Sekvenciranje amplikona (16S/18S/ITS)

Sekvenciranje amplikona (16S/18S/ITS) s Illuminom je metoda analize mikrobne raznolikosti identificiranjem mikrobnih profila prema njihovim sekvencama, a zatim pokušajem dešifriranja bogatstva i raznolikosti zajednice unutar svakog uzorka i između uzoraka. BMKCloud Amplicon (NGS) cjevovod omogućuje analizu 16S, 18S, ITS i više funkcionalnih gena. Počinje s obrezivanjem očitanih podataka, sastavljanjem uparenih krajeva i procjenom kvalitete, nakon čega slijedi grupiranje sličnih očitanih podataka kako bi se generirale operativne taksonomske jedinice (OTU) koje se koriste u šest različitih odjeljaka analize. Taksonomska anotacija pruža informacije o relativnoj brojnosti i sastavu svakog uzorka, dok se analize alfa i beta raznolikosti usredotočuju na mikrobnu raznolikost unutar i između uzoraka. Diferencijalna analiza između skupina pronalazi OTU-e koji se razlikuju korištenjem parametarskih i neparametrijskih testova, dok korelacijska analiza povezuje te razlike s čimbenicima okoliša. Konačno, brojnost funkcionalnih gena predviđa se na temelju brojnosti marker gena, pružajući uvid u funkciju i ekologiju u svakom uzorku.