Toplinska karta
Alat Heatmap prihvaća matričnu datoteku podataka kao ulaz i omogućuje korisnicima filtriranje, normalizaciju i grupiranje podataka. Primarna upotreba toplinskih mapa je klaster analiza razine ekspresije gena između različitih uzoraka.
Anotacija gena
Alat za anotaciju gena izvodi anotaciju gena na temelju poravnanja sekvenci ulaznih FASTA datoteka u odnosu na različite baze podataka.
Osnovni alat za pretraživanje lokalnog poravnanja (BLAST)
Alat BLAST je integrirana verzija NCBI BLAST-a u BMKCloud i može se koristiti za obavljanje istih funkcija koristeći podatke prenesene na BMKCloud račun.
Predviđanje CDS_UTR-a
Alat za predviđanje CDS_UTR dizajniran je za predviđanje kodirajućih regija (CDS) i nekodirajućih regija (UTR) u zadanim transkriptnim sekvencama na temelju BLAST rezultata u odnosu na poznate baze podataka proteina i ishode predviđanja ORF-a.
Radnja na Manhattanu
Alat Manhattan Plot omogućuje prikaz eksperimenata s velikim uzorkom i često se koristi u studijama asocijacije na razini cijelog genoma (GWAS).
Dijagram Circosa
Alat CIRCOS Diagram omogućuje učinkovitu vizualizaciju raspodjele genomskih značajki po genomu. Uobičajene značajke uključuju kvantitativne lokuse, SNP-ove, InDele, strukturne varijante i varijante broja kopija.
Obogaćivanje genske ontologije (GO)
Alat za obogaćivanje GO omogućuje analizu funkcionalnog obogaćivanja. Primarni softver u ovom alatu je paket TopGO-Bioconductor, koji uključuje analizu diferencijalne ekspresije, analizu obogaćivanja GO i vizualizaciju rezultata.
Analiza mreže ponderirane koekspresije gena (WGCNA)
WGCNA je široko korištena metoda rudarenja podataka za otkrivanje modula za koekspresiju gena. Primjenjiva je na različite skupove podataka o ekspresiji, uključujući podatke o ekspresiji gena dobivene mikročipovima i NGS-om.
InterProScan
Alat InterProScan omogućuje analizu i klasifikaciju InterPro proteinskih sekvenci.
GO KEGG obogaćivanje
Alat za obogaćivanje GO KEGG-a dizajniran je za generiranje histograma obogaćivanja GO, histograma obogaćivanja KEGG-a i puta obogaćivanja KEGG-a na temelju zadanog skupa gena i odgovarajuće anotacije.