glava_stranice_bg

Proizvodi

Metagenomsko sekvenciranje -NGS

Metagenom se odnosi na zbirku ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, metagenom čovjeka itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i mikroorganizama koji se ne mogu uzgajati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Studija slučaja

Prednosti usluge

● Bez izolacije i uzgoja za profiliranje mikrobne zajednice

● Visoka razlučivost u otkrivanju vrsta s malom brojnošću u uzorcima iz okoliša

● Ideja "meta-" integrira sve biološke značajke na funkcionalnoj razini, razini vrste i genskoj razini, što odražava dinamički pogled koji je bliži stvarnosti.

● BMK skuplja veliko iskustvo u različitim vrstama uzoraka s više od 10.000 obrađenih uzoraka.

Specifikacije usluge

 Platforma

Sekvenciranje

Preporučeni podaci

Vrijeme obrade

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 radnih dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka

● Sklapanje metagenoma

● Neredundantni skup gena i bilješke

● Analiza raznolikosti vrsta

● Analiza raznolikosti genetičke funkcije

● Inter-grupna analiza

● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima

liuchengtu11

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke:

ZaDNK ekstrakti:

Vrsta uzorka

Iznos

Koncentracija

Čistoća

DNK ekstrakti

> 100 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke iz okoliša:

Vrsta uzorka

Preporučeni postupak uzorkovanja

Tlo

Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju.

Izmet

Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.

Crijevni sadržaj

Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.

Mulj

Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju

Vodeno tijelo

Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.

Koža

Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzoraka

Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tijek rada usluge

logo_02

Dostava uzoraka

logo_04

Izgradnja knjižnice

logo_05

Sekvenciranje

logo_06

Analiza podataka

logo_07

Usluge nakon prodaje


  • Prethodna:
  • Sljedeći:

  • 1.Histogram: Distribucija vrsta

    3

    2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putovima

    4

    3. Toplinska karta: Diferencijalne funkcije temeljene na relativnoj zastupljenosti gena54. Circos CARD gena za rezistenciju na antibiotike

    6

    BMK slučaj

    Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma korijena tla i mangrova

    Objavljeno:Časopis opasnih materijala, 2021

    Strategija sekvenciranja:

    Materijali: DNK ekstrakti četiriju fragmenata povezanih uzoraka korijena mangrove: nezasađeno tlo, rizosfera, episfera i endosfera
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Mete: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 regija

    Ključni rezultati

    Metagenomsko sekvenciranje i profiliranje metabarkodiranja na kontinuumu tlo-korijen mladica mangrova obrađeni su kako bi se proučila diseminacija gena otpornosti na antibiotike (ARG) iz tla u biljke.Metagenomski podaci otkrili su da je 91,4% gena otpornosti na antibiotike uobičajeno identificirano u sva četiri gore navedena odjeljka tla, što je pokazalo kontinuirani način.Sekvenciranje amplikona 16S rRNA generiralo je 29 285 sekvenci, što predstavlja 346 vrsta.U kombinaciji s profiliranjem vrsta sekvenciranjem amplikona, utvrđeno je da je ovo širenje neovisno o mikrobioti povezanoj s korijenom, međutim, moglo bi se olakšati pokretljivošću genetskih elemenata.Ovo je istraživanje identificiralo protok ARG-a i patogena iz tla u biljke kroz međusobno povezani kontinuum tlo-korijen.

    Referenca

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L.(2020).Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-korijen mangrova.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    dobiti citat

    Ovdje napišite svoju poruku i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: