-
PacBio - Sekvenciranje amplikona pune duljine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je s dugogodišnjim iskustvom u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prikazani su u obliku projektnih izvješća; Sadržaj personalizirane analize je raznolik. Uzorci se mogu odabrati, a parametri se mogu fleksibilno postaviti prema osnovnom izvješću o analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi. Windows operativni sustav, jednostavan i brz.
-
PacBio - transkriptom pune duljine (nereferenca)
Koristeći podatke sekvenciranja izoformi Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati transkriptne sekvence pune duljine (bez sastavljanja). Mapiranjem sekvenci pune duljine u odnosu na referentni genom, transkripti se mogu optimizirati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regijama itd. U tom slučaju, može se postići točnija identifikacija struktura mRNA, poput alternativnog spajanja itd. Zajednička analiza s podacima sekvenciranja transkriptoma NGS omogućuje sveobuhvatniju anotaciju i točniju kvantifikaciju ekspresije na razini transkripta, što uvelike koristi nizvodnoj diferencijalnoj ekspresiji i funkcionalnoj analizi.
-
Alati
BMKCloud je vodeća bioinformatička platforma koja pruža sveobuhvatno rješenje za genomske programe, a kojoj vjeruju istraživači u raznim područjima, uključujući medicinu, poljoprivredu, okoliš itd. BMKCloud je posvećen pružanju integriranih, pouzdanih i učinkovitih usluga, uključujući platforme i alate za bioinformatičku analizu, računalne resurse, javne baze podataka, bioinformatičke online tečajeve itd. BMKCloud ima razne često korištene bioinformatičke alate, uključujući anotaciju gena, evolucijske genetske alate, ncRNA, kontrolu kvalitete podataka, sastavljanje, poravnanje, ekstrakciju podataka, mutacije, statistiku, generator slika, analizu sekvenci itd.
-
Mala RNK
Male RNA su vrsta kratkih nekodirajućih RNA s prosječnom duljinom od 18-30 nt, uključujući miRNA, siRNA i piRNA. Za ove male RNA masovno je zabilježeno da su uključene u različite biološke procese poput degradacije mRNA, inhibicije translacije, stvaranja heterokromatina itd. Analiza sekvenciranja malih RNA široko se primjenjuje u studijama o razvoju životinja/biljaka, bolestima, virusima itd. Platforma za analizu sekvenciranja malih RNA sastoji se od standardne analize i naprednog rudarenja podataka. Na temelju RNA-seq podataka, standardna analiza može postići identifikaciju i predviđanje miRNA, predviđanje ciljnih gena miRNA, analizu anotacije i ekspresije. Napredna analiza omogućuje prilagođeno pretraživanje i ekstrakciju miRNA, generiranje Vennovog dijagrama, izgradnju mreže miRNA i ciljnih gena.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma za analizu ponovnog sekvenciranja cijelog genoma, razvijena na temelju bogatog iskustva u tehnologijama biomarkera. Ova jednostavna platforma omogućuje brzo slanje integriranog tijeka analize jednostavnim postavljanjem nekoliko osnovnih parametara, što odgovara podacima sekvenciranja DNK generiranim s Illumina platforme i BGI platforme za sekvenciranje. Ova platforma je raspoređena na visokoučinkovitom računalnom poslužitelju, što omogućuje vrlo učinkovitu analizu podataka u vrlo ograničenom vremenu. Personalizirano rudarenje podataka dostupno je na temelju standardne analize, uključujući upit mutiranih gena, dizajn PCR primera itd.
-
mRNA (referenca)
Transkriptom je veza između genomskih genetskih informacija i proteoma biološke funkcije. Regulacija na transkripcijskoj razini najvažniji je i najšire proučavani način regulacije organizama. Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kojem trenutku ili pod bilo kojim uvjetima, s rezolucijom točnom na jedan nukleotid. Može dinamički odražavati razinu transkripcije gena, istovremeno identificirati i kvantificirati rijetke i normalne transkripte te pružiti strukturne informacije o transkriptima specifičnim za uzorak.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma široko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim područjima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, prilagodbu okolišu, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta te otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
-
Metagenomika (NGS)
Ova analitička platforma dizajnirana je za analizu metagenomskih podataka na temelju dugogodišnjeg iskustva. Sastoji se od integriranog tijeka rada koji sadrži razne uobičajeno potrebne metagenomske analize, uključujući obradu podataka, studije na razini vrste, studije na razini funkcije gena, metagenomsko grupiranje itd. Osim toga, prilagođeni alati za rudarenje podataka dostupni su uz standardni tijek rada analize, uključujući upite o genima i vrstama, postavljanje parametara, generiranje personaliziranih slika itd.
