Lämpökartta
Lämpökarttatyökalu hyväksyy syötteeksi matriisidatatiedoston ja antaa käyttäjien suodattaa, normalisoida ja klusteroida dataa. Lämpökarttojen ensisijainen käyttötapaus on geenien ilmentymistasojen klusterianalyysi eri näytteiden välillä.
Geenimerkintä
Geenimerkintätyökalu suorittaa geenimerkintöjä syötettyjen FASTA-tiedostojen sekvenssien linjauksen perusteella eri tietokantoihin verrattuna.
Paikallisen kohdistuksen perushakutyökalu (BLAST)
BLAST-työkalu on BMKCloudiin integroitu versio NCBI BLASTista, ja sitä voidaan käyttää samojen toimintojen suorittamiseen BMKCloud-tilille ladattujen tietojen avulla.
CDS_UTR-ennuste
CDS_UTR-ennustustyökalu on suunniteltu ennustamaan koodaavia alueita (CDS) ja ei-koodaavia alueita (UTR) tietyissä transkriptisekvensseissä BLAST-tulosten perusteella tunnettuja proteiinitietokantoja ja ORF-ennustustuloksia vasten.
Manhattanin juoni
Manhattan Plot -työkalu mahdollistaa suuren otoksen kokeiden näyttämisen ja sitä käytetään yleisesti koko genomin kattavissa assosiaatiotutkimuksissa (GWAS).
Circos-kaavio
CIRCOS Diagram -työkalu tarjoaa tehokkaan visualisoinnin siitä, miten genomin piirteet jakautuvat genomissa. Yhteisiä piirteitä ovat kvantitatiiviset lokukset, SNP:t, InDel-mutaatiot sekä rakenne- ja kopiomäärävariantit.
Geeniontologian (GO) rikastaminen
GO-rikastustyökalu tarjoaa funktionaalisen rikastusanalyysin. Työkalun ensisijainen ohjelmisto on TopGO-Bioconductor-paketti, joka sisältää differentiaalisen ilmentymisen analyysin, GO-rikastusanalyysin ja tulosten visualisoinnin.
Painotettu geenien koekspressioverkostoanalyysi (WGCNA)
WGCNA on laajalti käytetty tiedonlouhintamenetelmä geenien koekspressiomoduulien löytämiseen. Sitä voidaan soveltaa erilaisiin ilmentymistietojoukkoihin, mukaan lukien mikrosiru- ja NGS-geenien ilmentymisdata.
InterProScan
InterProScan-työkalu tarjoaa InterPro-proteiinisekvenssianalyysin ja -luokittelun.
GO KEGG -rikastus
GO KEGG -rikastustyökalu on suunniteltu luomaan GO-rikastushistogrammi, KEGG-rikastushistogrammi ja KEGG-rikastusreitti annetun geenijoukon ja vastaavan merkinnän perusteella.