Opterećena segregantna analiza
Prednosti usluge
Takagi i sur., The Plant Journal, 2013
● Točna lokalizacija: Miješanje molova s 30+30 do 200+200 pojedinaca kako bi se smanjila pozadinska buka; Ne-sinonimna predviđanja regije kandidata sa sjedištem u mutacijama.
● Sveobuhvatna analiza: detaljna napomena kandidat za gensku funkciju, uključujući NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, itd.
● Brže vrijeme preokreta: Brza lokalizacija gena u roku od 45 radnih dana.
● Opsežno iskustvo: BMK je doprinio tisućama lokalizacije osobina, pokrivajući različite vrste poput usjeva, vodenih proizvoda, šume, cvijeća, voća itd.
Specifikacije usluge
Stanovništvo:
Segregacija potomstva roditelja s suprotstavljenim fenotipima.
npr. F2 potomstvo, povratno kretanje (BC), rekombinantna inbred linija (RIL)
Bazen za miješanje
Za kvalitativne osobine: 30 do 50 pojedinaca (minimalno 20)/skupno
Za kvantitativni tratis: Top 5% do 10% pojedinaca s bilo kojim ekstremnim fenotipovima u cijeloj populaciji (minimalno 30+30).
Preporučena dubina sekvenciranja
Najmanje 20x/roditelja i 1x/potomstva pojedinca (npr. Za potomstvo potomstva miješanja od 30+30 pojedinaca, dubina sekvenciranja bit će 30x po skupno)
Bioinformatike analize
● Ponovno preispitivanje cijelog genoma
● Obrada podataka
● SNP/Indel pozivanje
● Probir regije kandidata
● Napomena kandidat gena
Uzorak zahtjeva i isporuka
Zahtjevi uzorka:
Nukleotidi:
| uzorak gDNA | Uzorak tkiva |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Biljke: 1-2 g |
| Količina: ≥2 µg (volum ≥15 μl) | Životinje: 0,5-1 g |
| Čistoća: OD260/280 = 1,6-2,5 | Cijela krv: 1,5 ml |
Servisni rad protoka
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Vađenje RNA
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Analiza analiza na euklidskoj udaljenosti (ED) radi identificiranja regije kandidata. Na sljedećoj slici
X-osi: broj kromosoma; Svaka točka predstavlja ED vrijednost SNP -a. Crna linija odgovara ugrađenoj ED vrijednosti. Veća ED vrijednost ukazuje na značajniju povezanost između mjesta i fenotipa. Crvena crta predstavlja prag značajnog udruživanja.
2. Analiza analize temelji se na SNP-index
X-osi: broj kromosoma; Svaka točka predstavlja SNP-indeks vrijednost. Crna linija označava ugrađenu SNP-indeks vrijednost. Što je veća vrijednost, to je značajnija povezanost.
BMK slučaj
Glavni efekt kvantitativni lokus FNL7.1 kodira kasnu embriogenezu obilnog proteina povezanog s duljinom voćnog vrata u krastavcu
Objavljeno: Časopis biljaka biotehnologije, 2020
Strategija sekvenciranja:
Roditelji (JIN5-508, YN): Cjelokupni genom preispitajući se za 34 × i 20 ×.
DNK bazeni (50 dugih vrata i 50 kratkih vrata): rezidentiranje za 61 × 52 ×
Ključni rezultati
U ovom istraživanju, segregacija stanovništva (F2 i F2: 3) generirana je prelaskom linije krastavca s dugim vratima Jin5-508 i kratkim vratima YN. Dva DNK bazena izgradila je 50 ekstremnih pojedinaca s dugim vratima i 50 ekstremnih pojedinaca s kratkim vratima. Qtl major-efekta identificiran je na CHR07 BSA analizom i tradicionalnim QTL mapiranjem. Regija kandidata dodatno je sužena finim mapiranjem, kvantifikacijom ekspresije gena i transgenim eksperimentima, koji su otkrili ključni gen u kontroli duljine vrata, CSFNL7.1. Pored toga, nađeno je da je polimorfizam u CSFNL7.1 promotorskoj regiji povezan s odgovarajućim ekspresijom. Daljnja filogenetska analiza sugerirala je da je lokus FNL7.1 vrlo vjerojatno da će nastati iz Indije.
 QTL-mapiranje u BSA analizi za identificiranje regije kandidata povezana s duljinom vrata krastavca |  LOD profili krastavca QTL-a identificirani na chr07 |
Xu, X. i sur. "Glavni efekt kvantitativni lokus FNL7.1 kodira kasnu embriogenezu koji je obilan protein povezan s duljinom voćnog vrata u krastavcu." Časopis za biljnu biotehnologiju 18.7 (2020).
