-
Metagenominen sekvensointi -NGS
Metagenomi viittaa kokoelmaan organismien sekayhteisön kokonaisgeneettistä materiaalia, kuten ympäristön metagenomi, ihmisen metagenomi jne. Se sisältää sekä viljeltävien että viljelemättömien mikro-organismien genomeja.Metagenominen sekvensointi on molekyylityökalu, jolla analysoidaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomiaineita ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa.
Alusta:Illumina NovaSeq -alusta
-
Metagenominen sekvensointi-nanopore
Metagenomics on molekyylityökalu, jota käytetään analysoimaan ympäristönäytteistä erotettuja sekagenomisia materiaaleja ja joka tarjoaa yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, toiminnallisista geeneistä ja korrelaatioverkostosta ympäristötekijöiden kanssa jne. Nanopore-sekvensointialustoja on äskettäin otettu käyttöön. metagenomisiin tutkimuksiin.Sen erinomainen suorituskyky lukupituuden suhteen paransi suuresti alavirran metagenomista analyysiä, erityisesti metagenomikokoonpanoa.Lukupituutta hyödyntäen Nanopore-pohjainen metagenominen tutkimus pystyy saavuttamaan jatkuvamman kokoonpanon haulikkometagenomiikkaan verrattuna.On julkaistu, että Nanopore-pohjainen metagenomiikka synnytti onnistuneesti täydellisiä ja suljettuja bakteerigenomeja mikrobiomeista (Moss, EL, et al,Nature Biotech, 2020)
Alusta:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S- ja 18S-rRNA:n alayksikkö, joka sisältää sekä erittäin konservoituneita että hypervaihtelevia alueita, on täydellinen molekyylisormenjälki prokaryoottisten ja eukaryoottisten organismien tunnistamiseen.Sekvensointia hyödyntäen nämä amplikonit voidaan kohdistaa konservoituneiden osien perusteella ja hypervariaabelit alueet voidaan karakterisoida täysin mikrobien tunnistamista varten, mikä edistää tutkimuksia, jotka kattavat mikrobien monimuotoisuusanalyysin, taksonomian, filogenian jne. Yhden molekyylin reaaliaikainen (SMRT) ) PacBio-alustan sekvensointi mahdollistaa erittäin tarkkojen pitkien lukujen saamisen, jotka voivat kattaa täysimittaiset amplikonit (n. 1,5 Kb).Laajempi näkemys geneettisestä kentästä paransi huomattavasti lajimerkintöjen erottelukykyä bakteeri- tai sieniyhteisössä.
Alusta:PacBio jatko-osa II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS-amplikonin sekvensoinnin tavoitteena on paljastaa fysiologia, taksonomia ja lajien runsaus mikrobiyhteisössä tutkimalla kodinhoitogeenimarkkerien PCR-tuotteita, jotka sisältävät sekä erittäin konversion että hypervariaabelin osia.Woeses et al (1977) ottamalla käyttöön nämä täydelliset molekyylisormenjäljet mahdollistavat eristämättömän mikrobiomiprofiloinnin.16S:n (bakteerit), 18S:n (sienet) ja sisäisen transkriptoidun spacerin (ITS, sienet) sekvensointi mahdollistaa sekä runsaiden lajien että harvinaisten ja tunnistamattomien lajien tunnistamisen.Tästä tekniikasta on tullut laajalti käytetty ja tärkeä työkalu erilaisten mikrobikoostumusten tunnistamisessa eri ympäristöissä, kuten ihmisen suussa, suolistossa, ulosteessa jne.
Alusta:Illumina NovaSeq -alusta
-
Bakteerien ja sienten koko genomin uudelleensekvensointi
Bakteerien ja sienten koko genomin uudelleensekvensointi on kriittinen työkalu tunnettujen bakteerien ja sienten genomien täydentämiseksi sekä useiden genomien vertailuun tai uusien organismien genomien kartoittamiseen.On erittäin tärkeää sekvensoida bakteerien ja sienten kokonaiset genomit tarkkojen referenssigenomien muodostamiseksi, mikrobien tunnistamisen ja muiden vertailevien genomitutkimusten tekemiseksi.
Alusta: Illumina NovaSeq -alusta
-
Metatranskriptiosekvenssi
Metatranskripti-sekvensointi tunnistaa mikrobien (sekä eukaryoottien että prokaryoottien) geenin ilmentymisen luonnollisissa ympäristöissä (esim. maaperässä, vedessä, meressä, ulosteessa ja suolistossa). Tarkemmin sanottuna tämä palvelu mahdollistaa monimutkaisten mikrobiyhteisöjen kokonaisen geeniekspressioprofiloinnin, taksonomisen analyysin. lajien toiminnallinen rikastusanalyysi, eri tavalla ilmentyneiden geenien analyysi ja paljon muuta.
Alusta: Illumina NovaSeq Platform
-
Sienigenomi
Biomarker Technologies tarjoaa sienen genomitutkimuksen, hienon genomin ja penen täydellisen genomin tietystä tutkimustavoitteesta riippuen.Genomin sekvensointi, kokoonpano ja toiminnallinen annotaatio voidaan saavuttaa yhdistämällä seuraavan sukupolven sekvensointi + kolmannen sukupolven sekvensointi korkean tason genomin kokoamiseen.Hi-C-teknologiaa voidaan myös käyttää helpottamaan genomin kokoamista kromosomitasolla.
Alusta:PacBio jatko-osa II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq -alusta
-
Bakteerien täydellinen genomi
Biomarker Technologies tarjoaa sekvensointipalvelun bakteerien täydellisen genomin rakentamiseen, jossa on nollaväli.Bakteerien täydellisen genomin rakentamisen pääasiallinen työnkulku sisältää kolmannen sukupolven sekvensoinnin, kokoonpanon, toiminnallisen annotoinnin ja edistyneen bioinformaattisen analyysin, joka täyttää tietyt tutkimustavoitteet.Bakteerigenomin kattavampi profilointi mahdollistaa niiden biologisten prosessien taustalla olevien perustavanlaatuisten mekanismien paljastamisen, mikä voisi myös tarjota arvokasta referenssiä korkeampien eukaryoottisten lajien genomitutkimukselle
Alusta:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq -alusta
PacBio jatko-osa II