-
LncRNA
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) su vrsta transkripata duljine veće od 200 nt, koje ne mogu kodirati proteine. Kumulativni dokazi upućuju na to da je većina lncRNA vrlo vjerojatno funkcionalna. Tehnologije sekvenciranja visokog protoka i bioinformatički alati za analizu omogućuju nam učinkovitije otkrivanje sekvenci lncRNA i informacija o pozicioniranju te nas vode do otkrivanja lncRNA s ključnim regulatornim funkcijama. BMKCloud s ponosom pruža svojim klijentima platformu za analizu sekvenciranja lncRNA kako bi se postigla brza, pouzdana i fleksibilna analiza lncRNA.
-
GWAS
Studija asocijacije na razini cijelog genoma (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim osobinama (fenotip). GWA studije istražuju genetske markere koji prolaze kroz cijeli genom velikog broja jedinki i predviđaju asocijacije genotip-fenotip statističkom analizom na razini populacije. Resekvenciranje cijelog genoma potencijalno može otkriti sve genetske varijante. U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi kako bi se identificirali SNP-ovi, QTL-ovi i kandidatski geni povezani s fenotipom, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljaka. SLAF je samostalno razvijena pojednostavljena strategija sekvenciranja genoma koja otkriva markere distribuirane na razini cijelog genoma, SNP-ove. Ovi SNP-ovi, kao molekularno-genetski markeri, mogu se obraditi za studije asocijacije s ciljanim osobinama. To je isplativa strategija u identificiranju složenih osobina povezanih s genetskim varijacijama.
-
Nanopore transkriptomike pune duljine
Složene i varijabilne alternativne izoforme u organizmima važni su genetski mehanizmi za regulaciju ekspresije gena i raznolikosti proteina. Točna identifikacija transkriptnih struktura osnova je za dubinsko proučavanje obrazaca regulacije ekspresije gena. Platforma za sekvenciranje Nanopore uspješno je dovela transkriptomsku studiju na razinu izoformi. Ova analitička platforma dizajnirana je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na platformi Nanopore na temelju referentnog genoma, čime se postižu kvalitativne i kvantitativne analize i na razini gena i na razini transkripata.
-
cirkularna RNA
Kružna RNA (circRNA) je vrsta nekodirajuće RNA za koju je nedavno otkriveno da igra vitalnu ulogu u regulatornim mrežama uključenim u razvoj, otpornost na okoliš itd. Za razliku od linearnih molekula RNA, npr. mRNA, lncRNA, 3′ i 5′ krajevi circRNA spojeni su zajedno u kružnu strukturu, što ih štiti od probave egzonukleaze i stabilnije su od većine linearnih RNA. Utvrđeno je da CircRNA ima različite funkcije u regulaciji ekspresije gena. CircRNA može djelovati kao ceRNA, koja se kompetitivno veže za miRNA, poznata kao miRNA spužva. Platforma za analizu sekvenciranja CircRNA omogućuje analizu strukture i ekspresije circRNA, predviđanje ciljeva i zajedničku analizu s drugim vrstama molekula RNA.
-
Poslovno bilježenje
Platforma za skupnu segregacijsku analizu sastoji se od jednostepene standardne analize i napredne analize s prilagođenim postavljanjem parametara. BSA je tehnika koja se koristi za brzu identifikaciju genetskih markera povezanih s fenotipom. Glavni tijek rada BSA uključuje: 1. odabir dvije skupine pojedinaca s izrazito suprotnim fenotipovima; 2. objedinjavanje DNA, RNA ili SLAF-sekvenciranja (razvijeno od strane Biomarkera) svih pojedinaca kako bi se formirala dva skupa DNA; 3. identificiranje diferencijalnih sekvenci u odnosu na referentni genom ili između, 4. predviđanje kandidatskih povezanih regija pomoću ED i SNP-indeks algoritma; 5. Funkcionalna analiza i obogaćivanje gena u kandidatskim regijama itd. Dostupno je i naprednije rudarenje podataka, uključujući probir genetskih markera i dizajn primera.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je s dugogodišnjim iskustvom u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prikazani su u obliku projektnih izvješća; Sadržaj personalizirane analize je raznolik. Uzorci se mogu odabrati, a parametri se mogu fleksibilno postaviti prema osnovnom izvješću o analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi. Windows operativni sustav, jednostavan i brz.
