-
PacBio-täyspitkä 16S/18S/ITS-amplikonisekvensointi
Amplicon (16S/18S/ITS) -alusta on kehitetty vuosien kokemuksella mikrobien monimuotoisuuden projektianalyysistä, ja se sisältää standardoidun perusanalyysin ja räätälöidyn analyysin: perusanalyysi kattaa nykyisen mikrobitutkimuksen valtavirran analyysisisällön, analyysisisältö on rikas ja kattava, ja analyysitulokset esitetään projektiraporttien muodossa; räätälöidyn analyysin sisältö on monipuolinen. Näytteitä voidaan valita ja parametreja voidaan asettaa joustavasti perusanalyysiraportin ja tutkimustarkoituksen mukaan räätälöityjen vaatimusten toteuttamiseksi. Windows-käyttöjärjestelmä, yksinkertainen ja nopea.
-
PacBio-täyspitkä transkriptomi (ei-referenssi)
Tämä sovellus pystyy tunnistamaan täysimittaiset transkriptisekvenssejä (ilman kokoamista) käyttämällä syötteenä Pacific Biosciencesin (PacBio) isoformisekvensointidataa. Kartoittamalla täysimittaiset sekvenssit referenssigenomiin, transkripteja voidaan optimoida tunnettujen geenien, transkriptien, koodaavien alueiden jne. perusteella. Tässä tapauksessa voidaan saavuttaa tarkempi mRNA-rakenteiden tunnistaminen, kuten vaihtoehtoinen silmukointi jne. Yhdistetty analyysi NGS-transkriptomisekvensointidatan kanssa mahdollistaa kattavamman annotoinnin ja tarkemman kvantifioinnin ilmentymisessä transkriptitasolla, mikä hyödyttää suuresti myöhempää differentiaalista ilmentymistä ja funktionaalista analyysiä.
-
Työkalusarjat
BMKCloud on johtava bioinformatiikan alusta, joka tarjoaa kokonaisvaltaisen ratkaisun genomiikan ohjelmiin. Alustaan luottavat tutkijat laajalti eri aloilla, kuten lääketieteessä, maataloudessa ja ympäristössä. BMKCloud on sitoutunut tarjoamaan integroituja, luotettavia ja tehokkaita palveluita, kuten bioinformaattisia analyysialustoja ja -työkaluja, laskentaresursseja, julkisia tietokantoja ja bioinformaattisia verkkokursseja. BMKCloudilla on useita usein käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, kuten geenien annotointi, evoluutiogeneettiset työkalut, ncRNA, datan laadunvalvonta, kokoaminen, linjaus, datan poiminta, mutaatiot, tilastot, kuvageneraattori, sekvenssianalyysi jne.
-
pieni RNA
Pienet RNA:t ovat lyhyitä, ei-koodaavia RNA:ita, joiden keskimääräinen pituus on 18–30 nt, mukaan lukien miRNA, siRNA ja piRNA. Näiden pienten RNA:iden on raportoitu laajalti osallistuvan erilaisiin biologisiin prosesseihin, kuten mRNA:n hajoamiseen, translaation estoon, heterokromatiinin muodostumiseen jne. Pienten RNA:iden sekvensointianalyysiä on sovellettu laajalti eläinten/kasvien kehityksen, tautien, virusten jne. tutkimuksissa. Pienten RNA:iden sekvensointianalyysialusta koostuu standardianalyysistä ja edistyneestä tiedonlouhinnasta. RNA-sekvensointidatan perusteella standardianalyysi voi saavuttaa miRNA:iden tunnistamisen ja ennustamisen, miRNA:iden kohdegeenien ennustamisen, annotoinnin ja ilmentymisanalyysin. Edistynyt analyysi mahdollistaa räätälöidyn miRNA-haun ja -erotuksen, Venn-diagrammien luomisen sekä miRNA- ja kohdegeeniverkostojen rakentamisen.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS on koko genomin uudelleensekvensointianalyysialusta, joka on kehitetty Biomarker Technologiesin laajan kokemuksen pohjalta. Tämä helppokäyttöinen alusta mahdollistaa integroidun analyysityönkulun nopean lähettämisen asettamalla vain muutaman perusparametrin, jotka sopivat sekä Illumina- että BGI-sekvensointialustalta tuotetulle DNA-sekvensointidatalle. Alusta on otettu käyttöön suurteholaskentapalvelimella, mikä mahdollistaa erittäin tehokkaan data-analyysin hyvin rajoitetussa ajassa. Henkilökohtainen tiedonlouhinta on saatavilla standardianalyysin perusteella, mukaan lukien mutatoituneiden geenien kysely, PCR-alukkeiden suunnittelu jne.
