BMKCloud Log in
条形banner-03

Transkriptomika

  • Jednojezgreno sekvenciranje RNA

    Jednojezgreno sekvenciranje RNA

    Napredak u hvatanju pojedinačnih stanica i tehnici konstrukcije pojedinačne biblioteke u kombinaciji s visokoproduktivnim sekvenciranjem omogućuje studije ekspresije gena na bazi stanica po stanica.Omogućuje dublju i cjelovitu analizu sustava na složenim staničnim populacijama, pri čemu se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih stanica.

    Međutim, neke stanice nisu prikladne za izradu jednostanične suspenzije, pa su potrebne druge metode pripreme uzorka – ekstrakcija jezgre iz tkiva, odnosno jezgra se izravno ekstrahira iz tkiva ili stanice i priprema u suspenziju jedne jezgre za jednostruku sekvenciranje stanica.

    BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja RNK jedne stanice.Ova se usluga široko koristi u studijama o studijama vezanim uz bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.

    Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomics

    Platforma: Illumina NovaSeq platforma

  • BMKMANU S1000 prostorni transkriptom

    BMKMANU S1000 prostorni transkriptom

    Prostorna transkriptomika prednjači u znanstvenim inovacijama, osnažujući istraživače da istražuju zamršene obrasce ekspresije gena unutar tkiva, a istovremeno čuvaju njihov prostorni kontekst.Usred raznih platformi, BMKGene je razvio BMKManu S1000 čip za prostorni transkriptom, koji se može pohvalitipoboljšana razlučivostod 5µM, dosežući subcelularni raspon i omogućavajućivišerazinske postavke rezolucije.Čip S1000, koji ima otprilike 2 milijuna točaka, koristi mikrojažice preslojene zrncima napunjenim prostorno barkodiranim sondama za hvatanje.Knjižnica cDNA, obogaćena prostornim bar kodovima, priprema se iz S1000 čipa i zatim sekvencira na platformi Illumina NovaSeq.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava točnost i specifičnost generiranih podataka.Jedinstveni atribut BMKManu S1000 čipa leži u njegovoj svestranosti, nudeći višerazinske postavke razlučivosti koje se mogu fino prilagoditi različitim tkivima i razinama detalja.Ova prilagodljivost pozicionira čip kao izvanredan izbor za različite studije prostorne transkriptomije, osiguravajući precizno prostorno grupiranje uz minimalan šum.

    Korištenjem BMKManu S1000 čipa i drugih tehnologija prostorne transkriptomije, istraživači mogu steći bolje razumijevanje prostorne organizacije stanica i složenih molekularnih interakcija koje se događaju unutar tkiva, pružajući neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u širokom rasponu polja, uključujući onkologija, neuroznanost, razvojna biologija, imunologija i botaničke studije.

    Platforma: BMKManu S1000 čip i Illumina NovaSeq

  • 10x Genomics Visium prostorni transkriptom

    10x Genomics Visium prostorni transkriptom

    Prostorna transkriptomika vrhunska je tehnologija koja omogućuje istraživačima da istražuju obrasce ekspresije gena unutar tkiva uz očuvanje njihovog prostornog konteksta.Jedna moćna platforma u ovoj domeni je 10x Genomics Visium u kombinaciji s Illumina sekvenciranjem.Princip 10X Visiuma leži na specijaliziranom čipu s određenim područjem snimanja gdje se postavljaju dijelovi tkiva.Ovo područje snimanja sadrži točke s crtičnim kodom, od kojih svaka odgovara jedinstvenoj prostornoj lokaciji unutar tkiva.Uhvaćene molekule RNA iz tkiva zatim se obilježavaju jedinstvenim molekularnim identifikatorima (UMI) tijekom procesa obrnute transkripcije.Ove točke s crtičnim kodom i UMI omogućuju precizno prostorno mapiranje i kvantifikaciju ekspresije gena u rezoluciji jedne stanice.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava točnost i specifičnost generiranih podataka.Korištenjem ove tehnologije Spatial Transcriptomics, istraživači mogu steći dublje razumijevanje prostorne organizacije stanica i složenih molekularnih interakcija koje se događaju unutar tkiva, nudeći neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u više područja, uključujući onkologiju, neuroznanost, razvojnu biologiju, imunologiju , i botaničke studije.

    Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq

  • Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore

    Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore

    Dok sekvenciranje mRNA temeljeno na NGS-u služi kao svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratka čitanja ograničava njegovu učinkovitost u složenim transkriptomskim analizama.Nanopore sekvenciranje, s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućujući sekvenciranje mRNA transkripata pune duljine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, spajanja gena, poliadenilacije i kvantifikacije izoformi mRNA.

    Sekvenciranje nanopora oslanja se na električne signale jedne molekule nanopora u stvarnom vremenu.Vođena motornim proteinima, dvolančana DNA veže se za proteine ​​nanopora ugrađene u biofilm, odmotavajući se dok prolazi kroz kanal nanopora pod razlikom napona.Prepoznatljivi električni signali koje generiraju različite baze na DNK lancu otkrivaju se i klasificiraju u stvarnom vremenu, olakšavajući točno i kontinuirano sekvenciranje nukleotida.Ovaj inovativni pristup nadilazi ograničenja kratkog čitanja i pruža dinamičnu platformu za zamršenu genomsku analizu, uključujući složene transkriptomske studije.

