Eukaryoottisen mRNA:n analyysi (saatavilla referenssipohjaisia ja de novo -vaihtoehtoja)
Tämä prosessi käyttää NGS RNA-Seq -dataa syötteenä ja tuottaa tuloksia useista jatkoanalyyseistä, mukaan lukien, mutta ei rajoittuen: sekvensointidatan laadun arviointi,de novotranskriptiokohdan annotointi, muuttujien silmukointianalyysi, differentiaalisen ilmentymisen analyysi, funktion annotointi ja rikastusanalyysi.
Pitkä ei-koodaava RNA-analyysi
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA) ovat yli 200 nt:n pituisia ei-koodaavia transkripteja, joiden tiedetään osallistuvan kromatiinin organisoitumiseen ja säätelyyn. Suuritehoiset sekvensointitekniikat ja bioinformatiikka ovat auttaneet meitä ymmärtämään lncRNA-sekvenssejä ja paikannustietoja, joiden avulla voimme tunnistaa lncRNA:ita, joilla on ratkaisevia säätelytehtäviä. Tämä prosessi tarjoaa lncRNA-analyysiä eukaryoottisten mRNA-analyysien prosessissa mainittujen analyysien lisäksi.
16S/18S/ITS-amplikonisekvensointi
Amplicon Sequencing -mikrobien monimuotoisuusanalyysiprosessi kehitettiin vuosien kokemukseen perustuen mikrobien monimuotoisuusprojektien analysoinnista. Prosessi sisältää standardoituja perusanalyysejä, jotka kattavat nykyisen mikrobitutkimuksen valtavirran analyysisisällön ja räätälöidyn analyysin. Analyysiraportti on rikas ja kattava, ja siinä on mahdollisuus suorittaa monipuolisia henkilökohtaisia analyysejä. Lisäksi näytteitä ja ryhmiä voidaan muokata lennossa lisämukauttamista ja -hallintaa varten.
Haulikon metagenomiikka-analyysi
Shotgun Metagenomic Analysis -prosessi käyttää NGS-dataa ympäristönäytteistä uutetuista sekoitetuista genomimateriaaleista. Mukana olevat analyysit tarjoavat yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostoista ympäristötekijöiden kanssa.
NGS-WGS-varianttianalyysi
NGS-WGS-varianttianalyysi on integroitu varianttien tunnistusprosessi, joka suorittaa datan laadunvalvontaa, sekvenssien linjausta, annotointia ja geenimutaatioanalyysiä. Prosessissa noudatetaan GATK:n parhaita käytäntöjä SNP- ja InDel-tunnistuksessa ja käytetään Mantaa rakenteellisten varianttien tunnistamiseen.
Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS)
GWAS-prosessi on alavirran analyysi, joka käyttää syötteenä aiemmin luotuja VCF-tiedostoja ja vastaavia fenotyyppitietoja yksilöiden kohortin osalta. Käyttämällä erityisiä tilastollisia menetelmiä GWAS pyrkii paljastamaan genominlaajuisia nukleotidivariaatioita, jotka korreloivat fenotyyppisten erojen kanssa. Sillä on ratkaiseva rooli monimutkaisiin ihmisen sairauksiin ja kasvien ja eläinten monimutkaisiin ominaisuuksiin liittyvien funktionaalisten geenien tutkimisessa.
Massaerotteluanalyysi (BSA)
BSA-analyysissä yhdistetään yksilöitä, joilla on äärimmäisiä fenotyyppisiä piirteitä segregoituvasta populaatiosta. Vertaamalla yhdistettyjen näytteiden välisiä differentiaalisia lokuksia tämä lähestymistapa tunnistaa nopeasti läheisesti toisiinsa liittyviä kohdegeeneihin liittyviä molekyylimarkkereita. Sitä käytetään laajalti kasvien ja eläinten geneettisessä kartoituksessa, ja se on arvokas työkalu markkeriavusteiseen jalostukseen.
Evoluutiogenetiikan analyysi
Evoluutiogenetiikan analyysin työnkulku hyödyntää BMKGENE:n laajaa kokemusta geneettisen evoluution projekteista ja sisältää fylogeneettisen puun rakentamisen, kytkentäepätasapainoanalyysin, geneettisen monimuotoisuuden arvioinnin, valikoivan pyyhkäisyn tunnistamisen, sukulaisuusanalyysin, pääkomponenttianalyysin ja populaatiorakenteen karakterisoinnin.
