-
PacBio-sekvenciranje amplikona pune duljine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je na temelju godina iskustva u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih istraživanja mikroba, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prezentirani su u obliku projektnih izvješća;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu odabrati i parametri se mogu fleksibilno postaviti prema izvješću o osnovnoj analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi.Operativni sustav Windows, jednostavan i brz.
-
PacBio-Transkriptom pune dužine (bez reference)
Uzimajući podatke o sekvenciranju izoformi Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence prijepisa pune duljine (bez sklapanja).Mapiranjem sekvenci pune duljine prema referentnom genomu, transkripti se mogu optimizirati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regijama, itd. U ovom slučaju, može se postići točnija identifikacija struktura mRNA, kao što je alternativno spajanje, itd.Zajednička analiza s podacima o sekvenciranju NGS transkriptoma omogućuje sveobuhvatniju oznaku i točniju kvantifikaciju u ekspresiji na razini transkripta, što uvelike koristi nizvodnoj diferencijalnoj ekspresiji i funkcionalnoj analizi.
-
Alati
BMKCloud je vodeća bioinformatička platforma koja pruža sveobuhvatno rješenje za genomske programe, kojoj vjeruju istraživači u raznim područjima uključujući medicinu, poljoprivredu, zaštitu okoliša itd. BMKCloud je predan pružanju integriranih, pouzdanih i učinkovitih usluga uključujući platforme i alate za bioinformatičku analizu , računalni resursi, javna baza podataka, bioinformatički online tečajevi, itd. BMKCloud ima razne često korištene bioinformatičke alate uključujući genske bilješke, evolucijske genetske alate, ncRNA, kontrolu kvalitete podataka, sastavljanje, poravnanje, ekstrakciju podataka, mutacije, statistiku, generator brojki, slijed analiza, itd.
-
mala RNA
Male RNA su tip kratke nekodirajuće RNA s prosječnom duljinom od 18-30 nt, uključujući miRNA, siRNA i piRNA.Za ove male RNA se masovno izvještava da su uključene u razne biološke procese kao što su degradacija mRNA, inhibicija translacije, formiranje heterokromatina, itd. Mala RNA analiza sekvenciranja naširoko se primjenjuje u studijama o razvoju životinja/biljki, bolesti, virusa itd. Mala RNA platforma za analizu sekvenciranja sastoji se od standardne analize i naprednog rudarenja podataka.Na temelju RNA-seq podataka, standardna analiza može postići identifikaciju i predviđanje miRNA, predviđanje ciljnog gena miRNA, analizu anotacija i ekspresije.Napredna analiza omogućuje prilagođeno pretraživanje i ekstrakciju miRNA, generiranje Vennovog dijagrama, izgradnju miRNA i mreže ciljnih gena.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma za analizu ponovnog sekvenciranja cijelog genoma, koja je razvijena na temelju bogatog iskustva u Biomarker Technologies.Ova platforma jednostavna za korištenje omogućuje brzo podnošenje integriranog tijeka analize jednostavnim postavljanjem nekoliko osnovnih parametara, koji odgovaraju podacima o sekvenciranju DNK generiranima s platforme Illumina i platforme za sekvenciranje BGI.Ova je platforma postavljena na računalni poslužitelj visokih performansi, koji omogućuje vrlo učinkovitu analizu podataka u vrlo ograničenom vremenu.Personalizirano rudarenje podataka dostupno je na temelju standardne analize, uključujući upit mutiranog gena, dizajn PCR primera itd.
-
mRNA (referenca)
Transkriptom je poveznica između genomske genetske informacije i proteoma biološke funkcije.Regulacija razine transkripcije najvažniji je i najčešće proučavan način regulacije organizama.Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kojem trenutku ili pod bilo kojim uvjetima, s rezolucijom točnom do jednog nukleotida. Može dinamički odražavati razinu transkripcije gena, istovremeno identificirati i kvantificirati rijetke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije uzorak specifičnih prijepisa.
