Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Prednosti usluge
● Bez izolacije i uzgoja za profiliranje mikrobne zajednice
● Visoka razlučivost u otkrivanju vrsta s malom brojnošću u uzorcima iz okoliša
● Ideja "meta-" integrira sve biološke značajke na funkcionalnoj razini, razini vrste i genskoj razini, što odražava dinamički pogled koji je bliži stvarnosti.
● BMK skuplja veliko iskustvo u različitim vrstama uzoraka s više od 10.000 obrađenih uzoraka.
Specifikacije usluge
| Platforma | Sekvenciranje | Preporučeni podaci | Vrijeme obrade |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 radnih dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● Sklapanje metagenoma
● Neredundantni skup gena i bilješke
● Analiza raznolikosti vrsta
● Analiza raznolikosti genetičke funkcije
● Inter-grupna analiza
● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
ZaDNK ekstrakti:
| Vrsta uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke iz okoliša:
| Vrsta uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Tlo | Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju. |
| Izmet | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Koža | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzoraka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1.Histogram: Distribucija vrsta
2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putovima
3. Toplinska karta: Diferencijalne funkcije temeljene na relativnoj zastupljenosti gena
4. Circos CARD gena za rezistenciju na antibiotike
BMK slučaj
Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma korijena tla i mangrova
Objavljeno:Časopis opasnih materijala, 2021
Strategija sekvenciranja:
Materijali: DNK ekstrakti četiriju fragmenata povezanih uzoraka korijena mangrove: nezasađeno tlo, rizosfera, episfera i endosfera
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Mete: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 regija
Ključni rezultati
Metagenomsko sekvenciranje i profiliranje metabarkodiranja na kontinuumu tlo-korijen mladica mangrova obrađeni su kako bi se proučila diseminacija gena otpornosti na antibiotike (ARG) iz tla u biljke.Metagenomski podaci otkrili su da je 91,4% gena otpornosti na antibiotike uobičajeno identificirano u sva četiri gore navedena odjeljka tla, što je pokazalo kontinuirani način.Sekvenciranje amplikona 16S rRNA generiralo je 29 285 sekvenci, što predstavlja 346 vrsta.U kombinaciji s profiliranjem vrsta sekvenciranjem amplikona, utvrđeno je da je ovo širenje neovisno o mikrobioti povezanoj s korijenom, međutim, moglo bi se olakšati pokretljivošću genetskih elemenata.Ovo je istraživanje identificiralo protok ARG-a i patogena iz tla u biljke kroz međusobno povezani kontinuum tlo-korijen.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L.(2020).Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-korijen mangrova.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
