Metagenomiikka (NGS)

Illuminan kanssa tehtävä haulikkometagenomiikka on suosittu työkalu mikrobiomien tutkimiseen sekvensoimalla DNA:ta suoraan monimutkaisista näytteistä, mikä mahdollistaa sekä taksonomisen että toiminnallisen monimuotoisuuden tutkimisen. BMKCloud-metagenomisen (NGS) prosessi alkaa laadunvalvonnalla ja metagenomin kokoamisella, josta geenit ennustetaan ja ryhmitellään ei-redundantteihin tietojoukkoihin, jotka annotoidaan toiminnon ja taksonomian osalta käyttämällä useita tietokantoja. Näitä tietoja käytetään otoksen sisäisen taksonomisen monimuotoisuuden (alfa-diversiteetti) ja otoksen välisen monimuotoisuuden (beeta-diversiteetti) analysointiin. Ryhmien välinen differentiaalianalyysi löytää OTU:t ja biologiset toiminnot, jotka eroavat kahden ryhmän välillä, käyttämällä sekä parametrisia että ei-parametrisia testejä, kun taas korrelaatioanalyysi yhdistää nämä erot ympäristötekijöihin.