-
mRNA (viite)
Transkriptomi on linkki genomisen geneettisen tiedon ja biologisen toiminnan proteomin välillä. Transkriptiotason säätely on eliöiden tärkein ja laajimmin tutkittu säätelytapa. Transkriptomisekvensointi voi sekvensoida transkriptomin milloin tahansa tai missä tahansa olosuhteissa yhden nukleotidin tarkkuudella. Se voi dynaamisesti heijastaa geenitranskription tasoa, samanaikaisesti tunnistaa ja kvantifioida harvinaisia ja normaaleja transkripteja sekä tarjota näytekohtaisia rakenteellisia tietoja.
Tällä hetkellä transkriptomisekvensointitekniikkaa on käytetty laajalti agronomiassa, lääketieteessä ja muilla tutkimusaloilla, mukaan lukien eläinten ja kasvien kehityksen säätely, ympäristöön sopeutuminen, immuunivuorovaikutus, geenien lokalisointi, lajien geneettinen evoluutio sekä kasvainten ja geneettisten sairauksien havaitseminen.
-
Metagenomiikka (NGS)
Tämä analyysialusta on suunniteltu haulikkometagenomiikkadatan analysointiin vuosien kokemuksen pohjalta. Se koostuu integroidusta työnkulusta, joka sisältää erilaisia yleisesti tarvittavia metagenomiikka-analyysejä, mukaan lukien tiedonkäsittely, lajikohtaiset tutkimukset, geenien toimintatason tutkimukset, metagenomien ryhmittely jne. Lisäksi standardianalyysityönkulun yhteydessä on saatavilla räätälöityjä tiedonlouhintatyökaluja, mukaan lukien geeni- ja lajikyselyt, parametrien asettaminen, yksilöllisten kuvioiden luominen jne.
-
LncRNA
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA) ovat yli 200 nt:n pituisia transkripteja, jotka eivät pysty koodaamaan proteiineja. Kertyvä näyttö viittaa siihen, että useimmat lncRNA:t ovat hyvin todennäköisesti toiminnallisia. Suuritehoiset sekvensointitekniikat ja bioinformaattiset analysointityökalut mahdollistavat lncRNA-sekvenssien ja paikannustiedon tehokkaamman paljastamisen ja johtavat meitä löytämään lncRNA:ita, joilla on ratkaisevia säätelytoimintoja. BMKCloud on ylpeä voidessaan tarjota asiakkailleen lncRNA-sekvensointianalyysialustan nopean, luotettavan ja joustavan lncRNA-analyysin saavuttamiseksi.
-
GWAS
Koko genomin kattava assosiaatiotutkimus (GWAS) pyrkii tunnistamaan geneettisiä variantteja (genotyyppi), jotka liittyvät tiettyihin ominaisuuksiin (fenotyyppi). GWA-tutkimukset tutkivat geneettisiä markkereita suuren määrän yksilöiden koko genomissa ja ennustavat genotyypin ja fenotyypin välisiä yhteyksiä tilastollisen analyysin avulla populaatiotasolla. Koko genomin uudelleensekvensointi voi mahdollisesti löytää kaikki geneettiset variantit. Yhdistettynä fenotyyppitietoihin GWAS:ia voidaan käsitellä fenotyyppiin liittyvien SNP:ien, QTL:ien ja kandidaattigeenien tunnistamiseksi, mikä tukee vahvasti nykyaikaista eläin-/kasvinjalostusta. SLAF on itse kehitetty yksinkertaistettu genomin sekvensointistrategia, joka löytää koko genomin laajuisesti hajautettuja markkereita, SNP:itä. Näitä SNP:itä, molekyyligeneettisinä markkereina, voidaan käsitellä assosiaatiotutkimuksia varten kohdennettujen ominaisuuksien kanssa. Se on kustannustehokas strategia monimutkaisiin ominaisuuksiin liittyvien geneettisten variaatioiden tunnistamisessa.
