Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom je skup ukupnog genetskog materijala miješane zajednice organizama, kao što su okolišni i ljudski metagenomi. Sadrži genome i kultiviranih i nekultiviranih mikroorganizama. Metagenomsko sekvenciranje "sačmaricom" s NGS-om omogućuje proučavanje ovih složenih genomskih krajolika ugrađenih u uzorke iz okoliša pružajući više od taksonomskog profiliranja, dajući i detaljan uvid u raznolikost vrsta, dinamiku brojnosti i složene populacijske strukture. Osim taksonomskih studija, metagenomika "sačmaricom" nudi i perspektivu funkcionalne genomike, omogućujući istraživanje kodiranih gena i njihovih pretpostavljenih uloga u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacijskih mreža između genetskih elemenata i čimbenika okoliša doprinosi holističkom razumijevanju složene interakcije između mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. Zaključno, metagenomsko sekvenciranje predstavlja ključni instrument za razotkrivanje genomskih zamršenosti različitih mikrobnih zajednica, osvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije unutar ovih složenih ekosustava.
Platforme: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
Prednosti usluge
●Metoda profiliranja mikrobne zajednice bez izolacije i uzgojaOmogućavanje sekvenciranja genetskog materijala iz organizama koji se ne mogu uzgajati.
●Visoka rezolucijaDetekcija vrsta s malom abundancijom u uzorcima okoliša.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza:Usredotočen ne samo na taksonomsku raznolikost već i na funkcionalnu raznolikost zajednice.
●Opsežno iskustvo:S iskustvom u uspješnom zatvaranju više metagenomskih projekata u raznim istraživačkim područjima i obradi preko 200 000 uzoraka, naš tim u svaki projekt unosi bogato iskustvo.
Specifikacije usluge
| Platforma za sekvenciranje | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| Illumina NovaSeq ili DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Zahtjevi za uslugu
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tlo/mulj: 2-3 g
● Sadržaj crijeva - životinja: 0,5-2 g
● Sadržaj crijeva - kukac: 0,1-0,25 g
● Površina biljke (obogaćeni sediment): 0,5-1 g
● Sediment obogaćen fermentacijskom juhom): 0,2-0,5 g
● Izmet (velike životinje): 0,5-2 g
● Izmet (mišji): 3-5 zrna
● Tekućina za ispiranje plućnih alveola: filter papir
● Vaginalni bris: 5-6 briseva
● Bris kože/genitalija/sline/mekog tkiva usne šupljine/bris ždrijela/bris rektuma: 2-3 brisa
● Površinski mikroorganizam: 5-6 briseva
● Vodena površina/zrak/biofilm: filter papir
● Endofiti: 2-3 g
● Zubni plak: 0,5-1 g
Tijek rada usluge
Dostava uzorka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete podataka sekvenciranja
● Sastavljanje metagenoma i predviđanje gena
● Anotacija gena
● Analiza taksonomske alfa raznolikosti
● Funkcionalna analiza zajednice: biološka funkcija, metabolizam, otpornost na antibiotike
● Analiza funkcionalne i taksonomske raznolikosti:
Analiza beta raznolikosti
Međugrupna analiza
Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti OUT-a
Funkcionalna analiza: CARD otpornost na antibiotike
Diferencijalna analiza KEGG metaboličkih putova: toplinska karta značajnih putova
Alfa raznolikost taksonomske distribucije: ACE indeks
Beta raznolikost taksonomske distribucije: PCoA
Istražite napredak koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja metagenoma s Illuminom putem odabrane kolekcije publikacija.
Hai, Q. i dr. (2023.) 'Metagenomska i metabolomska analiza promjena u crijevnom sadržaju kalifornijske pastrve (Oncorhynchus mykiss) zaražene virusom zarazne hematopoetske nekroze pri različitim temperaturama vode za uzgoj',Granice u mikrobiologiji, 14, str. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. i dr. (2023.) 'Mikrobne zajednice, geni otpornosti i rizici rezistoma u urbanim jezerima različitih trofičkih stanja: Unutarnje veze i vanjski utjecaji',Časopis za napredak u području opasnih materijala, 9, str. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. i dr. (2022.) 'Metagenomska analiza otkrila je razlike u sastavu i funkciji između mikroorganizama povezanih s tekućinom i krutim tvarima u ovčjem buragu',Granice u mikrobiologiji, 13, str. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. i dr. (2023.) 'Mikrobiota pretilih svinja pasmine Ningxiang mijenja metabolizam karnitina kako bi se potaknulo taloženje masnih kiselina u mišićima kod mršavih svinja s DLY-jem',Inovacija, 4(5), str. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. i dr. (2023.) 'Metagenomski uvidi u potencijalne rizike reprezentativnog bio/nerazgradivog plastičnog i neplastičnog otpada u gornjem i donjem toku estuarija Haihe, Kina',Znanost o cjelokupnom okolišu, 887, str. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
