-
Analiza asocijacije na cijelom genomu
Studija genomske asocijacije (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim svojstvima (fenotip).GWAS studija istražuje genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja jedinki i predviđa povezanost genotipa i fenotipa statističkom analizom na razini populacije.Široko se primjenjuje u istraživanju ljudskih bolesti i funkcionalnom istraživanju gena na složenim svojstvima životinja ili biljaka.
-
Jednojezgreno sekvenciranje RNA
Napredak u hvatanju pojedinačnih stanica i tehnici konstrukcije pojedinačne biblioteke u kombinaciji s visokoproduktivnim sekvenciranjem omogućuje studije ekspresije gena na bazi stanica po stanica.Omogućuje dublju i cjelovitu analizu sustava na složenim staničnim populacijama, pri čemu se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih stanica.
Međutim, neke stanice nisu prikladne za izradu jednostanične suspenzije, pa su potrebne druge metode pripreme uzorka – ekstrakcija jezgre iz tkiva, odnosno jezgra se izravno ekstrahira iz tkiva ili stanice i priprema u suspenziju jedne jezgre za jednostruku sekvenciranje stanica.
BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja RNK jedne stanice.Ova se usluga široko koristi u studijama o studijama vezanim uz bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.
Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomics
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenciranje cijelog genoma biljaka/životinja
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma, također poznato kao WGS, omogućuje otkrivanje uobičajenih i rijetkih mutacija na cijelom genomu uključujući polimorfizam jednog nukleotida (SNP), brisanje umetanja (InDel), varijaciju strukture (SV) i varijaciju broja kopija (CNV). ).SV čine veći dio baze varijacija od SNP-ova i imaju veći utjecaj na genom, što ima značajan učinak na žive organizme.Ponovno sekvencioniranje dugotrajnog očitavanja omogućuje precizniju identifikaciju velikih fragmenata i kompliciranih varijacija jer duga očitavanja uvelike olakšavaju kromosomsko križanje preko kompliciranih regija kao što su tandemska ponavljanja, regije bogate GC/AT i hipervarijabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorni transkriptom
Prostorna organizacija stanica igra vitalnu ulogu u raznim biološkim procesima, kao što su imunološka infiltracija, razvoj embrija, itd. Prostorno sekvenciranje transkriptoma, koje ukazuje na profiliranje ekspresije gena uz zadržavanje informacija o prostornom položaju, pružilo je sjajan uvid u arhitekturu tkiva na razini transkriptoma.S razvojem tehnologije, ultra-jasnu morfologiju tkiva i stvarnu strukturnu razliku prostorne molekularne ekspresije potrebno je proučavati s većom rezolucijom.BMKGENE pruža sveobuhvatnu uslugu prostornog sekvenciranja transkriptoma na jednom mjestu, od uzoraka do bioloških uvida.
Tehnologije prostorne transkriptomike osnažile su nove perspektive u raznolikoj areni istraživanja rješavanjem profila ekspresije gena s prostornim sadržajem u heterogenim uzorcima.
Čip prostornog transkriptoma: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Visium Spatial Gene Expression glavna je tehnologija prostornog sekvenciranja transkriptoma za klasificiranje tkiva na temelju ukupne mRNA.Mapirajte cijeli transkriptom s morfološkim kontekstom kako biste otkrili nove uvide u normalan razvoj, patologiju bolesti i klinička translacijska istraživanja.BMKGENE pruža sveobuhvatnu uslugu prostornog sekvenciranja transkriptoma na jednom mjestu, od uzoraka do bioloških uvida.
Tehnologije prostorne transkriptomike osnažile su nove perspektive u raznolikoj istraživačkoj areni rješavanjem profila ekspresije gena s prostornim sadržajem u heterogenim uzorcima.
Čip prostornog transkriptoma: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore
Sekvenciranje RNA bilo je neprocjenjiv alat za sveobuhvatnu analizu transkriptoma.Nedvojbeno je tradicionalno sekvenciranje kratkog čitanja ovdje postiglo brojne važne napretke.Unatoč tome, često nailazi na ograničenja u identifikaciji izoforme pune duljine, kvantifikaciji, PCR pristranosti.
Nanopore sekvenciranje razlikuje se od ostalih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju izravno bez sinteze DNK i generira dugo čitanje na desetke kilobaza.Ovo omogućuje izravno očitavanje križanjem transkripata pune duljine i suočavanje s izazovima u studijama na razini izoformi.
Platforma:Nanopore PromethION
Knjižnica:cDNA-PCR
-
Sekvenciranje mRNA pune duljine -PacBio
De novosekvenciranje transkriptoma pune duljine, poznato i kaoDe novoIso-Seq koristi prednosti PacBio sekvencera u duljini čitanja, što omogućuje sekvenciranje cDNA molekula pune duljine bez ikakvih prekida.Time se u potpunosti izbjegavaju greške nastale u koracima sastavljanja prijepisa i konstruiraju unigene skupovi s razlučivošću na razini izoforme.Ovaj unigene set pruža moćne genetske informacije kao "referentni genom" na razini transkriptoma.Dodatno, u kombinaciji s podacima o sekvenciranju sljedeće generacije, ova usluga omogućuje točnu kvantifikaciju ekspresije na razini izoforme.
Platforma: PacBio Sequel IIKnjižnica: knjižnica zvona SMRT -
Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućuje profiliranje svih mRNA transkripiranih iz stanica pod određenim uvjetima.To je moćna tehnologija za otkrivanje profila ekspresije gena, strukture gena i molekularnih mehanizama određenih bioloških procesa.Do danas je sekvencioniranje mRNA naširoko korišteno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici, razvoju lijekova itd.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Nereferentno sekvenciranje mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA usvaja tehniku sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za hvatanje glasničke RNA (mRNA) iz eukariota u određenom razdoblju u kojem se neke posebne funkcije aktiviraju.Najduži spojeni transkript nazvan je 'Unigene' i korišten je kao referentna sekvenca za naknadnu analizu, što je učinkovito sredstvo za proučavanje molekularnog mehanizma i regulatorne mreže vrste bez reference.
Nakon sastavljanja podataka transkriptoma i unigene funkcionalne anotacije
(1) Provest će se analiza SSR-a, predviđanje CDS-a i struktura gena.
(2) Provest će se kvantifikacija ekspresije unigena u svakom uzorku.
(3) Diferencijalno izraženi unigeni između uzoraka (ili skupina) otkrit će se na temelju ekspresije unigena
(4) Provest će se grupiranje, funkcionalna anotacija i analiza obogaćivanja različito izraženih unigena
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) vrsta su RNA molekula duljine veće od 200 nt, koje karakterizira izrazito nizak potencijal kodiranja.LncRNA, kao ključni član nekodirajućih RNA, uglavnom se nalazi u jezgri i plazmi.Razvoj tehnologije sekvenciranja i bioinformatike omogućuje identifikaciju brojnih novih lncRNA i njihovo povezivanje s biološkim funkcijama.Akumulirani dokazi sugeriraju da je lncRNA široko uključena u epigenetsku regulaciju, regulaciju transkripcije i regulaciju nakon transkripcije.
