Hi-C-pohjainen genomin kokoaminen
Hi-C on menetelmä, joka on suunniteltu tallentamaan kromosomikonfiguraatio yhdistämällä läheisyysperusteisia vuorovaikutuksia ja suuren läpimenon sekvensointia. Näiden vuorovaikutusten intensiteetin uskotaan korreloivan negatiivisesti fyysisen etäisyyden kanssa kromosomeissa. Siksi Hi-C-dataa käytetään ohjaamaan luonnosgenomin koottujen sekvenssien klusterointia, järjestämistä ja suuntaamista sekä niiden ankkuroimista tiettyyn määrään kromosomeja. Tämä teknologia mahdollistaa kromosomitason genomin kokoamisen ilman populaatiopohjaista geneettistä karttaa. Jokainen yksittäinen genomi tarvitsee Hi-C:n.
Palvelun ominaisuudet
● Sekvensointi Illumina NovaSeq -laitteella ja PE150-laitteella.
● Palvelu vaatii uutettujen nukleiinihappojen sijaan kudosnäytteitä, jotka silloittuvat formaldehydillä ja säilyttävät DNA-proteiini-vuorovaikutukset.
● Hi-C-kokeessa tahmeat päät restriktioidaan ja korjataan biotiinilla, minkä jälkeen tuloksena olevat tylpät päät tehdään ympyränmuotoisiksi säilyttäen vuorovaikutukset. Sitten DNA vedetään alas streptavidiinihelmillä ja puhdistetaan myöhempää kirjastovalmistelua varten.
Palvelun edut
Hi-C:n yleiskatsaus
(Lieberman-Aiden E ym.,Tiede, 2009)
●Geneettisen väestötiedon tarpeen poistaminen:Hi-C korvaa jatkuvien ankkurointien edellyttämät olennaiset tiedot.
●Korkea markkeritiheys:mikä johtaa korkeaan, yli 90 %:n jatkuvien ankkurointisuhteeseen.
●Laaja asiantuntemus ja julkaisutietueet:BMKGenellä on laaja kokemus yli 2000 Hi-C-genomin kokoamistapauksesta 1000 eri lajista ja useista patenteista. Yli 200 julkaistun tapauksen kumulatiivinen vaikuttavuuskerroin on yli 2000.
●Korkeasti koulutettu bioinformatiikan tiimi:Sisäisten patenttien ja ohjelmistojen tekijänoikeuksien ansiosta Hi-C-kokeisiin ja data-analyysiin itse kehitetty datan visualisointiohjelmisto mahdollistaa lohkojen manuaalisen siirtämisen, peruuttamisen, peruuttamisen ja uudelleen tekemisen.
●Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen kolmen kuukauden myynninjälkeiseen palvelujaksoon. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja kysymys- ja vastaustunteja tuloksiin liittyvien kysymysten käsittelemiseksi.
●Kattava merkintäKäytämme useita tietokantoja tunnistettujen variaatioiden sisältävien geenien toiminnalliseen annotointiin ja vastaavan rikastusanalyysin suorittamiseen, mikä tarjoaa tietoa useista tutkimusprojekteista.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjaston valmistelu | Sekvensointistrategia | Suositeltu datalähtö | Laadunvalvonta |
| Hi-C-kirjasto | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85 % |
Näytteen vaatimukset
| Kudos | Vaadittu määrä |
| Eläinten sisäelimet | ≥ 2 g |
| Eläinten lihas | |
| Nisäkkään veri | ≥ 2 ml |
| Siipikarjan/kalan veri | |
| Kasvi - tuore lehti | ≥ 3 g |
| Viljellyt solut | ≥ 1x107 |
| Hyönteinen | ≥ 2 g |
Palvelun työnkulku
Kokeen suunnittelu
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Data-analyysi
Myynnin jälkeiset palvelut
1) Raakadatan laadunvalvonta
2) Hi-C-kirjaston laadunvalvonta: validien Hi-C-vuorovaikutusten arviointi
3) Hi-C-kokoonpano: kontigien ryhmittely ryhmiin, minkä jälkeen kontigit järjestetään ryhmän sisällä ja kontigien suunnan määrittäminen
4) Hi-C-arviointi
Hi-C-kirjaston laadunvalvonta – Hi-C-validien vuorovaikutusparien arviointi
Hi-C Assembly – tilastot
Kokoonpanon jälkeinen arviointi – signaalin voimakkuuden lämpökartta laatikoiden välillä
Tutustu BMKGenen Hi-C-kokoonpanopalveluiden mahdollistamiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Tian, T. ym. (2023) 'Merkittävästi kuivuutta kestävän maissin sukusolukon genomin kokoaminen ja geneettinen dissektio', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL ym. (2020) 'Aasian mehiläisen (Apis cerana) genomin kromosomitasoinen kokoonpano', Frontiers in Genetics, 11, s. 524–140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. ym. (2023) 'Tropaanialkaloidibiosynteesin evoluution paljastaminen analysoimalla kahta genomia Solanaceae-heimossa', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. ym. (2020) 'Banyan-puun ja pölyttäjäampiaisen genomit tarjoavat tietoa viikunan ja ampiaisen koevoluutiosta', Cell, 183(4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
