mRNA-seq (NGS) vertailugenomilla
RNA-Seq on tavanomainen työkalu elämän ja satotieteiden välillä, siltaamalla genomien ja proteomien välisen raon. Sen vahvuus on uusien transkriptien löytämisessä ja niiden ilmaisun kvantifioinnissa yhdessä määrityksessä. Sitä käytetään laajasti vertaileviin transkriptisiin tutkimuksiin, valon valaistukseen erilaisiin piirteisiin tai fenotyyppeihin liittyviin geeneihin, kuten mutanttien vertaaminen villityyppeihin tai paljastaen geeniekspressiota erityisissä olosuhteissa. BMKCLOUD-mRNA (referenssi) APP integroi ekspression kvantifioinnin, differentiaalisen ekspressioanalyysin (DEG) ja sekvenssirakenteen analysoinnit mRNA-Seq (NGS) -bioinformatiikan putkilinjaan ja amalgamoi samanlaisten ohjelmistojen vahvuudet varmistaen mukavuuden ja käyttäjäystävällisyyden. Käyttäjät voivat ladata RNA-Seq-tietonsa pilveen, jossa sovellus tarjoaa kattavan, yhden luukun bioinformaattisen analyysiratkaisun. Lisäksi se priorisoi asiakaskokemuksen ja tarjoaa käyttäjien erityistarpeisiin räätälöityjä henkilökohtaisia toimintoja. Käyttäjät voivat asettaa parametrit ja lähettää putkilinjan tehtävän itse, tarkistaa interaktiivinen raportti, tarkastella tietoja/kaavioita ja täydellistä tiedon louhinta, kuten: Kohdegeenin valinta, toiminnallinen klusterointi, kaavio, jne.
Alusta:Illumina, MGI
Strategia:RNA-seq
Layout: Paried, puhdas data.
Kirjastotyyppi:fr-unstranded, fr-firststrand or fr-secondstrand
Lue pituus:150 bp
Tiedostotyyppi:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz tai *.fq.gz. Järjestelmä tuleeYhdistä .FastQ -tiedostot automaattisesti tiedostonimien mukaisesti,esim. *_1.fastq pariksi *._ 2.fastq.
Näytteiden lukumäärä:Numerolla ei ole rajoituksianäytteitä, mutta analyysiaika kasvaaNäytteet kasvavat.
Suositeltu tietomäärä:6 g / näyte