-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom se odnosi na zbirku ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, metagenom čovjeka itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i mikroorganizama koji se ne mogu uzgajati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i obilju vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša itd. Platforme za sekvenciranje nanopora nedavno su uvedene na metagenomske studije.Njegova izvanredna izvedba u duljini čitanja uvelike je poboljšala nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sastavljanje metagenoma.Koristeći prednosti duljine čitanja, metagenomska studija temeljena na nanoporima može postići kontinuiranije sklapanje u usporedbi s metagenomikom sačmarice.Objavljeno je da je metagenomika temeljena na nanoporama uspješno generirala potpune i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020.)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio
Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko očuvane i hiper-varijabilne regije savršen je molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ti se amplikoni mogu ciljati na temelju očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti karakterizirati za mikrobnu identifikaciju, pridonoseći studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju itd. Pojedinačna molekula u stvarnom vremenu (SMRT) ) sekvenciranje PacBio platforme omogućuje dobivanje vrlo preciznih dugih čitanja, koja bi mogla pokriti amplikone pune duljine (približno 1,5 Kb).Širi pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao rezoluciju u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.
Platforma:PacBio nastavak II
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Sekvenciranje amplikona 16S/18S/ITS ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa i suradnika (1977.) omogućuje profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i unutarnje transkribirane razmaknice (ITS, gljive) omogućuje identifikaciju kako rasprostranjenih vrsta, tako i rijetkih i neidentificiranih vrsta.Ova tehnologija je postala naširoko primjenjiv i glavni alat za identifikaciju različitog sastava mikroba u različitim okruženjima, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica ključan je alat za kompletiranje genoma poznatih bakterija i gljivica, kao i za usporedbu višestrukih genoma ili mapiranje genoma novih organizama.Od velike je važnosti sekvencirati čitave genome bakterija i gljivica kako bi se generirali točni referentni genomi, radila identifikacija mikroba i druge komparativne studije genoma.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje metatranskriptoma
Sekvenciranje metatranskriptoma identificira ekspresiju gena mikroba (i eukariota i prokariota) unutar prirodnog okruženja (tj. tla, vode, mora, izmeta i crijeva). Konkretno, ove usluge omogućuju vam da dobijete profil ekspresije cijelog gena složenih mikrobnih zajednica, taksonomsku analizu vrsta, analiza funkcionalnog obogaćivanja različito izraženih gena i više.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Genom gljiva
Biomarker Technologies omogućuje pregled genoma, fini genom i potpuni genom gljivica ovisno o specifičnom cilju istraživanja.Sekvenciranje genoma, sastavljanje i funkcionalna anotacija mogu se postići kombinacijom sekvenciranja sljedeće generacije + sekvenciranja treće generacije kako bi se postigla sekvencija genoma na visokoj razini.Hi-C tehnologija također se može koristiti za olakšavanje sastavljanja genoma na razini kromosoma.
Platforma:PacBio nastavak II
Nanopore PromethION P48
Platforma Illumina NovaSeq
-
Kompletan genom bakterija
Biomarker Technologies pruža uslugu sekvencioniranja konstruiranja potpunog genoma bakterija s nultim razmakom.Glavni radni tijek izgradnje kompletnog genoma bakterija uključuje sekvenciranje treće generacije, sastavljanje, funkcionalnu anotaciju i naprednu bioinformatičku analizu ispunjavajući specifične istraživačke ciljeve.Sveobuhvatnije profiliranje genoma bakterija omogućuje otkrivanje temeljnih mehanizama u podlozi njihovih bioloških procesa, što bi također moglo pružiti vrijednu referencu za genomska istraživanja viših eukariotskih vrsta
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq platforma
PacBio nastavak II