Trenutačno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma naširoko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim poljima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, prilagodbu okolišu, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
-
Metagenomika (NGS)
Ova platforma za analizu dizajnirana je za analizu metagenomskih podataka sačmarice na temelju godina iskustva.Sastoji se od integriranog tijeka rada koji sadrži različite najčešće potrebne metagenomske analize uključujući obradu podataka, studije na razini vrste, studije na razini funkcije gena, združivanje metagenoma itd. Osim toga, prilagođeni alati za rudarenje podataka dostupni su u standardnom tijeku rada analize, uključujući upite o genima i vrstama , postavljanje parametara, generiranje personaliziranih brojki itd.
-
LncRNA
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) vrsta su transkripata duljine veće od 200 nt, koji ne mogu kodirati proteine.Akumulirani dokazi sugeriraju da je većina lncRNA vrlo vjerojatno funkcionalna.Tehnologije sekvenciranja visoke propusnosti i alati za bioinformatičku analizu omogućuju nam učinkovitije otkrivanje sekvenci lncRNA i informacija o pozicioniranju te nas vode do otkrivanja lncRNA s ključnim regulatornim funkcijama.BMKCloud s ponosom pruža našim klijentima platformu za analizu sekvenciranja lncRNA za postizanje brze, pouzdane i fleksibilne analize lncRNA.
-
GWAS
Studija genomske asocijacije (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim svojstvima (fenotip).GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja jedinki i predviđaju povezanost genotipa i fenotipa statističkom analizom na razini populacije.Ponovno sekvencioniranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante.U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi za identifikaciju SNP-ova povezanih s fenotipom, QTL-ova i gena kandidata, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki.SLAF je samorazvijena strategija pojednostavljenog sekvencioniranja genoma, koja otkriva markere raspodijeljene po čitavom genomu, SNP.Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti s ciljanim svojstvima.To je isplativa strategija u identificiranju složenih osobina povezanih s genetskim varijacijama.
-
Nanopore Transkriptomija pune duljine
Složene i varijabilne alternativne izoforme u organizmima su važni genetski mehanizmi za regulaciju ekspresije gena i raznolikosti proteina.Točna identifikacija struktura transkripta temelj je za dubinsko proučavanje obrazaca regulacije ekspresije gena.Nanopore platforma za sekvenciranje uspješno je dovela transkriptomsku studiju na razinu izoforme.Ova platforma za analizu dizajnirana je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na platformi Nanopore na temelju referentnog genoma, čime se postižu kvalitativne i kvantitativne analize na razini gena i razini transkripata.
-
circ-RNA
Cirkularna RNA (circRNA) je vrsta nekodirajuće RNA, za koju je nedavno otkriveno da ima vitalnu ulogu u regulatornim mrežama uključenim u razvoj, otpornost okoliša, itd. Razlikuje se od linearnih RNA molekula, npr. mRNA, lncRNA, 3' i 5' krajevi circRNA spojeni su u kružnu strukturu, što ih štiti od probave egzonukleaze i stabilniji su od većine linearnih RNA.Utvrđeno je da CircRNA ima različite funkcije u regulaciji ekspresije gena.CircRNA može djelovati kao ceRNA, koja kompetitivno veže miRNA, poznata kao miRNA spužva.CircRNA platforma za analizu sekvenciranja omogućuje analizu strukture i ekspresije circRNA, predviđanje cilja i zajedničku analizu s drugim tipovima RNA molekula
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis sastoji se od standardne analize u jednom koraku i napredne analize s prilagođenim postavkama parametara.BSA je tehnika koja se koristi za brzo identificiranje genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tijek rada BSA uključuje: 1. odabir dviju skupina pojedinaca s izrazito suprotnim fenotipovima;2. objedinjavanje DNA, RNA ili SLAF-seq (razvio Biomarker) svih pojedinaca kako bi se formirala dva skupa DNA;3. identificiranje diferencijalnih sekvenci u odnosu na referentni genom ili između, 4. predviđanje kandidata povezanih regija pomoću ED i SNP-indeks algoritma;5. Funkcionalna analiza i obogaćivanje gena u regijama kandidatima, itd. Dostupno je i naprednije istraživanje podataka uključujući probir genetskih markera i dizajn početnica.
