Metagenomsko sekvenciranje -ngs
Metagenom je skup ukupnog genetskog materijala miješane zajednice organizama, poput okolišnih i ljudskih metagenoma. Sadrži genome i mikroorganizama koji se mogu kultivirati i nekultivatativni. Metagenomsko sekvenciranje sačmarice s NGS -om omogućava proučavanje ovih zamršenih genomskih pejzaža ugrađenih u uzorke okoliša pružajući više od taksonomskog profiliranja, dajući i granularne uvide u raznolikost vrsta, dinamiku obilja i složene populacijske strukture. Osim taksonomskih studija, metagenomika sačmarice također nudi perspektivu funkcionalne genomike, omogućujući istraživanje kodiranih gena i njihove pretpostavljene uloge u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacijskih mreža između genetskih elemenata i okolišnih čimbenika doprinosi holističkom razumijevanju zamršene interakcije mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. Zaključno, metagenomsko sekvenciranje stoji kao ključni instrument za otkrivanje genomskih zamršenosti različitih mikrobnih zajednica, osvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije unutar ovih složenih ekosustava.
Platforme: Illumina Novaseq i DNBSEQ-T7
Prednosti usluge
●Izolacija i metoda bez uzgoja za profiliranje mikrobne zajednice: Omogućavanje sekvenciranja genetskog materijala iz neobradivih organizama.
●Visoka rezolucija: Otkrivanje vrsta s malim obiljem u uzorcima okoliša.
●Sveobuhvatna analiza bioinformatike:Usredotočen ne samo na taksonomsku raznolikost, već i na funkcionalnu raznolikost zajednice.
●Opsežno iskustvo:Uz uspješno zatvaranje višestrukih metagenomijskih projekata u različitim istraživačkim domenama i obrade preko 200 000 uzoraka, naš tim donosi mnoštvo iskustava svakom projektu.
Specifikacije usluge
| Platforma za sekvenciranje | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni | Kontrola kvalitete |
| Illumina Novaseq ili DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Zahtjevi za uslugu
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupni iznos (NG) | Volumen (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tlo/mulj: 2-3G
● Crijevni sadržaj-životinja: 0,5-2G
● Insect Crijevni sadržaj: 0,1-0,25G
● Površina biljaka (obogaćena sedimenta): 0,5-1G
● Fermentacijska juha obogaćena sedimentom): 0,2-0,5G
● Feeces (velike životinje): 0,5-2G
● Feeces (miš): 3-5Grains
● Tekućina za lavage od plućnog alveolara: filtrirani papir
● Vaginalni bris: 5-6 brisa
● Koža/genitalni bris/slina/oralno meko tkivo/faringealni bris/rektalni bris: 2-3 brisa
● Površinski mikroorganizam: 5-6 brisa
● Waterbody/Air/Biofilm: Filter Papir
● Endofiti: 2-3G
● Zubna ploča: 0,5-1G
Servisni rad protoka
Dostava uzorka
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete sekvenciranja podataka
● Sastavljanje metagenoma i predviđanje gena
● Napomena gena
● Analiza taksonomske alfa raznolikosti
● Funkcionalna analiza zajednice: biološka funkcija, metabolička, otpornost na antibiotike
● Analiza i funkcionalne i taksonomske raznolikosti:
Analiza beta raznolikosti
Analiza među skupinama
Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti
Funkcionalna analiza: rezistencija na antibiotike s karticama
Diferencijalna analiza metaboličkih puteva KEGG -a: toplotna mapa značajnih putova
Alfa raznolikost taksonomske distribucije: ACE indeks
Beta raznolikost taksonomske distribucije: PCOA
Istražite napredovanje koje je omogućilo BMKGENE -ove usluge sekvenciranja metagenoma s Illuminom kroz kuriranu zbirku publikacija.
Hai, Q. i sur. (2023.) 'Metagenomska i metabolomska analiza promjena u crijevnom sadržaju duge pastrve (oncorhynchus mykiss) zaražena virusom zaraznih hematopoetskih nekroza na različitim temperaturama vode u kulturi',Granice u mikrobiologiji, 14, str. 1275649. Doi: 10.3389/fMICB.2023.1275649.
Mao, C. i sur. (2023.) 'Mikrobne zajednice, geni otpornosti i otporni rizici u urbanim jezerima različitih trofičkih stanja: unutarnje veze i vanjski utjecaji',Časopis za napredak opasnih materijala, 9, str. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. i sur. (2022) 'Metagenomska analiza otkrila je razlike u sastavu i funkciji između tekućine povezanih i čvrsto povezanih mikroorganizama ovčjih rumena',Granice u mikrobiologiji, 13, str. 851567. Doi: 10.3389/fMICB.2022.851567.
Yin, J. i sur. (2023.) 'Pretilo Ningxiang Microbiota izvedena iz svinjskog rewira metabolizam karnitina za promicanje taloženja mišićnih masnih kiselina kod mršavih dly svinja',Inovacija, 4 (5), str. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. i sur. (2023.) 'Metagenomski uvid u potencijalne rizike reprezentativnih bio/ne-razgradljivih plastičnih i neplastičnih krhotina u gornjem i donjem toku ušća Haihe, Kina',Znanost o ukupnom okruženju, 887, str. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
