16S/18S/ITS-amplikonisekvensointi-NGS
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointialusta: Illumina NovaSeq.
● Lyhyiden 16S-, 18S- ja ITS-alueiden monistaminen muiden monistuskohteiden ohella.
● Joustavat amplikonivaihtoehdot.
● Aiempaa projektikokemusta useiden vahvistuskohteiden kanssa.
Palvelun edut
●Eristysvapaa:Mikrobikoostumuksen nopea tunnistaminen ympäristönäytteistä.
●Korkea resoluutioYmpäristönäytteiden vähäpitoisissa komponenteissa.
●Laajasti sovellettavissaMonimuotoisten mikrobiyhteisöjen tutkimukset.
●Kattava bioinformatiivinen analyysiUusin QIIME2-paketti (kvantitatiivinen näkemys mikrobiekologiasta) monipuolisilla analyyseillä tietokannan, annotaatioiden ja OTU/ASV:n muodossa.
●Laaja asiantuntemusBMKGENE toteuttaa vuosittain 150 000 amplikonisekvensointiprojektia, ja sillä on yli kymmenen vuoden kokemus, erittäin ammattitaitoinen analyysitiimi, kattava sisältö ja erinomainen myynnin jälkeinen tuki.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositellut tiedot |
| Amplikoni | Illumina PE250 | 50/100/300 000 tunnistetta (luettu pari) |
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (ng) | Tilavuus (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Maaperä/liete: 1–2 g
● Suoliston sisältö - eläin: 0,5–2 g
● Suolen sisältö - hyönteiset: 0,1–0,25 g
● Kasvin pinta (rikastettu sedimentti): 0,1–0,5 g
● Käymisliemessä rikastettu sedimentti): 0,1–0,5 g
● Ulosteet (suuret eläimet): 0,5–2 g
● Ulosteet (hiiri): 3–5 jyvää
● Keuhkoalveolaarinen huuhteluneste: suodatinpaperi
● Emätinnäyte: 5–6 näytettä
● Iho-/sukupuolielinten näyte/syljen näyte/suun pehmytkudosnäyte/nielun näyte/peräsuolen näyte: 2–3 näytettä
● Pintamikrobit: suodatinpaperi
● Vesistö/ilma/biofilmi: suodatinpaperi
● Endofyytit: 1–2 g
● Hammasplakki: 0,5–1 g
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
- Raakadatan laadunvalvonta
- OTU-klusterointi / kohinanpoisto (ASV)
- OTU-merkintä
- Alfa-monimuotoisuusanalyysi: useita indeksejä, mukaan lukien Shannon, Simpson ja ACE.
- Beeta-diversiteettianalyysi
- Ryhmien välinen analyysi
- Korrelaatioanalyysi: ympäristötekijöiden ja OUT-koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
- 16S-funktionaalisen geenin ennustaminen
Taksonomisen jakauman histogrammi
taksonomisen runsauden klusterointilämpökartta
Alfa-monimuotoisuusanalyysi: harvinaisuuskäyrä
beeta-diversiteettianalyysi: NMDS
Ryhmien välinen analyysi: LEFSE-biomarkkereiden löytäminen
Tutustu BMKGenen amplikonisekvensointipalveluiden ja Illuminan mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Dong, C. ym. (2022) 'Rizosfäärin maaperän ja kuoren mikrobiotan kokoonpano, ydinmikrobiota ja toiminta Eucommia ulmoides -lajissa', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. ym. (2023) 'Synteettinen bakteerikonsortioiden siirto Gardnerella vaginalis -bakteerin aiheuttaman bakteerivaginoosin hoidossa hiirillä', Microbiome, 11(1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. ja Liu, H. (2022) 'Maanpäällisessä suljetussa bioregeneratiivisessa elintoimintoja ylläpitävässä kokeessa ”Lunar Palace 365” kerätyn ilmapölyn mikrobiomit', Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. ym. (2022) 'Raaka-aineesta riippuva typen transformaatioon liittyvien funktionaalisten geenien runsaus kontrolloi typen hävikkiä kompostoinnissa', Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