-
Nanopore-täyspitkä transkriptomiikka
Organismien monimutkaiset ja vaihtelevat vaihtoehtoiset isoformit ovat tärkeitä geneettisiä mekanismeja geenien ilmentymisen ja proteiinien monimuotoisuuden säätelyssä. Transkriptirakenteiden tarkka tunnistaminen on perusta geenien ilmentymisen säätelymallien perusteelliselle tutkimukselle. Nanopore-sekvensointialusta on onnistuneesti tuonut transkriptomisen tutkimuksen isoformitasolle. Tämä analyysialusta on suunniteltu analysoimaan Nanopore-alustalla tuotettua RNA-sekvensointidataa referenssigenomin perusteella, mikä mahdollistaa kvalitatiiviset ja kvantitatiiviset analyysit sekä geeni- että transkriptitasolla.
-
sirk-RNA
Rengasmainen RNA (sirkkuRNA) on koodaamaton RNA-molekyyli, jolla on äskettäin havaittu olevan tärkeä rooli säätelyverkostoissa, jotka liittyvät kehitykseen, ympäristön vastustuskykyyn jne. Lineaarisista RNA-molekyyleistä, kuten mRNA:sta ja lncRNA:sta, poikkeavalla tavalla sirkkuRNA:n 3'- ja 5'-päät ovat liittyneet yhteen muodostaen rengasmaisen rakenteen, joka suojaa niitä eksonukleaasien pilkkomiselta ja on vakaampi kuin useimmat lineaariset RNA:t. SirkkuRNA:lla on havaittu olevan erilaisia tehtäviä geenien ilmentymisen säätelyssä. SirkkuRNA voi toimia ceRNA:na, joka sitoutuu kilpailevasti miRNA:han, ja se tunnetaan nimellä miRNA-sieni. SirkkuRNA-sekvensointianalyysialusta mahdollistaa sirkkuRNA:n rakenne- ja ilmentymisanalyysin, kohteen ennustamisen ja yhteisanalyysin muuntyyppisten RNA-molekyylien kanssa.
-
Kehon pinta-ala
Bulked Segregant Analysis -alusta koostuu yksivaiheisesta standardianalyysistä ja edistyneestä analyysistä, jossa on mukautetut parametriasetukset. BSA on tekniikka, jota käytetään fenotyyppiin liittyvien geneettisten markkereiden nopeaan tunnistamiseen. BSA:n pääasiallinen työnkulku sisältää: 1. kahden yksilöryhmän valitsemisen, joilla on erittäin vastakkaiset fenotyypit; 2. kaikkien yksilöiden DNA:n, RNA:n tai SLAF-sekvenssin (Biomarkerin kehittämä) yhdistämisen kahden DNA-massan muodostamiseksi; 3. erilaisten sekvenssien tunnistamisen vertailugenomiin nähden tai niiden väliltä; 4. ehdokasalueiden ennustamisen ED- ja SNP-indeksialgoritmilla; 5. funktionaalisen analyysin ja rikastuksen ehdokasalueiden geeneissä jne. Saatavilla on myös edistyneempää datan louhintaa, kuten geneettisten markkereiden seulontaa ja alukkeiden suunnittelua.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) -alusta on kehitetty vuosien kokemuksella mikrobien monimuotoisuuden projektianalyysistä, ja se sisältää standardoidun perusanalyysin ja räätälöidyn analyysin: perusanalyysi kattaa nykyisen mikrobitutkimuksen valtavirran analyysisisällön, analyysisisältö on rikas ja kattava, ja analyysitulokset esitetään projektiraporttien muodossa; räätälöidyn analyysin sisältö on monipuolinen. Näytteitä voidaan valita ja parametreja voidaan asettaa joustavasti perusanalyysiraportin ja tutkimustarkoituksen mukaan räätälöityjen vaatimusten toteuttamiseksi. Windows-käyttöjärjestelmä, yksinkertainen ja nopea.
