Toplinska karta
Datoteka matričnih podataka koristi se za crtanje toplinske karte, koja može filtrirati, normalizirati i grupirati matrične podatke.Uglavnom se koristi za klaster analizu razine ekspresije gena između različitih uzoraka.
Anotacija gena
Anotacija funkcije gena izvodi se mapiranjem sekvenci u FASTA datoteci prema različitim bazama podataka.
Anotacija gena
Alat za osnovno pretraživanje lokalnog poravnanja
CDS_UTR_Predviđanje
Ovaj je alat osmišljen za predviđanje kodirajućih regija (CDS) i nekodirajućih regija (UTR) u danim sekvencama transkripta na temelju razbijanja poznate baze podataka proteina i predviđanja ORF-a.
Manhattanska parcela
Manhattan plot omogućuje prikaz podataka s velikim brojem podatkovnih točaka.Obično se koristi u studijama genomske povezanosti (GWAS).
Circos
CIRCOS dijagram omogućuje izravan prikaz distribucija SNP, InDeL, SV, CNV na genomu.
GO_Obogaćivanje
TopGO je alat namijenjen funkcionalnom obogaćivanju.TopGO-Bioconductor paket sastoji se od analize diferencijalne ekspresije, analize obogaćivanja GO i vizualizacije rezultata.Generirati će mapu s izlazom pod nazivom "Grafikon", koja sadrži rezultate za topGO_BP, topGO_CC i topGO_MF.
WGCNA
WGCNA je široko korištena metoda rudarenja podataka za otkrivanje modula koekspresije gena.Primjenjiv je na različite skupove podataka o ekspresiji uključujući podatke mikronizova i podatke o ekspresiji gena koji potječu iz sekvenciranja sljedeće generacije.
InterProScan
InterPro analiza sekvenci proteina i klasifikacija
GO_KEGG_Obogaćivanje
Ovaj je alat dizajniran za generiranje histograma obogaćivanja GO, histograma obogaćivanja KEGG-a i putanje obogaćivanja KEGG-a na temelju dobivenog skupa gena i odgovarajuće napomene.