    Platforma: Nanopore Promethion P48

  • Sekvenciranje mRNA pune duljine -PacBio

    Sekvenciranje mRNA pune duljine -PacBio

    Iako je sekvenciranje mRNA temeljeno na NGS-u svestran alat za kvantificiranje ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratka čitanja ograničava njegovu upotrebu u složenim transkriptomskim analizama.PacBio sekvenciranje (Iso-Seq), s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućujući sekvenciranje mRNA transkripata pune duljine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, spajanja gena i poliadenilacije iako nije primarni izbor za kvantifikaciju ekspresije gena, zbog velike količine potrebnih podataka.
    Tehnologija sekvenciranja PacBio oslanja se na sekvenciranje jedne molekule u stvarnom vremenu (SMRT), pružajući jasnu prednost u hvatanju mRNA transkripata pune duljine.Ovaj inovativni pristup uključuje korištenje valovoda nultog načina rada (ZMWs), mikrofabriciranih jažica koje omogućuju promatranje aktivnosti DNA polimeraze u stvarnom vremenu tijekom sekvenciranja.Unutar tih ZMW-ova, PacBio-ova DNA polimeraza sintetizira komplementarni lanac DNA, generirajući dugačka očitanja koja obuhvaćaju cijeli mRNA transkript.PacBio rad u načinu Circular Consensus Sequencing (CCS) poboljšava točnost višekratnim sekvenciranjem iste molekule.Generirana HiFi očitanja imaju točnost usporedivu s NGS-om, što dodatno pridonosi sveobuhvatnoj i pouzdanoj analizi složenih transkriptomskih značajki.

    Platforma: PacBio Sequel II

  • Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina

    Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina

    Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.

    Platforma: Illumina NovaSeq X

  • Nereferentno sekvenciranje mRNA-Illumina

    Nereferentno sekvenciranje mRNA-Illumina

    Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.

    Platforma: Illumina NovaSeq X

  • Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina

    Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina

    Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) su RNA duže od 200 nukleotida koje posjeduju minimalan potencijal kodiranja i ključni su elementi unutar nekodirajuće RNA.Pronađene u jezgri i citoplazmi, te RNA igraju ključnu ulogu u epigenetskoj, transkripcijskoj i posttranskripcijskoj regulaciji, naglašavajući njihovu važnost u oblikovanju staničnih i molekularnih procesa.LncRNA sekvenciranje je moćan alat u diferencijaciji stanica, ontogenezi i ljudskim bolestima.

    Platforma: Illumina NovaSeq

  • Sekvenciranje male RNA-Illumina

    Sekvenciranje male RNA-Illumina

    Male molekule RNA (sRNA), obično ispod 200 nukleotida u duljinu, uključuju mikroRNA (miRNA), male interferirajuće RNA (siRNA) i piwi-interagirajuće RNA (piRNA).Među njima, miRNA, duge oko 20-24 nukleotida, posebno su vrijedne pažnje zbog svoje ključne regulatorne uloge u raznim staničnim procesima.S uzorcima ekspresije specifičnim za tkivo i stadij, miRNA pokazuju visoku očuvanost među različitim vrstama.

    Platforma: Illumina NovaSeq

  • circRNA sekvenciranje-Illumina

    circRNA sekvenciranje-Illumina

    Kružno RNA sekvenciranje (circRNA-seq) profilira i analizira kružne RNA, klasu RNA molekula koje tvore zatvorene petlje zbog nekanonskih događaja spajanja, pružajući ovoj RNA povećanu stabilnost.Dok se pokazalo da neke circRNA djeluju kao spužve mikroRNA, sekvestrirajući mikroRNA i sprječavajući ih da reguliraju svoje ciljne mRNA, druge circRNA mogu komunicirati s proteinima, modulirati ekspresiju gena ili imati ulogu u staničnim procesima.analiza ekspresije circRNA pruža uvid u regulatorne uloge ovih molekula i njihovo značenje u različitim staničnim procesima, razvojnim stadijima i stanjima bolesti, pridonoseći dubljem razumijevanju složenosti regulacije RNA u kontekstu ekspresije gena.

  • Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina

    Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina

    Sekvenciranje cjelokupnog transkriptoma nudi sveobuhvatan pristup profiliranju različitih molekula RNA, obuhvaćajući i kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (lncRNA, circRNA i miRNA).Ova tehnika bilježi puni transkriptom specifičnih stanica u određenom trenutku, omogućujući holističko razumijevanje staničnih procesa.Poznato i kao "totalno sekvenciranje RNA", ima za cilj otkriti zamršene regulatorne mreže na razini transkriptoma, omogućujući dubinsku analizu kao što je kompetitivna endogena RNA (ceRNA) i analiza zajedničkih RNA.Ovo označava početni korak prema funkcionalnoj karakterizaciji, posebno u razotkrivanju regulatornih mreža koje uključuju ceRNA interakcije temeljene na circRNA-miRNA-mRNA.

  • Sekvenciranje prokariotske mRNA

    Sekvenciranje prokariotske mRNA

    Sekvenciranje mRNA omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih transkripata mRNA unutar stanica pod određenim uvjetima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, mRNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije.Naša obrada uzoraka prokariotske mRNA prilagođena je za prokariotske transkriptome, uključujući depleciju rRNA i pripremu usmjerene biblioteke.

    Platforma: Illumina NovaSeq X

Pošaljite nam svoju poruku: