Sekvenciranje cijelog genoma biljaka/životinja
1.Prednosti usluge
Veliko iskustvo u sekvencioniranju genoma za više od 1000 vrsta.
Preko 800 objavljenih slučajeva s kumulativnim faktorom utjecaja od preko 4000.
Sveobuhvatna bioinformatička analiza pozivanja varijacija i analize funkcija.
2. Specifikacije usluge
| Platforma | Knjižnica | Preporučena dubina sekvence | |
| Illumina | PE 150 | Za SNP, InDel poziv ≥ 10x Za SV, CNY pozive ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Za SV, CNY pozivanje ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Za SNP, InDel, SV, CNY pozivanje ≥ 10x |
3. Zahtjevi za uzorke
| Platforma | Konc.(ng/μL)
| Količina (ng)
| Čistoća
| Agarozni gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Čisti glavni pojas bez ili s ograničenjemrazgradnja uočena na gelu. 2. Nema ili je ograničena kontaminacija RNA ili proteina
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Ovisi o prinosu podataka 10μg/stanici | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformacijska analiza
5. Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
ekstrakcija DNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Dostava podataka
1) Statistika mapiranja genoma
Tablica 1 Statistika rezultata mapiranja
Slika 1 Distribucija veličine umetka i pokrivenosti čitanja.
2) Otkrivanje varijacija
Slika 2. Statistika i bilješka SNP/INDEL/SV među uzorcima
Slika 3 Distribucija varijacija na razini genoma
3) Funkcionalna anotacija varijacija
| 2019 | Komunikacije s prirodom | Resekvenciranje cijelog genoma otkriva podrijetlo Brassica napus i genetske lokuse uključene u njegovo poboljšanje |
| 2020 | PNAS | Evolucijsko podrijetlo i povijest pripitomljavanja zlatne ribice (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referentni genomi dviju uzgojenih vrsta jute |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomski potpisi alopoliploida povrća i uljarica Brassicajuncea i genetski lokusi koji kontroliraju nakupljanje glukozinolata |
| 2019 | Molekularna biljka | Ponovno sekvencioniranje cijelog genoma svjetske zbirke primjeraka uljane repice otkriva genetsku osnovu njihove divergencije ekotipa |
| 2022 | Istraživanje hortikulture | Analiza povezanosti genoma pruža molekularni uvid u prirodnu varijaciju veličine sjemenki lubenice |
| 2021 | Časopis za eksperimentalnu botaniku | Studija povezivanja na cijelom genomu identificira varijante GhSAD1 koje pamuku daju otpornost na hladnoću |
| 2021 | Časopis za eksperimentalnu botaniku | Studija povezanosti na cijelom genomu i usporedba transkriptoma otkrivaju nove QTL i gene kandidate koji kontroliraju veličinu latica u uljanoj repici |
