Skupna analiza segregacije
Prednosti usluge
Takagi i sur., The plant journal, 2013
● Precizna lokalizacija: miješanje grupa s 30+30 do 200+200 pojedinaca kako bi se smanjila pozadinska buka;nesinonimno predviđanje regije kandidata temeljeno na mutatantima.
● Sveobuhvatna analiza: Detaljna napomena o funkciji gena kandidata, uključujući NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG itd.
● Brže vrijeme obrade: Brza lokalizacija gena unutar 45 radnih dana.
● Veliko iskustvo: BMK je doprinio u tisućama lokalizacija svojstava, pokrivajući različite vrste poput usjeva, vodenih proizvoda, šuma, cvijeća, voća itd.
Specifikacije usluge
Populacija:
Odvajanje potomaka roditelja sa suprotnim fenotipovima.
npr. F2 potomstvo, povratno križanje (BC), rekombinantna inbred linija (RIL)
Bazen za miješanje
Za kvalitativna svojstva: 30 do 50 jedinki (minimalno 20)/skupno
Za kvantitativne karakteristike: prvih 5% do 10% jedinki s bilo kojim ekstremnim fenotipom u cijeloj populaciji (minimalno 30+30).
Preporučena dubina sekvenciranja
Najmanje 20X/roditelj i 1X/potomak jedinka (npr. za skupinu za miješanje potomaka od 30+30 jedinki, dubina sekvenciranja bit će 30X po grupi)
Bioinformatičke analize
● Resekvenciranje cijelog genoma
● Obrada podataka
● SNP/Indel poziv
● Provjera regije kandidata
● Napomena o funkciji gena kandidata
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| uzorak gDNA | Uzorak tkiva |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Biljke: 1-2 g |
| Količina: ≥2 μg (Volumen ≥15 μl) | Životinje: 0,5-1 g |
| Čistoća: OD260/280= 1,6-2,5 | Puna krv: 1,5 ml |
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Analiza asocijacija temeljena na Euklidskoj udaljenosti (ED) za identifikaciju regije kandidata.Na sljedećoj slici
X-os: Broj kromosoma;Svaka točka predstavlja ED vrijednost SNP-a.Crna linija odgovara ugrađenoj ED vrijednosti.Viša vrijednost ED ukazuje na značajniju povezanost između mjesta i fenotipa.Crvena isprekidana linija predstavlja prag značajne povezanosti.
2. Analiza asocijacija bez SNP-indeksa
X-os: Broj kromosoma;Svaka točka predstavlja vrijednost SNP-indeksa.Crna linija označava vrijednost prilagođenog SNP-indeksa.Što je veća vrijednost, značajnija je povezanost.
BMK slučaj
Lokus kvantitativne značajke glavnog učinka Fnl7.1 kodira kasnu embriogenezu koja je bogata proteinom koji je povezan s duljinom vrata ploda u krastavca
Objavljeno: Plant Biotechnology Journal, 2020
Strategija sekvenciranja:
Roditelji (Jin5-508, YN): Resekvenciranje cijelog genoma za 34× i 20×.
Skupovi DNK (50 dugovratih i 50 kratkovratih): Resekvenciranje za 61× i 52×
Ključni rezultati
U ovoj studiji, segregirajuća populacija (F2 i F2:3) stvorena je križanjem linije krastavaca dugog vrata Jin5-508 i YN kratkog vrata.Dva skupa DNK konstruiralo je 50 pojedinaca s ekstremno dugim vratom i 50 pojedinaca s ekstremno kratkim vratom.QTL s velikim učinkom identificiran je na Chr07 analizom BSA i tradicionalnim QTL mapiranjem.Regija kandidata dodatno je sužena finim mapiranjem, kvantifikacijom ekspresije gena i transgenim eksperimentima, koji su otkrili ključni gen u kontroli duljine vrata, CsFnl7.1.Nadalje, utvrđeno je da je polimorfizam u promotorskoj regiji CsFnl7.1 povezan s odgovarajućom ekspresijom.Daljnja filogenetska analiza sugerira da lokus Fnl7.1 vrlo vjerojatno potječe iz Indije.
 QTL-mapiranje u BSA analizi za identifikaciju regije kandidata povezane s duljinom vrata krastavca |  LOD profili QTL duljine vrata krastavca identificirani na Chr07 |
Xu, X., et al."Lokus kvantitativne značajke glavnog učinka Fnl7.1 kodira kasnu embriogenezu koja je bogata proteinom koji je povezan s duljinom vrata ploda u krastavcu."Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).
