Metagenomiikka (NGS)

Haulikkometagenomiikka Illuminalla on suosittu työkalu mikrobiomien tutkimiseen sekvensoimalla DNA:ta suoraan monimutkaisista näytteistä, mikä mahdollistaa sekä taksonomisen että toiminnallisen monimuotoisuuden tutkimuksen. BMKCloud-metagenominen (NGS) -putki alkaa laadunvalvonnalla ja metagenomien kokoonpanolla, josta geenit ennustetaan ja ryhmitellään ei-redundantteihin tietokokonaisuuksiin, joihin on merkitty toiminto ja taksonomia useiden tietokantojen avulla. Näitä tietoja käytetään analysoimaan otoksen sisäistä taksonomista monimuotoisuutta (alfa-diversiteetti) ja näytteiden välistä monimuotoisuutta (beta-diversiteetti). Ryhmien välinen differentiaalianalyysi löytää OTU:t ja biologiset toiminnot, jotka eroavat kahden ryhmän välillä käyttämällä sekä parametrisia että ei-parametrisia testejä, kun taas korrelaatioanalyysi yhdistää nämä erot ympäristötekijöihin.