
● Matala riippuvuus genomista: Sitä voidaan soveltaa lajeihin, joilla on tai ei ole referenssigenomia.
●Joustava kaaviosuunnittelu: Yhden entsyymin, kaksoisentsyymin, usean entsyymin pilkkominen ja erityyppiset entsyymit voidaan valita vastaamaan eri tutkimustavoitteita tai -lajeja. Thein silicoEsisuunnittelu suoritetaan optimaalisen entsyymisuunnittelun varmistamiseksi.
● Korkea tehokkuus entsymaattisessa ruoansulatuksessa: Johtuminen anin silicoesisuunnittelu ja esikoe takasivat optimaalisen suunnittelun SLAF-tunnisteiden tasaisella jakautumisella kromosomissa (1 SLAF-tunniste/4Kb) ja vähentyneellä toistuvalla sekvenssillä (<5 %).
●Laaja asiantuntemus: Tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin, ja sillä on kokemusta yli 5000 SLAF-Seq-projektin sulkemisesta satojen lajien osalta, mukaan lukien kasvit, nisäkkäät, linnut, hyönteiset ja vesieliöt.
● Itse kehitetty bioinformaattinen työnkulku: BMKGENE kehitti integroidun bioinformaattisen työnkulun SLAF-Seqille varmistaakseen lopputuloksen luotettavuuden ja tarkkuuden.
Palvelun tiedot
| Analyysin tyyppi | Suositeltu väestöasteikko | Sekvensointistrategia | |
| Tunnisteen sekvensoinnin syvyys | Tunnisteen numero | ||
| Geneettiset kartat | 2 vanhempaa ja yli 150 jälkeläistä | Vanhemmat: 20x WGS Jälkiä: 10x | Genomin koko: <400 Mb: WGS on suositeltavaa <1 Gt: 100 000 tunnistetta 1-2Gb:: 200 000 tunnistetta >2 Gt: 300 000 tunnistetta Max 500k tunnistetta |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 näytettä | 10x | |
| Geneettinen evoluutio | ≥30 näytettä, yli 10 näytettä kustakin alaryhmästä | 10x | |
Palveluvaatimukset
Pitoisuus ≥ 5 ng/µL
Kokonaismäärä ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agaroosigeeli: ei hajoamista tai kontaminaatiota tai se on rajoitettua
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki
(Useimmille näytteille suosittelemme, ettei niitä säilytetä etanolissa)
Näytteen merkintä: Näytteiden on oltava selkeästi merkittyjä ja identtisiä näytetietolomakkeen kanssa.
Toimitus: Kuivajää: Näytteet on pakattava ensin pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
Palvelun työnkulku
Näyte QC
Pilottikoe
SLAF-kokeilu
Kirjaston valmistelu
Sekvensointi
Tietojen analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
- Sekvensointitietojen laadunvalvonta
- SLAF-tunnisteen kehitys
Kartoitus referenssigenomiin
Ilman referenssigenomia: klusterointi
- SLAF-tunnisteiden analyysi.: tilastot, jakautuminen genomissa
- Merkkien etsintä: SNP, InDel, SNV, CV-kutsu ja huomautus
SLAF-tunnisteiden jakautuminen kromosomeihin:
SNP:iden jakautuminen kromosomeissa:
SNP-merkintä
| vuosi | Journal | IF | Otsikko | Sovellukset |
| 2022 | Luontoviestintä | 17,694 | Puun pionin giga-kromosomien ja giga-genomin genominen perusta Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Uusi fytologi | 7.433 | Kesytysjalanjäljet ankkuroivat agronomisesti tärkeitä genomialueita soijapavut | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genominlaajuiset Gossypium barbadensen keinotekoiset introgressiot G. hirsutum -bakteeriin paljastaa ylivertaisia lokuksia puuvillakuitujen laadun ja tuoton parantamiseksi samanaikaisesti ominaisuuksia | SLAF-Evoluutiogenetiikka |
| 2019 | Molekyyli kasvi | 10.81 | Populaatiogenominen analyysi ja De Novo -kokous paljastavat Weedyn alkuperän Riisi evoluutionaarisena pelinä | SLAF-Evoluutiogenetiikka |
| 2019 | Luonnon genetiikka | 31.616 | Karpin, Cyprinus carpion, genomisekvenssi ja geneettinen monimuotoisuus | SLAF-Linkage kartta |
| 2014 | Luonnon genetiikka | 25.455 | Viljellyn maapähkinän genomi tarjoaa käsityksen palkokasvien karyotyypeistä, polyploidista evoluutio ja viljelykasvien kesyttäminen. | SLAF-Linkage kartta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | ST1:n tunnistaminen paljastaa valinnan, joka sisältää siemenen morfologian liftaamisen ja öljypitoisuus soijapapujen kesytyksen aikana | SLAF-Markerin kehitys |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Tunnistaminen ja DNA-merkkien kehittäminen Wheat-Leymus mollis 2Ns:lle (2D) Disominen kromosomisubstituutio | SLAF-Markerin kehitys |
| vuosi | Journal | IF | Otsikko | Sovellukset |
| 2023 | Kasvitieteen rajat | 6,735 | Sokeripitoisuuden QTL-kartoitus ja transkriptioanalyysi Pyrus pyrifolian hedelmien kypsymisen aikana | Geneettinen kartta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | ST1:n tunnistaminen paljastaa valinnan, joka sisältää siementen morfologian ja öljypitoisuuden liftaamisen soijapavun kesyttämisen aikana
| SNP-puhelu |
| 2022 | Kasvitieteen rajat | 6.623 | Genominlaajuinen yhdistyskartoitus rungottomien, tuskin fenotyyppien kartoittamisesta kuivuusympäristössä.
| GWAS |
